神經系統疾病
1.中樞神經系統疾病、周圍神經（如顱神經、臂叢神經、腰骶叢神經病變及其它外周神經）病變，請首選MRI，尤其是腦幹、小腦、顱頸交界處病變、垂體微腺瘤、椎管脊髓病變首選MRI。
2.超早期腦梗死、出血（尤其微出血）、腦實質血管畸形首選MRI（+SWI）；懷疑超早期腦梗塞者，也可首選CT灌注成像。
3.血管性疾病(如頸動脈粥樣硬化斑塊狹窄)：首選頸動脈超聲，再選擇頸動脈CTA或MRA 、DSA。懷疑顱內動脈瘤者，可首選CTA，巨大動脈瘤並血栓形成者可首選MRI+動態增強MRA。需鑑別顱內動脈單發狹窄是動脈粥樣硬化還是血管炎者，請申請MRI血管壁成像+增強。
4.急性腦外傷可首選CT（部分需骨骼三維重建），診查有無骨折、出血；瀰漫性軸索損傷可首選MRI+SWI
5.新生兒疾病、胎兒神經系統發育：首選超聲或/和MRI，一般不選CT。
6.急性腦血管病：可首選CT診查有無急性出血（有條件者可加做CTA+灌注成像診斷早期腦梗塞），再選或首選MRI{MRA+MRI+（SWI+灌注成像）}
7.糖尿病腦病、肝性腦病、低血糖腦損傷、中毒性腦病、或精神異常、癲癇、腦白質病變或輕微異常者，首選MRI。
8.懷疑澱粉樣腦血管病者，首選MRI+SWI；懷疑靜脈竇血栓形成者，首選MRI+MRV+SWI。
9.首診懷疑腦腫瘤、顱底病變者可首選CT（顱底病變最好有三維重建），再做MRI；懷疑腦腫瘤或已做過CT者，應選擇MRI+增強（灌注成像/+MRS）；已做過腦腫瘤手術或放療後患者，請選擇MRI+灌注成像（MRS）；懷疑腦轉移者，首選MRI+增強
10.懷疑感染性（化膿性、真菌、結核）腦膜炎、硬脊膜炎、低顱壓、癌性腦膜炎，請選擇MRI+增強。複查上述疾病者，請選擇MRI+增強。
11.懷疑腦發育畸形者，首選MRI；懷疑顱骨發育畸形者，請結合頭顱DR片。
12.懷疑三叉神經疼痛、舌咽神經痛、面聽神經等後組顱神經病變者，請申請MRI+相應顱神經檢查
13.懷疑平山病者，請申請頸椎MRI平掃+過屈位增強。
14.突然四肢癱或下肢癱/血性腦脊液，懷疑椎管內血管畸形者，請首選脊椎MRI+脊髓血管成像，可再選脊髓DSA或CTA檢查協診。
15.懷疑維生素缺乏神經系統損害、副腫瘤綜合症、免疫系統疾病腦脊髓損傷
（乾燥症候群、橋本氏腦病、系統性紅斑狼瘡腦病等）請首選MRI；外院已做CT或MRI平掃
（通常無彌散加權成像）發現病變不能確診者，一般應申請MRI平掃+增強，而不推薦直接申請MRI增強（不利於定性診斷）。
呼吸系統疾病
1.常規呼吸系統病變
一般性呼吸系統疾病檢查或術前常規，首選DR，最好包括正側位（減少漏診）。發現問題者，最好進一步行胸部CT檢查。
2.瀰漫性肺疾病
瀰漫性肺疾病（懷疑塵肺、間質纖維化/肺炎、結節病、結締組織膠原性疾病、肺轉移等）、活動性肺結核、各種肺炎、支氣管擴張、原因不明咳血者、肺水腫、肺血性轉移或淋巴道轉移瘤，包括需觀察療效者，請首選CT+HRCT。
3.肺小結節或隔期複查者
外院CT發現或臨床擬診肺小結節或隔期複查者（≤2cm）,請直接選擇HRCT+三維重建。必要時行胸部CT增強。其中需多次複查小結節（1-2cm）又避諱射線者，可選胸部MRI+動態增強。
4.轉移瘤
發現轉移瘤（如腦轉移、骨骼轉移者），尋找原發灶是否為肺癌者，請首選胸部CT，或者PET-CT或全身MRI彌散加權成像（類PET）。
5.肺癌高發人群
肺癌高發人群篩查、40-45歲以上低劑量肺癌篩查，首選胸部CT（必要時加掃HRCT）.
