每次化學清洗前必須用透過液（或自來水）進行徹底的衝洗，一般需要對系統進行5-10min的衝洗。系統一般情況先進行酸洗，然後進行鹼洗（也可以根據實際情況先進行鹼洗後進行酸洗）。酸洗結束後必須進行清水清洗，使出水pH至7左右。
a）清水衝洗
用清水將NF/RO膜中的汙染物衝出系統，防止大量汙染物沉積到膜表面，從而延長膜的使用壽命。清水清洗用水為去透過液（或自來水）。
打開清洗進水閥，打開衝洗排放閥，打開清洗補水閥，開啟清洗水泵，當清洗水箱低液位時，停止清洗水泵；關閉清洗進水閥，關閉衝洗排放閥，清水衝洗結束。
清洗水箱加滿水，再次進行清水清洗，一般需用2-3桶清水。
b)清洗藥劑配置
鹼洗藥液配置：
在清洗水箱中加入鹼清洗液，調節PH在12左右，將其攪勻待用。
酸洗藥液配置：
在清洗水箱中加入酸清洗液，調節PH在2左右，將其攪勻待用。
c）進藥
打開衝洗排放閥，打開清洗進水閥，打開清洗補水閥，開啟清洗水泵；當清洗排放閥出水pH接近清洗藥劑pH時，進藥完成。
d）清洗藥劑循環
當清洗水箱液位距水箱出液口40釐米時，打開清洗回流閥，關閉清洗排放閥；使清洗藥劑在膜與水箱之間循環30分鐘。
e）浸泡
循環30分鐘之後，停止清洗水泵，關閉清洗進水閥，關閉清洗回流閥；使清洗藥劑在膜組件中浸泡2小時。
f）再循環
浸泡2小時之後，打開清洗進水閥，打開清洗回流閥；開啟清洗水泵，循環30分鐘。
g）清水衝洗藥劑
循環30分鐘後，停止清洗水泵。清洗完畢後，將清洗水箱殘液排完，將清洗水箱灌滿自來水，用清水衝洗相同操作進行衝洗，衝洗2-3桶水，使出水pH降到7左右。