OrthoFinder: 進化直系同源工具

2021-01-14 植物基因組

最近，Genome Biology 上發表論文介紹了 OrthoFinder 的新功能，側重講了 OrthoFinder 的進化推斷功能。第一篇 OrthoFinder 的論文是 2015 年在 Genome Biology 上發表的。




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OrthoFinder 是用 Python 寫的，原始碼網址為：

https://github.com/davidemms/OrthoFinder


OrthoFinder 的用法非常簡潔，只需要收集一些物種的蛋白質序列放到一個文件夾裡，然後運行下面的命令就可以直接等結果了。


這裡的 diamond 是一個類似 blastp 的程序，但是速度比 blastp 要快很多。


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OrthoFinder 的原理圖如下：


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OrthoFinder 與其它同類軟體的對比：

相關焦點

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  • OrthoFinder進行直系同源基因分析
    2003年發表了一個工具OrthoMCL，這個工具運行時間較長，同時需要用到MySQL， 很難構建成功。即使現在有online服務，仍然需要運行較長時間。在2015年，開發了新的軟體OrthoFinder，該軟體持續更新，安裝更加友好，也支持conda安裝，因此我決定使用它來做直系同源基因的相關分析。OrthoFinder可以做什麼呢？
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    orthofinder的使用很簡單，可以先行查看help信息。【注意】：orthofinder由python2編寫，請在安裝或使用前將python3注釋掉。【下載】：conda install orthofinder # 用conda 2 進行安裝，一次安裝不成功者請重試（附帶軟體很多），提示更新conda時，請更新。
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    這種成功得益於被子植物進化歷史中的全基因組複製事件。全基因組複製事件被認為是進化上的重要驅動力，不管是物種形成、適應性進化或是多樣性產生。最近的兩次刪除和巨大影響已經說明全基因組複製事件相比之前的進化歷史更廣布於有花植物中。之前的兩次古老的全基因組複製事件被認為在被子植物和種子植物中是有代表性的。
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