水產養殖中，由於人們缺乏水生態系統保護意識、片面強調養殖產量的增加和養殖規模的擴大,一些養殖水體出現富營養化,導致藍藻爆、赤潮(紅潮、黑潮、黃潮)爆發，養殖效益下降、生態系統退化。
一、藍藻
1、藍藻的習性：
藍藻的發生很大程度上取決於溫度。藍藻繁殖時對溫度敏感，水溫在17℃以下時，不會大量發生，或者不會對魚類構成危害。當水溫上升到28℃時，由於其它藻類的生長受到抑制，同時又大量被魚類吞食(溫度高魚類攝食代謝增強)，藍藻很容易形成優勢種群而大量爆發。
①PH值：藻類喜歡偏鹼性的水體，高PH(PH8.0—PH9.5)會促進藍藻的發生，故應避免單一使用潑灑石灰水的方法改善水質。
②氮磷比：藍藻既可利用水體中的氮，又具有更高的利用磷的能力，低氮磷比或含磷較高富營養化的水體都可能導致藍藻的大量發生。適當提高氮磷比可在一定程度上抑制的藍藻的生長。
③生態關係：藍藻與其它藻類一起構成池塘生態系統的生產者，提供了89%以上的溶氧。因此這些生產者除了參與生態系統的物質循環外，還影響到魚類的生存。
④藍藻水華的成因：不同階段的關鍵因素不同，一般可以將藍藻水華的形成分為四個階段：休眠、復甦、生物量增加、上浮。上浮後形成藍藻水華，然後開始出現轉水。
⑤藍藻的危害：藍藻可以改變膨壓，在高溫強光照的天氣情況下，聚集在水體表層，吸收了大部分的陽光，在自己大量繁殖的同時抑制其它藻類的生長。藍藻的大量繁殖，不斷向水體分泌有毒代謝物質，從而影響浮遊生物的種群演替、繁殖周期，還可引起一些浮遊動物的大量死亡。
2、藍藻大量發生的危害
藍藻顆粒很難被魚類消化，大量繁殖後很快就會成為絕對優勢種群。這種通過種空間競爭形成的過度繁殖，必然也會帶來種內鬥爭，這種內鬥的結果又將導致大量的藍藻死亡。藍藻的大量死亡使得水體的生產者銳減，造成水體中的溶氧供應嚴重不足。同時，藍藻死亡分解也會消耗大量的溶氧，釋放大量羥胺、硫化氫等有毒物質。在嚴重缺氧和有毒物質存的條件下，魚、蝦、蟹類會大量死亡，甚至全部死亡。
3、控制藍藻的方法
①徹底清塘消毒，加注不帶藍藻的新鮮水：由於藍藻比其它藻類具有更強的競爭力，因此控制措施以預防為主、防重於治。徹底清塘消毒可有效殺滅藍藻、降低基數，可減少大規模發生的可能。同時應注意避免隨加水帶入藍藻，對控制藍藻也有積極意義。
②定期換鮮水：對於含有較多藍藻的池塘，經常大量地換新鮮水，可稀釋藍藻的濃度。同時也稀釋了藍藻分泌的毒物濃度，促進其它藻類的生長和保持整個生態系統的動態平衡。當藍藻大量發生時，可選用殺藻藥物局部殺藻，三天後重新培養藻類。
③放養一定數量的濾食性魚類：雖然藍藻不易被消化，但由於其顆粒較大，更容易被濾食性魚類攝食到體內，在一定程度上延緩、阻礙了藍藻的生長。可供選擇的魚類有白鰱、花鰱、白鯽等。實踐表明放養一定數量的濾食性魚類時，基本不會爆發藍藻。
二、綠藻：盤星藻、新月藻、柵藻衣藻、空球藻、空星藻、實球藻、水網藻（對魚苗有害）、水綿（水體清瘦絲狀藻類）、微芒藻。
①綠藻的應用：由於綠球藻具有易培養、細胞壁薄、營養豐富等特點，目前主要作為餌料應用於水產養殖業中。
②綠藻的優缺點：在我們池塘養殖中大量生長的多為小球藻，因其個體較小，營養豐富，是輪蟲的優良鉺料。能夠使水體中產生大量輪蟲，較為適合魚、蝦、蟹幼苗的培育。可直接作為水產幼苗的開口餌料，也可培育輪蟲用來餵養幼苗；但由於其個體較小，養殖的成品魚類對其的利用率不高，可作為調水產品來使用。
水體富營養化的防治方法
氮、磷是水體富營養化的主要原因，控制了氮、磷也就是基本上控制了水體的富營養化。
1、氮的控制 ，在養殖前期，水體中氮含量一般都較低，水體處於貧營養狀態，為保持水色和一定的透明度，維持菌相和藻相平衡，有時候需要加入一定量的氮(施肥)。但是到了養殖中後期，水體中氮水平急劇升高，水體進入富營養化狀態，為消除多餘的氮，有效的辦法是向水體定期投放芽孢桿菌或者硝銨淨類產品，加強水體的氨化、硝化、反硝化能力。
2、磷的控制，磷在水體中以可溶性磷和不溶性磷二種形態存在。只有可溶性磷才能被藻類吸收，將水體中可溶性磷轉化生成不溶性(或微溶性)磷，是防治水體富營養化的有效辦法。在養殖中後期定期向水體投放生石灰，能使可溶性磷生成不溶性的磷酸鹽[Ca5(OH)(PO4)3]。投放生石灰一般每15天～30天一次，每天每畝10kg～20kg不等。
3、微生物製劑抑制技術。在養殖池中經常施放有益微生態製劑，能及時降解進入水體中的有機物，如動物屍體、殘餌等，減少有機耗氧，穩定pH值。單細胞藻繁殖旺盛的水體，不但溶氧高，而且單細胞藻可以穩定水體的物理要素及化學要素，清除氨氮等有害的物質，減輕環境中讓養殖動物產生應激的因素。有條件的可以設置微管增氧等，提高溶氧量，促進微生物的生長與繁殖。
芽孢桿菌能分泌蛋白酶等多種酶類和抗生素, 使池底積累的大量殘餘餌料、排洩廢物、動植物殘體以及有害氣體( 氨、硫化氫等),使之先分解為小分子( 多肽、高級脂肪酸等), 後分解為更小分子的有機物( 胺基酸、低級脂肪酸、單糖、環烴等) , 最終分解為二氧化碳、硝酸鹽和硫酸鹽等, 有效降低了水中的COD、BOD,使水體中的氨基氮(NH3-N) 、亞硝基氮(NO2-N) 和硫化物濃度降低,從而有效地改善水質, 同時還能為以單細胞藻類為主的浮遊植物提供營養物質, 促進繁殖。這些浮遊植物的光合作用,又為池內底棲水產動物的呼吸、有機物的分解提供氧氣, 從而使養殖水體形成一個良性的氧化、氨化、硝化、反硝化的正常循環，保持良好的水質。另外, 它們分泌的多種酶類和抗生素可以抑制其他細菌的生長, 進而減少甚至消滅水產養殖動物的病原體 。
4、藍藻、赤潮爆發處理措施
一、當水體只有部分藍藻、綠藻時，用藍藻滅（1-2畝）+EM菌母液（4-5畝）。
二、當滿塘都是藍藻、綠藻時，這時候就不能全塘殺滅，因為藻類大量死亡，容易引起泛塘，導致水中養殖對象死亡。此時，需要用高效底改王（2畝）+生物增氧底改片（3畝），2天後，用調水寶（10畝）+芽孢桿菌（20畝）。