據說,神創造了人之後,人類不斷繁衍,人口逐漸增多,生活範圍日益擴大。人們相互爭鬥的喧鬧之聲不斷從地上傳來,令生活在天上的諸神煩惱。恩利勒神惱怒於世人的不善,乃召開諸神會議,決定發動洪水來毀滅人類。這與《聖經》中上帝因發現人類的不義和罪惡,才用洪水來懲罰人的理由略有不同。
水神恩基被認為是最具有仁慈、正義、理性和創造性的大神。他得知大地上將要發洪水的消息後,乃託夢給住在幼發拉底河邊老城鎮舒魯帕克的阿特拉哈西斯,蘇美爾語稱烏特拿比什提姆,吩咐他先造好一條避難的大船,裝上所有的物品。阿特拉哈西斯就帶領同族人,花了七天的時間,造成了方舟。他把物品全部裝進去,再讓家屬、工匠和野獸一起住進去。第二天早晨,狂風暴雨就開始了。
暴風雨一連下了七天,洪水淹沒了地上所有的地方,諸神都惶惶不安,逃到了天宮中,像狗一樣將身體瑟縮起來。第七天,暴風雨和洪水終於停止了。阿特拉哈西斯打開船上的窗戶向外一看,只見無數的死人像魚卵一樣漂浮在河面上,不禁悲傷無比,放聲痛哭。他的船又在河上飄了兩天,才看到了十二塊陸地露出水面。
船慢慢地停在尼希爾山頂上。於是,他將鴿子、燕子、烏鴉等鳥兒陸續放出去,見它們不再回來,知道洪水已退,乃走出方舟,來到山頂,獻上犧牲,倒上美酒,向諸神獻祭祈禱。阿特拉哈西斯意為"見到生命的人",或"最高的賢人"。天上的諸神,看到地上的人全被洪水淹死,都縮蜷在天庭,議論紛紛,傷心哭泣,此時突然聞到了祭物的香氣,就像蒼蠅一樣,都聚集到祭物上。
恩利勒神因恩基神洩露了天機,消滅人類的計劃未能成功,乃對恩基神不滿,引發了諸神之間的矛盾。最後,諸神達成協議,承認阿特拉哈西斯與他的妻子同諸神一樣可以長生不老。他們居住的地方則是既沒有毒蛇猛獸和虎豹豺狼,也沒有災害痛苦和疾病死亡的仙島,這一光明潔淨的幸福樂園就是宗教理想中的所謂天堂。
洪水過後,諸神又召開了一次會議。恩利勒神對恩基神說:"叫女神寧圖出來,把繁衍人類的事情告訴她。把降生女神們叫出來,命令她們處理繁衍人類的事情。從此以後,人類就開始布滿了大地。"這則洪水神話以豐富的想像力生動地反映出當時兩河流域洪水泛濫的狀況,以及人與神關係的多樣化內涵。神具有與人一樣的性格,在行為上有善惡是非之別,故神與神之間也存在著矛盾與分歧,例如在是否要發動洪水來懲罰人類的問題上,諸神就發生了激烈的爭論。洪水神話說明了人與神之間的矛盾主要表現為人與自然的矛盾,而這一切都是由神意來決定和主導的,由此說明了一個道理,神既能創造人,又能毀滅人,因此人只有聽從神的召喚,才能獲得永生。
據考古學發現,這則洪水神話對希伯來《聖經》產生了重要影響。1872年,正在大英博物館工作的喬治·史密斯在整理來自美索不達米亞的巴比倫語的泥版時,突然發現其中一部分是這樣寫的:"船停在尼希爾山上","鴿子飛出去了,又飛回來了"。他立刻想到:這是出自《聖經·舊約》中的《創世記》第五章"挪亞的方舟和大洪水的故事"。他興奮地將這一發現報告了上級,但立即引起了軒然大波。當時英國人不能接受挪亞故事來自於蘇美爾神話的說法,因此,喬治·史密斯就親自去了一趟美索不達米亞,在尼尼微的巨大廢墟中,他發現了這一神話傳說的另一些可以互證的情況,由此證實了他的推論。由洪水神話的影響力可以看到美索不達米亞神話的原創性以及對西方文化的影響。