同一個題材，在不同的時代，作家和文藝形式中，會有不同的處理和呈現形式，也會傳達出不同的主題和作者意圖。這點在三國題材在日本動漫中的變異裡也得到了體現。在日本三國題材的動漫中，大多只是借用三國爭霸的亂世背景以及主要的三國事件，如三顧茅廬、赤壁之戰等，但是這些故事所表達的主題和劇情進展則與《三國演義》相比發生了各種變異。
日本動漫有自己的主題模式，如樂觀主義精神，戰勝困難的意志和決心，團隊精神，人道主義，友情、親情觀念，反思人工智慧，對神靈的敬畏，民主平等博愛的意識等等。這種主題模式，也用於創作「三國」題材動漫。日本動漫創作者在作品中所要傳達的團隊精神、夢想奮鬥、自我磨礪等主題思想自然與《三國演義》的封建式的英雄頌歌的主題不同。由此，在日本「三國」動漫中，我們可以看出作品所表達的主題精神發生了變異，已經與《三國演義》大不相同。
在日本動漫中，團隊精神是非常受到重視的。幾乎每一部動漫，主角都有一個與之默契配合的團隊，而這些配角又同時有著自我個性和完整的人物故事。如《海賊王》中的草帽海賊團，以路飛為主角，而海賊團中的各位團員，如索隆、香吉士、娜美、羅賓、喬巴等都有特有的人物性格和人格魅力及完整的人物成長經歷。在「三國志」題材動漫中，魏蜀吳三國君臣之間的關係大多不再僅僅是上下級附屬關係了，劉備、曹操、孫權等領導者不再是統治階級，他們和下屬間的關係被刻畫的更為平等。國家更多的被描繪成一種為理想而奮鬥的團隊，團隊成員之間友愛、互相協作，他們為保護隊員和實現共同的夢想而戰鬥。這種團隊協作精神也是動漫創作者們意圖傳達給受眾的正能量。
動漫的另一個重要的主題是夢想。對於動畫來說，無論是現實題材還是虛構題材，都旨在與傳達一種人類的夢想。「動畫所傳達的藝術旨趣……是一種詩意的象徵，象徵某種美好的自由，某種不存在於現實世界的自由」。日本動漫常常以誇張的人物造型和假定性的敘事情境來演義現實社會中所缺失的「夢幻王國」。以三國穿越題材《龍狼傳》為例，主人公穿越到三國時代，作為一名現代人來譜寫英雄傳奇，讓現實社會的觀眾通過主角代入感來做一場三國名將的「白日夢」，擺脫日常生活的壓力。通過動漫作品中的人物經歷，他們的勇氣、智慧、理想等來釋放被壓抑的潛意識，這也是日本動漫吸引一大批成年漫迷的原因。
「拯救」主題也是日本動漫中常見的。這也日本人運用改編三國志題材時常表現的主題。如《鋼鐵三國志》中陸遜就是光明的代表，並最終拯救世人。而在《SD高達三國傳》中，傳說中的大陸「三璃紗」被黑暗所包圍，劉備、曹操、孫權、呂布則化身「四神」，為驅散黑暗、拯救大陸、恢復大陸的和平而戰鬥。
在故事劇情和世界觀上，「三國志」動漫也發生了極大的變異。日本漫畫家擅長構建一個新的世界觀，在那個所創造的奇異的虛構世界觀中，自由的展開故事劇情。他們重視故事的新奇性和創新性。如在《一騎當千》中的世界，現代關東是一個被私立高中之間的爭霸而籠罩的亂世，在這個世界中，「勾玉」作為一種封印這三國英魂的寶物，引導出鬥士們的力量並使之成為萬人難敵的勇士。《SD高達三國傳》中，作者創造了一個傳說的大陸「三璃紗」，這是一個武者的世界，戰火紛飛，而生活在這個世界中的人都是「高達模型」。在這些動漫中，創作者憑藉想像力，創造出一個虛擬的時空環境，一個不同於現實生活的異度空間，故事中的人物在這個虛擬的空間中上演一場又一場的傳奇。