咖啡是新陳代謝症候群的危險因子之一，而新陳代謝症候群若沒控制好，患者便易得心血管疾病。所謂新陳代謝症候群，指的是一群和新陳代謝症狀有關的特徵，出現在同個人身上，而這些特徵有腰圍肥胖、高血壓、高血脂等。
反式脂肪酸不容易被人體消化，容易在腹部積累，導致肥胖。多喝奶茶對人體有非常多壞處奶茶是高糖、高油、高熱量。奶茶加的奶精，多由椰子油製成，椰子油中含大量飽和脂肪酸，會加速體內製造膽固醇，血脂肪也會急速上升，形成血管硬化，長時間大量飲用，容易患高血壓、糖尿病等病。
加劇高血壓咖啡因因為本身具有的止疼作用，常與其他簡單的止疼劑合成複方，但是，長時間大量服用，如果你本身已有高血壓時，使用大量咖啡因只會使你的情況更為嚴重。因為光是咖啡因就能使血壓上升，若再加上情緒緊張，就會產生危險性的相乘效果，因此，高血壓的危險人群尤其應避免在工作壓力大的時喝含咖啡因的飲料。有些多年有喝咖啡習慣的人，以為他們對咖啡因的效果已經免疫，然而事實並非如此，一項研究顯示，喝一杯咖啡後，血壓升高的時間可長達12小時。
誘發骨質疏鬆咖啡因本身具有非常好的利尿效果，如果長時間且大量喝咖啡，容易造成骨質流失，對骨量的保存會有不利的影響，對於婦女來說，可能會增加骨質疏鬆的威脅。但前提是，平日食物中本來就缺乏攝取足夠的鈣，或是不總是動的人，加上更年期後的女性，因缺少雌激素造成的鈣質流失，以上這些情況再加上大量的咖啡因，才可能對骨造成威脅。如果能夠按照合理的量來享受，你還是可以不可以做到不因噎廢食的。
緊張時添亂咖啡因有助於增強警覺性、靈敏性、記憶力及集中力。但飲用超過比你平常所習慣飲用量的咖啡，就會產生類似食用相同劑量的興奮劑，會造成神經過敏。對於傾向焦慮失調的人而言，咖啡因會導致手心冒汗、心悸、耳鳴這些症狀更加惡化。
對胎 兒有危害懷 孕期或哺 乳期的婦女，過多攝入含有反式脂肪酸的食物會影響胎 兒的健康。研究發現，胎兒或嬰兒可以通過胎 盤或乳 汁被動攝入反式脂肪酸，他們比成人更容易患上必需脂肪酸缺乏症，影響生長發育。
易引起糖尿病芬蘭和美國的研究人員通過調查分析發現，這兩個國家都是消費咖啡最多的國家，其結果是，這兩個國家中患糖尿病的人數也最多。其中，芬蘭人的咖啡消費量居世界之首，該國的糖尿病患者也是世界上最多的。其它北歐國家的咖啡消費量也大，患糖尿病的人數也多。相反，日本人的咖啡消費量在世界上是最少的，糖尿病患者也最少。