無論你通關與否，投身於《死亡擱淺》送貨之路的玩家們對遊戲劇情或多或少都有些疑問。
本次《死亡擱淺》的遊戲通關時間較長，可能在推動主線流程的過程中出現走一步忘一步的情況。為此，篝火營地再次對順應著劇情的流程發展將遊戲劇情分為 4 個部分進行闡述，幫助玩家理順劇情。部分劇情細節可能有所忽略，文章含有大量的劇透內容，還請玩家悉知，未通關請迴避。
第一部分
故事開場開著摩託車運送貨物的山姆無意間遇到了芙拉吉爾，措不及防的剎車讓他失去了自己的摩託車，無奈只好走向洞穴。誰知洞穴中遇到了 BT，芙拉吉爾通過瞬移的能力再次出現，讓山姆屏住呼吸不要發出聲響，兩人逃過一劫。對開羅爾過敏的症狀讓山姆留下了眼淚，這是有杜姆斯能力的象徵。
芙拉吉爾試圖招募山姆加入芙拉吉爾速遞，遭到了山姆的拒絕。
在完成一筆訂單任務之後，屍體處理分隊的人找到了山姆，想請求有杜姆斯能力的山姆幫助他們穿過一個充滿了 BT 危險的區域，協助進行屍體的焚化。因為在《死亡擱淺》的世界中，遺留的屍體會和 BT 產生反應，引發毀滅性極強的虛空噬滅。
運送的過程並不如想像中順利，屍體的腐化時間逐步逼近，最終引來了 BT 的注意。屍體處理分隊的成員紛紛慘遭不測，只有山姆和一個遺落的 BB 倖存。虛空噬滅最終還是發生了，但作為有著遣返者能力的山姆在死亡擱淺的冥灘中抱起了遺落的 BB，返回了現實的世界。
從昏迷中醒來山姆，被帶到了 UCA 的首都結點城，在這裡他認識了亡人。亡人表示，由山姆一行人造成的虛空噬滅造成了大面積的損失，並請求山姆完成一個向布裡吉特總統送嗎啡的訂單。其實布裡吉特總統是山姆的養母，一場意外的發生讓山姆憤然出走，兩人已經有十年沒有見面了。運送嗎啡只是她想要在臨終和山姆見一面的藉口。布裡吉特總統想要請求山姆西行，串聯起開羅爾網絡，只有讓人們凝聚起來人類才有活下去的希望。
山姆依舊對此十分抗拒，但布裡吉特總統的大限已至，她拼盡全力地想要說服山姆，最終依靠著養子山姆倒下了。為了不讓人民因此而感到不安，亡人請求山姆對總統去世的消息進行保密。
同時為了避免屍體引發的虛空噬滅，山姆又啟程前往就近的焚化廠秘密火化布裡吉特並得到命令銷毀懷中的 BB。豈料，焚燒後引起了高濃度的開羅爾物質釋放，BT 將焚化廠團團圍繞，情急之下，山姆再度與 BB 連接，靠著 BB 的幫助一路掃描 BT 的痕跡回到了首都結點城。
此時布裡吉特的女兒亞米莉接任了總統職位，她接過了母親的遺志希望山姆踏上連接美國的道路。同時，一路西行也是為了解救被恐怖分子軟禁的亞米莉。最終山姆答應了。
經歷了此番遭遇，立了功的 BB 得以留在山姆的身旁。成為了山姆掃描 BT 的好幫手。幾次的送貨之行後，山姆逐漸熟悉起了道路，因為研究發現山姆的血液和體液能對 BT 造成很大影響，也因此研製出了應對 BT 的有效武器——裝有山姆血液的手榴彈。在結束了風電場的送貨任務之後，獲得了摩託車，這一次他要前往的是港口結點城，乘船走向更遠的西部地區。
誰知道在結束了這筆訂單之後，反派角色希格斯出現了，找出了一隻巨大的烏賊 BT，試圖阻止山姆前進的道路。但是在山姆的努力下，成功擊退了烏賊 BT，與芙拉吉爾一起踏上了沿湖結點城的道路。
