...海洋試點國家實驗室開放共享多個抗新型冠狀病毒藥物篩選虛擬模型

2020-12-05 閃電新聞

齊魯網·閃電新聞2月2日訊(記者 劉洋)當前,正值防控新型冠狀病毒疫情的關鍵時期,尋找靶點藥物是科研攻關的重要工作之一。海洋試點國家實驗室及時啟動應急研發任務,利用實驗室學科、平臺、團隊、機制優勢,組織科研人員,主動出擊,針對多個重要抗病毒靶點開展了藥物虛擬篩選,力爭為疫情防控貢獻力量。基於前期已經建立的國際上首個海洋天然產物三維結構資料庫、科研人員群策群力,從中國海洋大學、北京大學、上海交通大學、中山大學、浙江大學、中科院南海所、中科院微生物所和青島海洋生物醫藥研究院等多家高校和科研院所,收集可獲得實體化合物的天然產物分子結構信息74,382個。擬利用 「智能超算與生物實測耦合的全鏈條創新藥物研發體系」,對這些天然產物分子、已上市藥物和中藥有效成分,進行分子對接、分子動力學模擬等藥物虛擬篩選。為了充分利用全國各地科學家們貢獻的海洋天然產物信息,在廣泛徵求賓夕法尼亞大學、復旦大學、華中農業大學等多家單位冠狀病毒專家建議基礎上,通過生物信息學分析研究病毒基因的保守性,利用知識圖譜技術收集類似蛋白結構信息,確立了7個藥物篩選靶點,分別是:病毒配體Spike蛋白、病毒受體ACE2蛋白、病毒蛋白酶PLpro(papain-like protease)和Mpro (3C-like protease,或main protease)、介導病毒RNA帽子的甲基化修飾的nsp16、與病毒轉錄複製相關的RdRp(RNA-dependent RNA polymerase)和潛在的病毒用於幹擾宿主免疫的X domain蛋白。通過同源模建、分子動力學模擬等手段,構建了可直接用於虛擬藥物篩選的靶點口袋。為了加速對抗新冠病毒的藥物篩選進程,海洋試點國家實驗室將這些靶點模型向社會開放共享,供廣大科學家和企事業單位用於非盈利性目的的藥物篩選工作。使用者可在http://ncovtarget.qnlm.ac 簡單註冊後,下載使用。後續靶點模型更新,還將適時在該網站公布。

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