6.確診肺癌需臨床分期
確診肺癌，需要進行臨床分期者，可首選PET-CT，也可選全身MRI加權成像（類PET）；確診肺癌，需排除腦部有無轉移者，請首選頭顱MRI+增強；
7.確診肺癌需排除轉移
確診肺癌，患者有腰背部、四肢疼痛者，首選相應胸腰椎、四肢MRI檢查，也可選擇ECT骨掃描或PET-CT了解有無轉移
8.DR/CT發現結節需定性
DR或一般胸部CT發現肺部結節難以定性者，首選肺結節HRCT+三維重建，必要時加掃CT增強或者胸部MRI+增強（避諱射線者），最終選CT引導下穿刺活檢病理。
9.肺實變並大量胸水
胸部CT發現肺實變並大量胸水，難以定性者，可選MRI+動態增強協診。
10.小氣道病變
懷疑小氣道病變者，首選胸部CT，最好加HRCT(呼氣末+吸氣末)
11.胸壁病變
DR或CT發現胸壁病變不能定性者，請選擇胸部MRI+增強。
12.胸部外傷
胸部外傷者，首選胸部CT+骨骼三維重建；疑胸椎/胸髓異常者，請選擇胸椎MRI檢查。
13.急性胸痛
急性胸痛懷疑肺栓塞者，可急診做胸部CT平掃+肺動脈CTA，或肺動脈MRA。
14.縱隔腫瘤
發現縱隔腫瘤不能定性者，可選胸部CT平掃+增強或胸部MRI+增強。
消化系統疾病
1.食道病變
疑食道病變（食道癌、炎症、靜脈曲張、異物等）或患者有進食梗噎、異物感者，首選上消化道氣鋇雙重造影檢查。若擬診食道癌者，需胃鏡活檢病理證實；然後，請選擇胸部CT/MRI +增強了解有無周圍侵犯、淋巴轉移（評價能否手術或選擇放化療），MRI對鄰近骨骼侵犯觀察更好。
2.胃部病變
懷疑胃部病變（胃癌、淋巴瘤、胃腸間質瘤、潰瘍等）者，首選上消化道氣鋇雙重造影檢查（不能耐受鋇劑的可選胃部超聲）。若擬診胃部惡性腫瘤者，需胃鏡活檢病理證實（淋巴瘤等黏膜下病變除外）；然後，請選擇上腹部飲水低張CT/MRI +增強，了解有無周圍侵犯、淋巴轉移和肝轉移（評價能否手術或選擇放化療），若只做上腹部平掃、不同時做CT/MRI增強檢查者，MRI優於CT。
3.小腸、結腸病變
懷疑小腸、結腸病變（炎症、腫瘤、急性梗阻等）者，可選擇小腸、結腸氣鋇雙重造影/直接選擇CT或MRI小腸、結腸造影平掃+增強掃描，若只做CT/MRI平掃、不同時做CT/MRI增強檢查者，MRI優於CT。
4.上腹部病變
懷疑肝膽胰腺脾臟及腹膜後病變或黑便、布卡症候群者，首選超聲（必要時+超聲造影、彈性成像等），然後請選擇上腹部CT/MRI+動態增強；複雜或疑難病例或者肝硬化背景明顯、血色素病者，選擇上腹部MRI+動態增強（甚至肝臟特異性造影劑）對病變的檢出與定性優於上腹部CT+動態增強。
5.肝臟少見或不典型病變或腫瘤
肝臟少見或不典型病變或腫瘤（肝腺瘤、局灶性結節增生、少脂肪血管平滑肌脂肪瘤等），常常需要超聲、CT/MRI+動態增強綜合診斷，MRI略有優勢。
6.肝臟腫瘤栓塞等介入治療後
對於肝臟腫瘤栓塞等介入治療後療效的複查，首選上腹部MRI平掃+動態增強或超聲+造影，或者超選擇性肝動脈造影；單純觀察碘油栓塞是否滿意者，可選擇上腹部CT平掃。