第二部分
在去往沿湖結點城的路上，山姆又再度睡著的過程中再次來到冥灘亞米莉相遇了。亞米莉一面回憶著過往，一面鼓勵山姆繼續西行。
來到沿湖結點城，進入了一張更廣闊的全新地圖。在這裡玩家可以使用自動鋪路機鋪設公路，幫助更多的人完成送貨訂單，讓他們聯入開羅爾網絡，加入 UCA。
一步一步的，武器匠、氣象研究所、時間雨農場等場所陸續加入連上了網絡，也給山姆帶來了不少更利於完成訂單的道具。也通過這片地區的居民逐步了解了芙拉吉爾速運背後的故事。
可沒想到的是，反派角色希格爾將核彈佯裝成貨物讓山姆配送給芙拉吉爾，試圖夷平南部結點城並幹掉山姆。感覺不對勁的山姆突然察覺到了不對勁的地方。在跟芙拉吉爾確認過之後識破了希格爾詭計，趕在核彈引爆之前將核彈扔入了坑洞湖了避免了一場災害的發生。
經歷了一場劫難之後芙拉吉爾也開口道出了自己過去與希格斯結下的冤讎。
可惡的恐怖分子滲透了芙拉吉爾速遞，運送武器和危險品。意識到背後陰謀的芙拉吉爾挺身而出，試圖阻止卻被希格爾抓了個正著。殘忍的希格爾脫掉了芙拉吉爾的衣服，把芙拉吉爾推入時間雨之中「懲罰」她光著身子把核彈扔到深坑中化解危機。
堅強的芙拉吉爾努力拯救了受到威脅城市，消除了核彈的威脅卻依然蒙受了汙名。除了頭部，渾身受到了時間雨的侵襲而老化。
結束了南部結點城的配送之後，山姆無意間被捲入到了一場風暴之中。穿越到了一戰戰場，遇到了一心尋找 BB 的克利福.昂格爾。
一番苦戰之後，山姆擊敗了克利福。返回了原來的世界。可瑪瑪卻表示山姆並沒有離開太久，隨後前往了瑪瑪的實驗室。原來瑪瑪的身上帶著一名來自另一個世界的嬰兒，母女二人相連導致她無法離開實驗室。為了修復丘比特連接器的一個問題，她請求山姆翻越崇山峻岭，啟程尋找她的妹妹洛克妮協助修復。
誰知千辛萬苦走到了上去結點城卻吃了個閉門羹，洛克妮代表山區結點城拒絕了所有來自布裡吉斯的請求。硬漢提議讓山姆返程尋找瑪瑪，讓她想想辦法。
原來此前一次意外的發生，讓兩姐妹的關係出現了裂痕。當年，與洛克妮相愛的好友去世讓洛克妮痛不欲生，甚至極端地想要一了百了。為了挽回自己的妹妹，瑪瑪提議實現洛克妮當媽媽的心願，將自己的子宮借給洛克妮受孕。突如其來的死亡擱淺事故，讓正準備生孩子的瑪瑪遇難。原本兩人間的心靈感應失靈，沒再見過面的兩人產生了矛盾。瑪瑪決定切斷與自己死去嬰兒的臍帶，前往山區結點城，親自說服洛克妮。
時隔多年，一直以為對方是故意斷了聯繫的兩姐妹相擁而泣，化解了矛盾，但瑪瑪卻為此付出了性命。在幫助矯正丘比特連接器的時候，洛克妮表示丘比特連接器所出現的參數差異似乎是遭到人的蓄意修改，這不是她此前設定的數值
隨後，BB 出現了一些問題，山姆為了修復 BB，需要與更多人聯繫增加所在區域的開羅爾濃度。這時亡人卻秘密告訴了山姆他發現的一些機密的異常點。他們懷疑硬漢向他們隱藏了事情，非常可疑。
進行了多處網絡接入之後，亡人秘密地和山姆相約在山上的小屋面對面交接。卻又再度被超級風暴捲入。
第三部分
