亞馬孫河支流眾多，其中長度超過1600千米的主支流就有7條，它們分別是馬臘尼翁河、烏卡亞利河、納波河、內格羅河、馬代臘河、塔帕若斯河、欣古河。下面我們就來了解一下這七條主要支流的基本情況：
馬臘尼翁河，公認為是亞馬孫河源頭，全長1600千米，發源於秘魯西部安第斯山脈。它先是向西北流，再轉折向東流，上遊穿過安第斯山深谷，之後經過高地叢林形成了一系列急流瀑布，然後河水再向東流，經過炎熱、人口稀少的雨林區，在瑙塔下遊與烏卡亞利河匯流，形成亞馬孫河。
烏卡亞利河，是亞馬孫河的另一個源頭，由秘魯中東部的阿普裡馬克和烏魯班巴河匯合而成，向北穿過山嶺，流經森林密布的泛溢平原，在伊基託斯西南88千米處同馬臘尼翁河匯流，形成亞馬孫河。它幹流全長約1609千米，如果連同其最長的支流阿普裡馬克河則為2700多千米平均流量9544立方米/秒。它是秘魯東部的主要大河，適合航行，是秘魯東部地區與外界運輸往來的重要通道。
納波河，全長1705千米，是亞馬孫河左岸第一條較大的支流。發源於厄瓜多境內海拔5704米的安蒂薩納火山附近，向東流經秘魯邊境，然後向東南穿過茂密熱帶雨林，最後在秘魯德奧雷利亞納附近匯人亞馬孫河。納波河是厄瓜多、秘魯重要的運輸通道，它滋養著沿岸的土著印第安人，為當地土著印第安人提供了豐富的自然資源，如橡膠、糖膠、木材和毛皮等，成為他們重要的生活物資來源。
內格羅河，也叫「黑河」，因為它在西班牙語中就是「黑河」的意思。它全長2252千米，是亞馬孫河北岸最大的一條支流，源頭是奧裡諾科河，流經巴西西北部，之後向東南流，接納布朗庫河等支流，在瑪瑙斯下遊附近匯人亞馬孫河。