自己做的meta分析剛剛被PLOS ONE接收，上來跟大家分享一下我的投稿經歷（Molecular Psychiatry→Schizophrenia bulletin→biological psychiaty→schizophrenia bulletin→journal of medical genetics→PLOS ONE）。
我們實驗室截止到目前一直在做某個基因在精神分裂症發病中的作用，包括遺傳學分析和目前正在進行的動物模型研究，這個基因的一個SNP（用rs1234表示）在2008年歐洲的精神分裂症GWAS研究中首次被報導。隨後，我們對這個基因研究的遺傳學分析的文章也已經發表在American Journal of Psychiatry（2011）和American Journal of Medical Genetics（2012），其中發表的數據大部分都是我們自己產生的中國人群的original data。與此同時，中國也有其它幾個研究小組在研究這個基因，截止到2012年的7月份，在中國人群已有超過10份樣本產生了rs1234的data（超過20000份樣本），但是結果卻非常不一致，在互相的研究中也都提到對方的樣本採集問題。我們的前期研究結果支持rs1234在中國人群中並不與精神分裂症相關，而有一些研究小組則報導了顯著結果，為了系統的證實rs1234在中國人群是否與精神分裂症相關，我們利用中國所有可行的data做了meta-analysis，結果也支持rs1234並不與精神分裂症相關，但是p=0.10。
我和我的導師都認為該文章的意義並不是特別大，但是為了科學的嚴謹性，以及為以後實驗室的研究提出指引方向，我們還是決定將這篇meta-analysis文章投出去。我們第一次以letter to the editor的格式投molecular psychiatry，精神病學的旗艦雜誌，審稿50天（9月22日-11月12日），拒稿。兩個審稿人的意見並不positive，因此主編拒稿，也在我們的情理之中，後來我們又將該文章擴寫成article，改投到schizophrenia bulletin，審稿26天（11月19日-12月15日），拒稿，但是審稿人並未提出尖銳性的問題。根據第一個審稿人的意見，我們在文章中細緻的描述了納入的樣本的特徵（包括年齡、性別比例等），並加入了一些meta-analysis的必要分析，隨後又將文章改投到biological psychiatry，審稿40天（12月19日-1月29日），拒稿，三個審稿人兩個沒有positive，但是第三個審稿人非常的negative。
Reviewer #3: This is a fine meta-analysis. But, the additional data produced results very similar to what the authors have already published in AJMG 2012, which concluded "Here, we studied rs1234 and schizophrenia susceptibility in multiple Asian case-control samples (10 Chinese and 2 Japanese samples; N=21,062), and the meta-analyses indicated non-significant association of rs1234 with schizophrenia (P=0.26), suggesting the same SNP identified in European samples is not predisposing risk in Asians." I did not see much new information from this study.
面對第三個審稿人的意見，我們也很無奈，這是一個updated的meta-analysis（之前的meta分析也是我們做的），但是審稿人揪住這一點提問，拒稿也很正常，只能改投。我們隨後將文章重投回schizophrenia bulletin，但是這次主編沒有選擇送審，並提出：
One senior editor notes: "Recommend rejection because (i) Chinese meta analysis sample is smaller than the Caucasian samples, (ii) it still finds a suggestive trend for association, (iii) this association has been superseded by recent GWAS studies, reducing interest in this gene. "
其實關於這個SNP的分析在我們之前的文章中已經包含過一次，並且包含了該基因的其它SNP（fine-mapping analysis），樣本量超過10000份，但是因為整體是一個negative結果，所以在投稿時屢屢被拒，最後只投到3分多的雜誌上，審稿人不斷提出我們的樣本量沒有歐洲的分析樣本量大，雖然我們做了power分析（>80%），要知道，歐洲和美國的研究小組組成了一個consortium，幾十個國家的樣本，超過了50000份，所以審稿人屢屢說我們的樣本沒達到50000份，雖然我們在文章中做了很詳細的解釋並且提出了可能的原因，但是仍然無效，真是無奈啊。。。
隨後，我的導師要將該文章投到Journal of Medical Genetics，我對此並不樂觀，因為我感覺JMG的主編對psychiatry遺傳學研究尤其是中國人群的研究存在偏見，果不其然，不超過3天就編輯部拒稿了，但是JMG雜誌的投稿狀態很有意思，投稿狀態的變化是with editor---awaiting reviewer selection---awaiting EIC decision---rejected without review，狀態顯示是在等待選擇審稿人，但是其實這只是雜誌社一個狀態的自動變化，只有出現awaiting reviewer assignment---under review才表明已經送外審了。
最後，我們將文章投到PLOS ONE，一審不到30天（3月12日-4月10日），兩個審稿人，其中一個審稿人建議加一個分析，另一個提出語言需要潤色。我們花了一個星期的時間進行修改，並於4月18日重新投稿，二審歷時11天，文章接收。值得注意的是，這是一篇陰性結果的文章，審稿人建議加一個non-superioritytest以證實我們的結果，這個test我沒有接觸過，還要感謝一位園友的大力幫助，在文章修回時也將她加成了共同作者。總的來說，這篇文章在PLOS ONE投稿還算順利，審稿也很快。負責這篇文章的主編是武漢同濟醫科大學的一位教授，從PLOS ONE發表的文章來看，他經常handle一些meta分析的文章，人很Nice。根據實驗室之前發表PLOS ONE的經驗，文章接收後，我的導師會申訴減免版面費，一般是減到100美元，之前兩次都成功了，不知道這次會怎樣。