這一次山姆和亡人都一起被捲入了二戰期間的世界，克利福再次出動搶奪 BB。與亡人會面後，亡人提出個瘋狂的世界應該是一個特別冥灘，戰死的士兵亡靈帶著他們的怨念盤踞於此。
戰勝了克利福之後，回到了私人套間。亡人說起了山姆不為人知的過去。曾經山姆有著幸福美滿的家庭，可自己的妻子露西懷孕之後飽受奇怪噩夢的折磨，最終帶著肚裡的孩子服藥自殺。與妻子失聯的山姆趕回家中的山姆正巧趕上屍變，虛空噬滅發生，但山姆的體質讓他得以遣返。人們紛紛將矛頭和陰謀論指向山姆，不願拖累他人的山姆選擇了逃避。
隨後，山姆需要帶上瑪瑪的屍體前往寫心人的所在地。山姆需要心人的幫助，才能穿越滿是焦油地西岸結點城。隨著開羅爾網絡的進一步擴大，山姆又返回到心人的家中，了解一些新發現。通過地球地層的挖掘，心人發現開羅爾物質總會在地球經歷大滅絕時間的左右大量出現，並留存在了地基之中。這意味著「死亡擱淺」現象過也發生過很多次，而這只是最近的一次。人類此時正處在第六次大滅絕的時期，交叉對比過去的數據來看布裡吉特可能會是一個滅絕體，將引發第六次大滅絕的到來。希格斯，或許是像藉助她的女兒亞米莉引發滅絕。
終於來到了西岸結點城，卻沒料到開羅爾網絡已經被希格斯反利用，搶先鎖定了亞米莉的位置，他要利用亞米莉身上的滅絕因子毀滅世界。可沒有料到的是，山姆頑強的抵抗起了效果，巨型的BT倒下了。惱羞成怒的希格斯對山姆開槍，卻被 BB 操控著的掃描儀擋下。最終希格斯還是將亞米莉劫到了她的私人冥灘上，試圖再次實現計劃。
通過亞米莉和山姆之間的信物捕夢網，芙拉吉爾幫助山姆鎖定到了希格爾的所在的冥灘位置。最終決戰一觸即發。
歷經幾番對決，山姆終於擊敗了希格斯解救了亞米莉。芙拉吉爾也趕來，按照約定要自己處理希格斯。亞米莉向山姆坦言，是她和硬漢編造了自己被挾持的謊言，目的只是為了給山姆一個動力和目標去建立 UCA、連接網絡。
而在離開冥灘的路上，亞米莉突然離去，心懷不安的山姆一路跟隨，卻突然發現已經死去的養母布裡吉特總統與硬漢出現在了冥灘上，硬漢向布裡吉特開槍要需復仇。卻被突然出現的克利福驚嚇，曾經本名約翰的硬漢就是當年接受了總統指令射殺了克利福的忠誠部下。他不斷的向克利福道歉祈求原諒，克利福一心只想找到自己的 BB 將槍口對準了布裡吉特，討要 BB。
布裡吉特轉手指向了山姆和 BB 所在的方向，山姆驚慌失措，被突然閃現的亞米莉推下了山崖掉進了尋找肉體的海洋中，醒來回到了自己的私人套間裡。在進行了一番梳理後，亡人再次將懷疑的對象轉移到了克利福的身上，也許他是想要藉由亞米莉引發第六次大滅絕的發生來報仇。但由於現在開羅爾物質在外的濃度陡然提升，對使用冥灘穿越造成了很大的影響。虛弱的芙拉吉爾需要山姆回到東部才能更好的幫助山姆尋找亞米莉的冥灘。
外面的世界現在變得更加瘋狂了，狂風暴雨，BT 橫行。就在山姆快要回到沿湖結點城的時候又被捲入了超級風暴，克利福正在越戰戰場上等著他，他依然執著地想要奪回他的 BB。可是在最後激烈的對決之後，情況似乎發生了轉變，克利福沒有帶走山姆懷裡BB，反而一下子懂了山姆的名字。他說山姆是他通往未來的橋，山姆讓人們聯繫到了一起，也是人們通往未來的橋。一個讓人費解的擁抱之後伴隨著一陣莫名的槍響，克利福就此消失無蹤。
