專為螢光顯微鏡設計製作的聚光器是用石英玻璃或其他透紫外光的玻璃製成。分明視野聚光器的暗視野聚光器兩種。還有相差螢光聚光器。
1．明視野聚光器 在一般螢光顯微鏡上多用明視野聚光器，它具有聚光力強，使用方便，特別適於低、中倍放大的標本觀察。
2．暗視野聚光器 暗視野聚光器在螢光顯微鏡中的應用日益廣泛。因為激發光不直接進入物鏡，因而除散射光外，激發光也不進入目鏡，可以使用薄的激發濾板，增強激發光的強度，壓制濾板也可以很薄，因紫外光激發時，可用無色濾板（不透過紫外）而仍然產生黑暗的背景。從而增強了螢光圖像的亮度和反襯度，提高了圖像的質量，觀察舒適，可能發現亮視野難以分辨的細微螢光顆粒。
3．相差螢光聚光器 相差聚光器與相差物鏡配合使用，可同時進行相差和螢光聯合觀察，既能看到螢光圖像，又能看到相差圖像，有助於螢光的定位準確。一般螢光觀察很少需要這種聚光器。
各種物鏡均可應用，但最好用消色差的物鏡，因其自體螢光極微且透光性能（波長範圍）適合於螢光。由於圖像在顯微鏡視野中的螢光亮度與物鏡鏡口率的平方成正比，而與其放大倍數成反比，所以為了提高螢光圖像的亮度，應使用鏡口率大的物鏡。尤其在高倍放大時其影響非常明顯。因此對螢光不夠強的標本，應使用鏡口率大的物鏡，配合以儘可能低的目鏡（4×,5×，6.3×等）。在螢光顯微鏡中多用低倍目鏡，如5×和6.3×。過去多用單筒目鏡，因為其亮度比雙筒目鏡高一倍以上，但目前研究型螢光顯微鏡多用雙筒目鏡，觀察很方便。
新型的落射光裝置是從光源來的光射到幹涉分光濾鏡後，波長短的部分（紫外和紫藍）由於濾鏡上鍍膜的性質而反射，當濾鏡對向光源呈45。傾斜時，則垂直射向物鏡，經物鏡射向標本，使標本受到激發，這時物鏡直接起聚光器的作用。同時，濾長長的部分（綠、黃、紅等），對濾鏡是可透的，因此，不向物鏡方向反射，濾鏡起了激發濾板作用，由於標本的螢光處在可見光長波區，可透過濾鏡而到達目鏡觀察，螢光圖像的亮度隨著放大倍數增大而提高，在高放大時比透射光源強。
它除具有透射式光源的功能外，更適用於不透明及半透明標本，如厚片、濾膜、菌落、組織培養標本等的直接觀察。近年研製的新型螢光顯微鏡多採用落射光裝置，稱之為落射螢光顯微鏡。