影響SCR脫硝性能的幾個關鍵因素有：反應溫度、煙氣速度、催化劑的類型、結構和表面積以及煙氣/氨氣的混合效果。
催化劑是SCR系統中的主要部分，其成分組成、結構、壽命及相關參數直接影響SCR系統的脫硝效率及運行狀況。不同的催化劑適宜的反應溫度也差別各異。反應溫度不僅決定反應物的反應速度，而且決定催化劑的反應活性。如果反應溫度太低，催化劑的活性降低，脫硝效率下降，則達不到脫硝的效果。
此外催化劑在低溫下持續運行，還將導致催化劑的永久性損壞;如果反應溫度太高，則NH3容易被氧化，生成NOx的量增加，甚至會引起催化劑材料的相變，導致催化劑的活性退化。在相同的條件下，反應器中的催化劑表面積越大，NO的脫除效率越高，同時氨的逸出量也越少。
NH3輸入量必須既保證SCR系統NOx的脫除效率，又保證較低的氨逃逸率。只有氣流在反應器中速度分布均勻及流動方向調整得當，NOx轉化率、氨逃逸率和催化劑的壽命才能得以保證。採用合理的噴嘴格柵，並為氨和煙氣提供足夠長的混合煙道，是使氨和煙氣均勻混合的有效措施，可以避免由於氨和煙氣的混合不均所引起的一系列問題。
TK-1100型雷射氣體分析儀（基於TDLAS技術）分析微量NH3。系統（包括測量池）採用全程加熱，保證樣品氣體溫度，防止有水析出而對NH3的大量溶解影響分析結果。探頭採用電加熱過濾探頭，在取樣出來就完成樣品的淨化，減小了後級預處理的負荷，大大降低了器件的故障率。系統設計有探頭自動反吹程序及儀表自動標零程序，正常運行後僅需要正常的巡檢即可。傳輸管線採用定製230℃以上高溫複合電伴熱管纜，並控制在2m以內（確保儘量少的NH3吸附），整個預處理全部集成在高溫加熱盒內，系統緊湊以避免長距離傳輸管路對NH3的吸附。