細菌是生物的主要類群之一，也是常見的基因工程模型。細菌作為原核生物沒有特定的細胞核，它的遺傳物質散落在細胞質中，基本的細胞結構還有細胞膜、細胞壁。鞭毛是某些細菌特有的運動器官，細菌可以通過調整鞭毛的旋轉方向來改變運動狀態。細菌的鞭毛自細胞膜長出，游離於細菌細胞外，鞭毛的長度常超過菌體若干倍。在做電鏡實驗時，鞭毛由於反差弱，可視化往往需要藉助負染色。
負染之後的鞭毛結構在深色背景下呈陰性反差，結構清晰可見。關於負染色的原理背景可參見往期內容：負染色原理
所有的電鏡下直接觀察，都需要以懸液的形式進行。在這種懸浮液中，樣品必須達到一定的濃度和純度。另外，電鏡實驗通常使用對數生長期的細菌，因為在這個期間細菌的生理活動最為活躍，而且活細菌的數量基本接近於總數。
細菌樣品的觀察可以現取現用。如果細菌培養於固體培養基，可以從菌落上挑一點細菌溶解在純水裡。如果細菌培養於液體培養基，培養液除了有細菌，也可能有很多次級代謝產物，內含的雜質或者晶體會嚴重幹擾成像。所以樣品在包被完後，需要用純水洗一下銅網。如果細菌培養到理想的時期，但短時間內無法安排電鏡實驗，則需要對細菌進行固定。任何生命體，在停止培養後都會有自溶、破碎現象，固定即用化學或者物理的方法快速的殺死細菌，目的是儘可能使細胞中的各種細胞器以及大分子保持原有生活狀態，不發生位移，使得組織結構變化最小，最大化地接近生物體生活狀態。具體方法是將細菌在固定液（2.5%戊二醛+2%多聚甲醛 ）中重懸。一定要保證固定液和單個的細菌充分接觸。固定之後，可將細菌懸液在4℃保存數月。
具體染色方法：
1. 在實驗開始之前要做好準備工作。保證桌面乾淨， 準備好碳膜和鑷子。將封口膜貼在桌子上。
2. 在封口膜上滴樣品、純水、染液的液滴。液滴不宜過大，20微升左右即可。將銅網輕輕放在液滴上，讓有碳膜的那一面接觸液滴。靜置2分鐘。
3. 夾起銅網，用濾紙從側面吸取銅網上的水分，再將銅網轉移至純水液滴（如需水洗）或染液液滴。靜置1分鐘。
4. 夾起銅網，用濾紙吸乾多餘染液，放入樣品盒中風乾。
注意事項：
1. 鞭毛在細菌死亡後極易脫落，應選擇對數生長期的細菌及時制樣或固定。
2. 在處理液體培養基中的細菌樣品時，應避免高轉速離心以及強水流重懸。
3. 如果鞭毛依然有脫落情況發生，可用固體培養基培養菌落，在菌落上直接滴加純水，並在液滴上放銅網直接包被，以減少後續操作帶來的鞭毛損傷。
4. 為避免負染色汙染，應在染色前確定染液澄清透明，無肉眼可見沉澱，並在使用時離心取上清。
參考文獻：
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