對於每天暢遊在基因海洋中的碩博來說,genecards資料庫一定再熟悉不過了,但再熟悉的人,也有其不為人知的一面。對於一個使用工具而言,這不為人知的每一面都值得我們去探索,去發現。
Genecards,是人類基因的綜合資料庫,綜合了NCBI, UCSC, ENsembl,uniprot等125個網絡來源的基因組,轉錄組,蛋白質組學的資料庫,提供了基因組,蛋白組,轉錄,遺傳和功能上所有已知和預測的人類基因。真的,毫不誇張的說,只有你想不到,沒有genecards不知道的。
接下來,我們的重點來了,不知道大家有沒有發現在Paralogs, Domains,pathway, expression,Drugs & compounds,Disorders,orthologs等的選項卡後面發現一個「GenesLikeMe」的圖標呢, 有沒有好奇的小夥伴打開研究一下呢?雖說好奇害死貓,但我們也要努力去做第一個吃西紅柿的人,打開之後的世界,別有洞天喔。
我是通過搜索EGFR這個基因通過「Genecards」連結到」GeneLikeMe」的, 首先映入眼帘的就是尋找與EGFR共享小分子化合物的基因,如下圖:
如果我們把所有的屬性選項卡全部調為「on」, 還可以給各個因素設置不同的權重,就會得出上面8個選項的所有結果。
通過這種方法就可以找出與EGFR擁有相同結構域,有相同小分子化合物,表達量相關,疾病相關性比較高的基因了。
也許小夥伴們注意到了,在GenecardsSuite這個網站,除geneslikeme外,還有其他的選項卡,那麼這些選項卡還有什麼其他的功能呢?
MalaCards : The human disease database
資料庫網址:https://www.malacards.org/
該資料庫可以尋找到與疾病有關的信號通路
在搜索框中搜索疾病,我們以「prostate cancer」為例進行展示
點擊pathway選項卡,得到了如下結果,將與前列腺癌相關的信號通路,細胞組分,生物學過程均詳細列出。
資料庫網址:https://pathcards.genecards.org/
還是以EGFR為例進行展示,點擊搜索,所有與EGFR相關的信號通路就全部展現出來,結果如下:
同時,還可以給出證據連結
資料庫連結:https://ve.genecards.org/
提交基因和疾病名稱,得到如下結果,點擊結果前面的加號,得到該基因與疾病相關的所有證據,所有的搜索結果均可以進行下載。如果輸入的是一系列基因,Varelect可以根據表型與基因之間的關聯進行打分排序。
是不是感覺很簡單呢,大家可以通過Varelect進行篩選NGS數據,可以大大提高工作效率,減少工作量。
好啦,今天就嘮到這裡啦,
有關Genecards新技能的解鎖,
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