酋長對氏人權利與權威的增大與各氏族、部族集團間的統治與附屬關係的發展互相影響，並加深與擴大了少數人的統治與剝削和多數人的被統治、被剝削之間的階級分化與對立。酋長們在統治「氏人」與被徵服集團的權利機構基礎上開始建立國家。
01，王國的形成
在北九州，早在公元1世紀中葉，就形成了《漢書》中所記述的倭奴百餘國那樣的很多的部族國家。其中最強有力的「倭奴」的「國王」，甚至有力量能把使節派到遙遠的漢王朝首都洛陽，並自後漢的皇帝領受了刻有「國王」字樣的金印。使事態發展到公元2世紀時，在公元3世紀的前半期，有史料記載就出現了 邪馬臺國。
這是個有28個屬國的大國，原由男王統治，經過數年的戰亂後，統治者們協議，舉卑彌呼這一婦女為王。女王系獨身，不拋頭露面，常以「鬼道」籠絡人心，政務由其弟執掌。女王死後，由於要擁戴男王，致使國內又陷於大亂。由此可知，邪馬臺國是個部落酋長的聯合政權，男性世襲王權制度尚未確立，王位常常是由部落酋長協商決定的。而且，當酋長們激烈相爭時，像卑彌呼這樣的宗教權威作為「國」的統一者比憑藉政治軍事實力更為有效。卑彌呼是組成這個國家的各部族的正宗氏族。她也許既有著祭祀長的權威，同時還有著母系氏族時代母祖權威的遺風。
02，內部發展
但當時這個社會，已經不能像母系氏族社會那樣，只靠母祖和祭祀長的權威來穩定了。因為，這個社會已不再是像以前那樣的民主與平等的社會，而是被稱為王及貴族的人剝削與統治平民及奴隸的階級社會。為了剝削與統治，就必須具備保衛王權的軍隊、懲罰反抗者的機關以及為維持這些非生產機關的徵稅機構與市場監督官等國家權利機關，而且還得善於運用這些機關。為此，卑彌呼就不得不用其弟掌管權利機關，亦即充任攝政。
公元239年，女王卑彌呼也向當時控制了朝鮮的中國魏朝首都洛陽派了使節，向魏帝進貢了奴隸和斑布，魏的皇帝也賜給了稱號和各種對日本王國來說很少見也很重要的物件。而當該國與其他國家發生戰爭時，還得到了魏王朝政治上的援助。靠中國的大帝國力量來維護王權並加強其對周圍各酋長的權勢，這種思想也見諸其後的倭王。這也是日本的國家形成過程中的重要特徵之一。
這個國家究竟在日本的何處，是北九州還是大和，一直以來就有爭論。即使就是在九州地區，那麼3世紀，在大和這個地方可能也建立了性質上完全一樣的部落聯盟式國家。該政權在4世紀中期，其勢力似乎也曾擴展及東到關東地方的西南部，西至九州的北部。但是，在這些地區還未有建立過強大統治權的跡象。4世紀時，在大和地方還出現了利用小高地建立的大型古墳。這也顯示了該地酋長們勢力的發展。
大和政權在徵服各地氏族與部族時，雖然也曾將其中的部分成員作為奴隸帶回大和，但通常是不破壞被徵服集團，並保留原氏族結構，在被徵服集團的酋長與徵服者之間製造一種虛擬的血緣關係，使前者隸屬於後者並繳納貢物，對其氏人則視需要或服勞役，或服兵役。