等溫擴增與轉錄組測序助力新冠病毒診療

2020-11-30 騰訊網

新冠病毒在全球持續蔓延，檢測診斷技術依然是疫情控制的瓶頸。螢光定量PCR等新冠病毒檢測金標準局限於醫院等特殊機構，難以大規模提供核酸檢測服務，儘管有許多新的病毒檢測技術開發，然而未得到臨床和實驗室的充分評估，因此人群中的無症狀感染情況、公共場所病毒分布情況都缺乏詳盡的信息，對於宿主免疫應答和微生物共感染的詳細信息更是缺乏，這些都制約了公共衛生和臨床醫學。為此威爾康奈爾醫學院聯合多個研究機構，開發了逆轉錄環介導等溫擴增（LAMP）快速檢測病原的方法，並將其整合入大型病毒宿主宏轉錄組分析平臺，在病原鑑定、快速篩查、藥物開發等方面具有重要意義，研究成果發表於bioRxiv。

1.快速試管檢測：

研究者建立了一種比色分析法快速檢測和量化患者和環境樣本SARS-CoV-2病毒載量，反應僅需30分鐘，同時可避免近緣病原體造成假陽性。

2.病毒、微生物、宿主宏轉錄組平臺

開發了一種鳥槍法宏轉錄組學平臺，分析來自患者和環境拭子標本的所有RNA。除了分析新冠病毒感染情況，還對可能的共感染和共生物種定植進行相應的檢測。

3.地鐵環境取樣

地鐵中新冠病毒載量相對較低，但具有較大變異性，構建進化樹發現了SARS-CoV-2新的亞群豐度較高。

4.宿主轉錄組

探究了與新冠病毒感染相關的基因表達變化，包括病毒應答、天然免疫、幹擾素信號以及嗅覺、離子、核糖體等。同時發現ACEI藥物與COVID-19的感染風險和死亡率無顯著關係。

該研究揭示了地鐵作為新冠病毒傳播的重要地點，暗示了SARS-CoV-2感染中特定的宿主反應，包括血管緊張素轉換酶途徑的擾動。

本期編輯：Reynard Fox

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