銀離子之所以能殺菌而不傷害菌和正常細胞，是因為大部分的病原菌是單細胞微生物，是倚靠蛋白酶來維持新陳代謝，進而繁殖影響正常細胞，在這些蛋白酶之中還有一種氧代謝酶。
當銀遇到這種氧代謝酶時，氧代謝酶的活性會搶走銀的一個電子，使銀原子變成帶正電的銀離子，銀離子就會吸引蛋白酶中帶有負電荷的硫醇基 (-SH) 的特異性結合，有效地刺穿細胞壁與細胞膜外表，進一步使細菌細胞因蛋白質變性，而無法呼吸、代謝和繁殖，直至細菌死亡，達到滅菌並且不傷害正常細胞的效果。
根據文獻報導，銀離子抗菌劑/銀系抗菌紡織品的抗菌原理主要有以下五種：
1、與細胞壁作用：細菌細胞膜帶有負電荷，銀離子Ag+能依靠庫倫引力牢固吸附細胞膜，與細胞壁發生肽聚糖反應，造成細菌固有成分被破壞或生產功能障礙。Ag+進一步穿透細胞壁，導致細胞壁的破裂，細胞質外流，最終使細菌死亡。
2、電場吸附作用：Ag+積聚在細胞膜表面，影響細菌的膜通透性，同時能破壞微生物電子傳輸系統、物質傳送系統。
3、與DNA作用：Ag+能阻斷ATP的生產，破壞DNA的複製；Ag+能產生活性氧自由基ROS，與DNA相結合，置換DNA分子雙螺旋結構中的氫，從而導致細菌DNA分子結構變形，抑制DNA、RNA、蛋白質的合成，使細菌失活。
4、與酶或蛋白質作用：Ag+穿透細胞壁進入胞內，與細菌等體內的一些基團結合，如巰基(-SH)，使蛋白質凝固，破壞細胞合成酶的活性，蛋白酶喪失活性，細胞喪失分裂增殖能力而死亡。
5、催化作用：Agn+能起到催化活性中心的作用，能激活周圍的氧，產生羥基自由基（· OH ）及活性氧離子（O 2-），具有很強的氧化還原作用，破壞微生物細胞的增殖能力，抑制或殺滅細菌。相對於低價態的銀，高價態銀的還原勢極高，更易使其周圍空間產生活性氧，而具有高效抗菌作用，抗菌活性按下列順序遞減：Ag 3+＞Ag 2+ ＞Ag+。