1955年，毛澤東收到農民的反映，說是麻雀禍害莊稼，於是指示：麻雀是害鳥，能不能消滅它們？農業部副部長劉瑞龍找到中科院前任動物所副所長錢燕文。錢回答，我們對麻雀的食性還沒有系統研究過，不敢肯定是否應當消滅麻雀。
但就在幾天後，毛澤東同14位省委書記商寫了農業40條，即《全國農業發展綱要》，其第27條規定：除四害。從1956年開始，分別在5年、7年或者12年內，在一切可能的地方，基本上消滅老鼠、麻雀、蒼蠅、蚊子。
此後5年，麻雀被定性為害鳥並判極刑，各地展開了捕雀運動。
中國科學家論麻雀
1956年10月，青島舉行了中國動物學會第二屆全國會員大會。實驗生物家朱洗首先講了一個故事：1774年，普魯士國王下令消滅麻雀，並宣布殺死麻雀有獎賞。百姓爭相捕雀。不久，麻雀被捉光了，各地果園卻布滿了害蟲，連樹葉子也沒有了。國王不得不急忙收回成命，並去外地運回雀種，加以繁殖保護。朱洗說：「除了在某些季節麻雀是有害的，其他季節是有益的。」
大多數科學家都建議，在沒有正式得到科學結論以前，希望政府考慮不要轟轟烈烈地搞運動。
1957年10月，可能是部分地接受了生物學家們的意見，《全國農業發展綱要》第27條除四害內容改為：「從1956年起，在12年內，在一切可能的地方，基本上消滅老鼠、麻雀、蒼蠅和蚊子。打麻雀是為了保護莊稼，在城市裡和林區的麻雀，可以不消滅。」但不少城市不但沒有按規定停止滅雀，反而更加大張旗鼓地開展圍殲麻雀的群眾運動。上海市第一次滅雀大戰進行了3天，滅雀88171隻，獲雀卵265968隻；第二次進行了兩天，滅雀598001隻。
「替麻雀翻案，比替曹操翻案的意義大」
就在「麻雀戰」轟轟烈烈的的時候，鳥類學家鄭作新和他的同事們走遍了河北昌黎果產區和北京近郊農村，採集了848號麻雀標本，一個一個地解剖嗉囊和胃部，以求得各種食物的容量。他的結論是：冬天，麻雀以草籽為食；春天養育幼雀期間，大量捕食蟲子和蟲卵；七八月間，幼雀長成，啄食莊稼；秋收以後主要吃農田剩谷和草籽。總之，對麻雀的益害問題要辯證地看待，要因季節、環境區別對待。他在《人民日報》等報刊上發表了他的考察成果。
可惜，這科學理性的聲音沒有傳到毛澤東的耳朵裡。1959年7月在廬山會議上，他仍然自信地認為，「消滅麻雀」的決策沒有錯，並說：「麻雀現在成了大問題，還是要除。」就在毛澤東說「麻雀還是要除」的時候，廣大農村傳出了「遍地蟲災」的消息。更多的科學家也開始挺身而出，為麻雀翻案。一位科學家甚至鬥膽提出：替麻雀翻個案，比替曹操翻案的意義大。
1959年11月27日，中國科學院黨組書記張勁夫寫了一份「關於麻雀問題向主席的報告」，報告中說：科學家一般都認為，由於地點、時間的不同，麻雀的益處和害處也不同；有些生物學家傾向於提消滅雀害，而不是消滅麻雀。
「麻雀案」的最後裁決
1959年11月29日，毛澤東主席批示：張勁夫的報告印發各同志（註：作為杭州會議文件，印發給與會者）。次年3月，毛主席為中共中央起草關於衛生工作的指示：「麻雀不要打了，代之以臭蟲，口號是『除掉老鼠、臭蟲、蒼蠅、蚊蟲』。」
以這種方式，毛澤東終於為麻雀平反了。