12月17日，中知（北京）認證有限公司向中國科學院微生物研究所籤發了《智慧財產權管理體系認證證書》，證明其符合《科研組織智慧財產權管理規範》（GB/T33250-2016）國家標準，認證範圍覆蓋病原微生物與免疫學、微生物生理與代謝工程、真菌學、微生物資源前期開發、植物-微生物相互作用及農業微生物與生物技術的科學研究、技術開發及轉移轉化過程中的智慧財產權管理。
智慧財產權管理是科研組織科技成果轉化的關鍵環節，是獲得持續發展、提升科研組織創新能力的重要保證。《科研組織智慧財產權管理規範》由國家知識產權局、中國科學院、中國標準化研究院共同起草，於2017年1月1日正式頒布實施。2015年6月，中科院啟動智慧財產權管理貫標試點，微生物所等13家研究所進入試點範圍。2018年11月15日，中國科學院科技促進發展局在北京召開《科研組織智慧財產權管理規範》貫標工作啟動會，微生物所成為中科院首批進入貫標工作的32家單位之一。
微生物所高度重視貫標工作，成立了貫標工作小組，由錢韋所長兼任最高管理者和管理者代表。2019年9月29日正式啟動貫標，在各職能部門、支撐部門以及各研究室、研究組的全力配合下，經體系診斷、策劃、調研、文件編寫、制度完善等一系列工作，2020年9月8日，正式發布《中國科學院微生物研究所智慧財產權工作手冊》，開始智慧財產權管理體系正式運行。體系運行期間，通過開展智慧財產權專員培訓、體系文件宣貫、內部審核、管理評審等一系列工作，不斷完善體系，使智慧財產權管理體系滲透到科研工作各環節中，更好地為科研服務，提升體系適應性及有效性。2020年12月初，微生物所向中知（北京）認證有限公司正式提出認證申請。
2020年12月10日，14-15日，中知（北京）認證有限公司分兩階段對研究所智慧財產權管理體系覆蓋的全部部門以及全部學科領域方向開展現場審核工作，最終認定，微生物所智慧財產權管理體系符合審核准則的要求，批准通過認證。
微生物所作為綜合性微生物學研究和微生物技術研發機構，建立科學有效的智慧財產權管理體系，是實現微生物所「微生物、高科技、大產業」戰略定位的重要保障，研究所將以此為契機，不斷提高智慧財產權創造與應用能力，提升研究所綜合競爭力。