中國科學家在此次武漢疫情爆發短短2-3周內，就通過基因測序的方法鑑定出新型冠狀病毒，並成功繪製出其全基因組序列信息。
2020年這個新年的開啟方式與往年不同，舉國之力應對新型冠狀病毒（以下簡稱新冠病毒），央視新聞 「共同戰 『疫』」 不間斷直播，今天我們就來聊聊新聞裡常提到的核酸檢測。
圖片來源：中新網
核酸檢測，是指通過特殊的技術手段檢測臨床樣本中是否存在特定的病原體核酸，從而診斷患者的感染原因。此次新冠病毒是單鏈RNA病毒，根據《新冠病毒感染的肺炎診療方案（試行第五版）》（下文簡稱診療方案）建議，針對疑似病例的確診，需要具備以下病原學證據之一者，即為確診病例：
呼吸道標本或血液標本實時螢光RT-PCR檢測新型冠狀病毒核酸陽性；
呼吸道標本或血液標本病毒基因測序，與已知的新型冠狀病毒高度同源；
診療方案中提到了兩種檢測方式，實時螢光RT-PCR和基因測序。小編分別為大家做簡要介紹：
實時螢光RT-PCR
這種方法的全稱是，實時螢光反轉錄聚合酶鏈式反應。它首先將提取的病毒基因組RNA，通過反轉錄變成互補DNA（cDNA）。然後再用病原體特異性的引物，以cDNA作為模板擴增病原體核酸序列。因為擴增的過程中螢光染料能同步整合在產物上，所以研究者可以通過螢光信號的強弱，進行實時檢測。
對於這種方法，最關鍵的步驟就是設計病原體特異性的引物。以新冠病毒核酸檢測為例，我們只有了解到這種新病毒全基因組的核酸信息，才能找到與它的「近親」病毒（如SARS、MERS）不一樣的區段，設計出特異性針對新冠病毒的引物，使這種方法診斷的準確性更高。既然提到全基因組，我們就不得不提到診療方案中提到的第二種方法——基因測序。
基因測序
在診療方案中提到的基因測序方法，目前使用最為廣泛的叫新一代測序（Next generation sequencing，NGS）（後面簡稱NGS技術）。我們比較熟悉的無創產前檢測（NIPT）使用的就是這項技術。在新冠病毒診斷中，NGS技術首先將病毒RNA製備成測序儀可以識別和分析的DNA文庫，然後在測序儀上同時對數以百萬計的核酸序列進行檢測。檢測結果經生物信息學軟體處理，最後向我們展現出病毒相關序列信息。相比2003年SARS疫情花了2-3個月確定病原體，中國科學家在此次武漢疫情爆發短短2-3周內，就通過基因測序的方法鑑定出新型冠狀病毒，並成功繪製出其全基因組序列信息。這項技術的巨大成功，不僅使國內診斷企業能快速研發用於新冠病毒診斷的實時螢光RT-PCR試劑盒，更向全世界展示了中國有先進的技術能力幫助政府有效地掌握並控制疫情。即使到了疫情攻堅戰的此刻，NGS技術仍然在解析第二代、第三代病毒變異情況和追蹤病毒起源及演化方面，扮演著不可替代的核心作用。
目前，NGS技術主要在Illumina、ThermoFisher、華大生產的測序平臺上開展，其中Illumina是基因測序領域的品牌領先者，全球測序儀器中約七成為其測序平臺；在此次疫情中，國家及多個省CDC的基因測序均是在Illumina測序平臺上開展。
圖片來源：見水印
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在此次疫情中，NGS技術讓我們能更快的確定病原體，給疾控部門和臨床提供疑似病例確診檢測手段，並為疾控部門更好的溯源提供了有利的工具。
來源：「醫學界」微信公眾號