吸菸引起哪些肺部基因表達變化,這個工具幫你一鍵出圖

2021-02-13 科研小助手

吸菸被認為是許多肺部疾病的主要危險因素，特別是慢性阻塞性肺疾病(COPD)和肺癌。表達晶片技術已被廣泛應用於檢測吸菸對肺部不同細胞基因表達的影響。這些項目為研究人員了解煙致發病的潛在分子機制提供了許多有用的信息。然而，一個便於科學家查詢這些數據集並比較吸菸對不同細胞基因表達影響的資料庫還沒有建立起來。

今天推薦給大家的資料庫將八個來自氣管上皮細胞、大的氣道上皮細胞、小的氣道上皮細胞和肺泡巨噬細胞的公開表達晶片數據整合到一個名為SEGEL(吸菸對肺基因表達的影響)的在線資料庫中。用戶可以通過基因符號查詢吸菸者和非吸菸者在這些細胞或組織中的時空基因表達模式，並在這個資料庫中找到吸菸對肺基因表達的影響。對吸菸的反應也顯示出性別差異。計算基因表達量與吸菸量的相關係數，並在資料庫中顯示。

SEGEL

http://www.chengfeng.info/smoking_database.html

網頁非常的簡單，只需要填寫基因的名稱就可以了，如果需要查找多個基因就用空格空開，如果搜不到，請到Genecards上找到相應的基因名稱進行搜索。

如果不清楚的可以看一下官網給出的操作指南，這個指南也只有一頁，紅色部分是三個步驟，綠色部分是指引你下載原始數據。

我們用網站給出的例子來進行一下搜索。

我們輸入DUOX2之後，點擊搜索，就能看到生成了一個PDF文件，這個文件就自動把吸菸對該基因的各種影響進行了R語言分析出圖，可以說是真一鍵出圖。

不同部位、吸菸與不吸菸、男女性別等不同分組共計五張圖片，大家可以根據自己的目標基因進行分析，選擇合適的圖片進行應用。

這個資料庫來自一個華人學者，除了這個基因表達的資料庫之外，還有另外三個資料庫，用起來都比較方便，大家可以去嘗試一下。

參考文獻：

Xu Y, Hu B, Alnajm SS, Lu Y, Huang Y,Allen-Gipson D, et al. (2015) SEGEL: A Web Server for Visualization of SmokingEffects on Human Lung Gene Expression. PLoS ONE 10(5): e0128326. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0128326

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    據國外的統計數據顯示，九成因肺癌去世的患者生前都與吸菸相關，而且吸菸時間和肺病的發病率呈現正比關係，吸菸越早，每天吸菸數量大，那麼患肺病，出現噁心的比率也就越大。究其原因，菸草中含有的1000多種的有害物，其中主要有尼古丁、焦油、一氧化碳、丙烯醛，這些物質都會進入肺部後，會導致肺部損傷，加重肺部功能，導致肺部免疫力逐漸下降，甚至導致肺泡細胞死亡。
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    眾所周知，吸菸是導致肺癌的首要風險因素。每次吸菸時，都會對肺細胞造成雙重打擊，為癌症的形成創造理想的生存環境。香菸中所含有的化學藥品，如焦油和甲醛會滲透到細胞中，損傷DNA。上述化學藥品也會對控制細胞生長和分裂過程的基因造成嚴重破壞，即促使細胞分裂的基因變得極度活躍，以及使調控細胞分裂的基因失去調控能力。
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