我們都知道，科學家們把組成物體的最小單位稱為原子，那麼原子是由什麼組成的呢？還是說，原子就是原子，不能再被分割？這個問題其實很好解答，因為科技的進步我們可以直觀的發現原子大多都是由質子、中子、電子組成，當然也有可能沒有中子，例如氫原子。
但是每一個原子都必含有質子，所以在區分原子的種類的時候，質子就起到了非常重要的作用。首先，原子的質子數，也就是原子中質子的數量決定了該原子是哪種元素。例如若是一個原子中有八個質子，那麼它必定是氧原子，若是79個質子，就是生活非常有價值的金屬之一，金。最重要的一個點就是，化學中必學的元素周期表的元素排列方式就是按照原子的質子數排列的，所以質子數還有另一個名稱叫做原子序數。
原子的質子因為數量的一定性決定了元素的種類，但是原子中的中子數量就比較多變了，例如碳原子，就有七個中子的C13以及6個中子的C12。而不同數量中子數的同種元素也有自己的名稱——同位素，例如上文所說C13和C12就稱為同位素。
原子中的質子和中子都處於原子核中，而一個原子核能承載的能力是有限的，因為該元素的種類一旦確定下來，質子數就不會再有改變，但是中子數就會有很大的改變空間，當原子核中的中子數量變多，超出了原子核的承載力的時候，就會因為原子的分裂而成為碎片並同時散發粒子和能量，而這種能量和粒子是以輻射的方式散發的，所以這種原子就被稱為放射性同位素，同時也因為原子會由此變得不穩定而稱為不穩定同位素。同時，以上的這種分解的過程稱為放射性衰變，而且這樣的衰變發生以及持續的時間也充滿不確定性，可能就是短短幾秒，可能就是數千年的時間。
接下來要講解的就是電子，一般而言，電子的運動軌道是圍繞原子核的，就像行星圍繞恆星公轉一樣。但是，電子還是嚮往自由的，它可以想去哪兒就去哪兒。不過雖然是嚮往自由的電子，一般還是會呆在自己的位置。
原子的質量一般是由中子和質子決定的，例如C12的原子質量為12，擁有八個質子和八個中子的O16的質量為16。除此之外，原子一般都是成電中性，這並不是因為組成原子的中子、質子、電子都不帶電，事實上我們都知道，電子必然是呈電負性，所以在原子核中，質子是帶正電荷的，而中子是不帶電的，所以同時質子和電子的數量也決定了原子的電荷，例如若原子中質子和電子數量一樣多，那淨電荷就為零，也就是一般原子的狀態，但是若是原子失去了一個電子，那就它的淨電荷就為-1或+1，這時候也就不能稱其為原子，該稱為離子。