2020年11月10日,深圳市第三人民醫院聯合深圳華大生命科學研究院在國際知名學術期刊《細胞發現》(Cell Discovery)發表了題為「Initial whole-genome sequencing and analysis of the host genetic contribution to COVID-19 severity and susceptibility」的研究成果,發現新冠症狀嚴重程度與患者自身遺傳因素有關,為認識新冠的作用機制、科學防控新冠肺炎疫情提供了參考。(文章連結:https://www.nature.com/articles/s41421-020-00231-4)
Cell Discovery網站截圖
由SARS-CoV-2病毒引起的新型冠狀病毒肺炎(COVID-19)在全球範圍內大流行,截止到2020年11月9日,全球已有逾5010萬感染病例,125萬死亡病例。根據報導,不同個體在感染新冠病毒(SARS-CoV-2)後的症狀有較大差異,約80-85%的感染者表現為無症狀或者輕症,15-20%的患者則罹患重症、危重症甚至死亡。除年齡、性別、併發症等已知的高風險因素外,患者自身的遺傳背景也是影響其症狀嚴重程度的重要因素。
自疫情發生以來,已有多項新冠患者遺傳背景與免疫反應、嚴重程度以及易感性等相關研究在不同國家開展。其中,英國最近的雙胞胎研究顯示新冠患者的臨床表現和易感性受到遺傳因素較強的影響[1];西班牙和義大利的研究則在三號及九號染色體上發現了與重症顯著關聯的基因座[2],其中三號染色體上的相關區域可能與已經滅絕的尼安德特人有關[3];基於中國人群的臨床數據統計分析曾顯示新冠患者和正常人群的ABO血型比例存在差異[4],間接提示遺傳因素對症狀的影響。
本項目聯合研究團隊首次探究了中國人群遺傳背景對新冠症狀嚴重程度以及易感性的影響。課題組招募了332例核酸陽性但表現為無症狀,輕症,普通,重症和危重等不同嚴重程度的新冠患者。通過對患者及自然對照人群進行深度測序和分析,發現了位於六號染色體的人類白細胞抗原區域(HLA)特定單倍型以及GOLGA3、 DPP7等基因功能的缺失會增加罹患新冠重症的風險。此外,雖然流行病學研究顯示我國與歐洲人群新冠患者有著相似的症狀分布比例,但曾在歐洲人群中發現與重症顯著關聯的三號染色體相關基因多態性位點rs11385942在此項研究的患者人群中頻率為0,在ChinaMAP [5]等其它中國人群資料庫中的頻率也極低,關聯信號無法得到重複,提示不同遺傳背景的人群感染後症狀嚴重程度可能不同,需要進一步深入研究與比較。
該研究成果的發布將有力推動新冠相關的基礎科學研究,所發現的遺傳背景差異將為科研人員進一步認識新冠病毒及其與人體的相互作用機制提供指引,進而為科學防控新冠肺炎疫情提供參考。
深圳市第三人民醫院的劉磊教授、何清教授以及深圳華大生命科學研究院的金鑫研究員、劉斯洋研究員為論文共同通訊作者。深圳三院王方教授等為共同第一作者。項目得到了深圳國家基因庫的平臺支持。
*本項目按照我國人類遺傳資源管理相關規定開展,相關數據已在科技部備案並獲得批准。
參考資料:
[1] Williams, F. M. et al. Self-reported symptoms of covid-19 including symptoms most predictive of SARS-CoV-2 infection, are heritable. medRxiv https://doi.org/10.1101/2020.04.22.20072124 (2020).
[2] Ellinghaus, D.et al. Genomewide Association Study of Severe Covid-19 with Respiratory Failure. N. Engl. J. Med. (2020). doi:10.1056/NEJMoa2020283
[3] Zeberg, H., P bo, S. The major genetic risk factor for severe COVID-19 is inherited from Neanderthals. Nature (2020).
[4] Wu, Y., Feng, Z., Li, P. & Yu, Q. Relationship between ABO blood group distribution and clinical characteristics in patients with COVID-19. Clin. Chim. Acta (2020). doi:10.1016/j.cca.2020.06.026[5] Cao, Yanan, et al. The ChinaMAP analytics of deep whole genome sequences in 10,588 individuals. Cell Research (2020).