7.肝臟結節需定性
對於肝硬化退變結節癌變或微小肝癌、其他檢查結節性質不明者、有無微小肝轉移瘤者，請首選肝臟MRI平掃+肝臟特異性造影劑動態增強。
8.血色素病
懷疑血色素病者，請直接選擇上腹部MRI平掃+同反相位+SWI。
9.胰腺病變
慢性胰腺炎、自身免疫性胰腺炎（IG4相關性胰腺炎）與胰腺腫瘤鑑別困難者，通常在超聲發現異常後，請選擇上腹部CT平掃+動態增強，同時行上腹部MRI平掃+動態增強（即超聲+CT+MRI三者綜合診斷）。
10.膽囊膽道病變
懷疑膽囊息肉、結石、炎症或梗阻性黃疸患者，首選超聲。發現病變後，請選擇膽道MRI平掃+增強+MRCP或者膽道CT+增強（含膽道三維重建）；若為低位膽道梗阻（壺腹部腫瘤、炎症），建議行低張飲水膽道CT/MR平掃+增強。
11.急腹症
急腹症如腸梗阻、穿孔（炎症、腫瘤、糞石、動靜脈血栓）、闌尾炎或闌尾腫瘤，請直接選擇全腹部CT/MRI平掃+增強（懷疑血管病變者加做CT或MRI血管重建）
12.結腸癌、直腸癌
懷疑結腸癌、直腸癌者，可首選結腸/直腸氣鋇雙重造影，然後結腸鏡活檢病理證實，繼而行結腸/直腸CT/MRI造影+增強，做腫瘤分期評估以選擇手術、放療、化療等治療方法。若不同時行增強檢查者，MRI平掃優於CT平掃。
13.消化道腫瘤需分期
若發現消化系統腫瘤為中晚期，需做腫瘤分期者，請選擇全腹部CT/MRI平掃+增強，有條件者，最好選擇全身MRI彌散成像（類PET）或PET-CT；懷疑單一部位骨轉移者，可行局部MRI協診，ECT骨掃描可做參考。
14.溫馨提示
文中所指CT至少為十六層以上多層螺旋CT，MRI至少為1.5 T MR。
泌尿生殖系統疾病
1.超聲發現泌尿繫結石
超聲發現泌尿繫結石（腎盂、腎盞、輸尿管結石、膀胱結石），請選CT+CTU（CT泌尿系成像），備選MRI+MRU（CT增強過敏、忌諱射線者）。
2.腎積水查因
超聲發現腎積水查因者，需了解腎功能者，請選擇靜脈腎盂造影（IVP），或者CTU/MRU（泌尿系成像）；重度腎積水或兒童患者，請直接做MRU或CTU。
3.腎腫瘤、炎症
雙腎腫瘤、炎症（結核、黃色肉芽腫行腎盂腎炎等）或血尿查因者，首選超聲，再選CT/MR平掃+增強，對於部分腫瘤（如少脂肪血管平滑肌脂肪瘤、淋巴瘤）或不同時做增強者，MRI更有優勢。
4.輸尿管、膀胱
對於輸尿管、膀胱炎症或腫瘤，首選超聲，再選CT/MR平掃+增強（部分加做CTU或MRU），不同時做增強者，MRI更有優勢。
5.生殖系統病變
擬診睪丸、前列腺、精囊腺、子宮、卵巢炎症、腫瘤、畸形者，首選超聲，再選MRI平掃+動態增強（+MRS），一般不選CT(除非晚期腫瘤)；需腫瘤分期者請選PET-CT或全身MRI彌散成像（類PET）。
6.超聲懷疑卵巢惡性者
超聲懷疑卵巢惡性者，請直接選擇全腹部MRI平掃+增強，方便腫瘤分期；有條件者，也可選擇PET-CT或全身類PET。
7.乳腺疾病
首選超聲+鉬靶，需要進一步確診的再選擇MRI平掃+動態增強，一般不選擇CT