在徠卡顯微鏡中待觀察樣品被製成薄膜狀,利用入射電子束與它作用後的透射電子作為信號,依靠電子透鏡將其聚焦成像,並經多級放大,最後在螢光顯微鏡或照相底片上給出所要的圖像。
但是必須指出徠卡顯微鏡成像所利用的是,三者中與樣品性狀關係最密切的透射式彈性散射電子。因為研究表明重元素對電子的彈性散射機率大,而且這類電子大多數分布在大散射角處.此外,樣品厚度越大者,這種散射也越多。如果樣品是晶體,即其原子排列整齊並有一定周期性,那麼它與電子起作用的不只是一個個孤立的原子,而要考慮晶體的整個周期勢場的作用。作用後的彈性散射電子更有一些特徵,它們能形成反映樣品結構特點的衍射圖。總之,徠卡顯微鏡的基本原理無非是如何控制並利用這三類透射電子,尤其是其中的彈性散射電子。

如果在徠卡顯微鏡的主機上再配備其他一些附件,如x射線能譜儀,電子能量損失譜儀等,有針對性地檢測電子與樣品作用後產生的其他信號。那麼,我們在觀察樣品形態、結構的同時,還可進行其他多種分析。這就是當代電鏡的另一個重要分支方向—分析電鏡(AEM)。
迄今為止,徠卡顯微鏡大量的電鏡原位雜交工作是在整裝樣品(WholeMount SPecimen)上進行的,徠卡顯微鏡此法適用於研究染色體上的特定核昔酸序列。這裡,徠卡顯微鏡以培養細胞為例,著重介紹一下這種樣品的製備過程。
1、用Coleemid(50~song/ml)或noc記azole(10ong/rnI)處理對數生長的細胞6~18小時,使停止在分裂中期。
2、徠卡顯微鏡輕輕振蕩培養瓶,徠卡顯微鏡令細胞從培養瓶壁脫落,離心(740xg)收集細胞.重懸於原體積五分之一到十分之一的培養液中,使細胞濃度為IX105細胞/ml。