第四部分
在港口結點城醒來，山姆打消了對克利福的懷疑。硬漢的前往亞米莉冥灘之前的一段隱藏影像被亡人發現，他表示是亞米莉將他邀請到了冥灘並將更多的懷疑都指向了亞米莉。不管布裡吉特總統怎麼掩飾，亞米莉的實體似乎從來沒有被人遇到過，而布裡吉特在二十幾歲的時候就已經被診斷為子宮癌，無論如何也不能有自己的孩子。
亞米莉的真實身份就像一個幽靈一樣，硬漢自己決定鋌而走險，帶上了裝有山姆血液的左輪手槍赴亞米莉的約，試圖阻止亞米莉。芙拉吉爾也現身說法，她表示自己最終與希格斯的對峙的時候希格斯提到亞米莉才是幕後的真兇，自己只是在執行亞米莉的任務。因為實在無從印證，才沒有告訴山姆。如今結合硬漢的話一切都說通了，是亞米莉賜予了希格斯特殊能力，將希格斯變成了自己的滅絕計劃實行者。克利福、希格斯、硬漢一直都被滅絕體亞米莉暗地裡操控著。
歷經了一路的磨難、與人的不斷接觸，山姆已經不再像從前一樣對身邊的一切漠不關心，他也開始對生活抱有希望。他下定決心前往亞米莉的冥灘為拯救世界進行最後的說服，即使最後可能會造成自己永遠留在冥灘也在所不辭。
終於抵達了亞米莉的冥灘之後，可沒想到遇到了自己已經逝去的養母布裡吉特。通關不斷的回憶堆疊，山姆終於發現其實亞米莉就是布裡吉特，亞米莉是布裡吉特編造的謊言。在《死亡擱淺》的世界裡，引用了埃及的一則理論，人的肉體為「赫」靈魂為「卡」。神奇的是，滅絕體的靈魂和肉體分離了，同時出現了兩個世界，一兩種不同的形態活著。布裡吉特是肉體「赫」、亞米莉是靈魂「卡」，兩人其實都是滅絕體的一部分。
從出生以來，這位滅絕體就已經知道自己肩負著要毀滅世界的使命，人類將會在「最後的擱淺」產生的大爆炸中灰飛煙滅。山姆只剩下兩個選擇，一個是跟著滅絕體一起看著世界毀滅，由於開羅爾網絡的接入，人們的冥灘都已經與滅絕體的冥灘相連，另一個選擇就是將滅絕體與冥灘的連接斷開，阻止死亡的蔓延，讓人們躲過滅絕的時刻。但第二個選項也不能完全避免大滅絕的發生，只是給了人們團結一致反抗的機會。
最終，山姆選擇擁抱了滅絕體。原來從很小的時候，身為滅絕體的亞米莉/布裡吉體就曾經叮囑過讓山姆在未來阻止她。而她自己，在一次一次夢境裡預見了世界以各種方式毀滅，她試圖通過了解死亡擱淺現象和自己身處的冥灘，但在探索中失去的自我、失去了這個世界的信心。
是亞米莉/布裡吉特，引起了一系列事件讓自己與世界相連，讓山姆去牽動人們之間逐漸削弱的連接，重新找到人與人之間的羈絆。只有讓世界團結起來，才有應對滅絕的希望，亞米莉/布裡吉特所希望的就是這一點，由於滅絕體不達成毀滅世界的目的，就不會消失，所以她點燃的導火索加速了毀滅發生的腳步，讓陷入沉寂和冰冷的人類世界再度相連。
此前的五次大滅絕，地球上的生命都透過分離反擊和進化躲過一劫，生存了下去，她只有通過山姆連結世界交給人們新的希望之後，更有信心犧牲自己延長人們存活的時間。最終亞米莉布裡吉特犧牲了自己，山姆被困在了自己冥灘之中，找不到回去的方法。
是亞米莉/布裡吉特造成了山姆成為遣返者，讓他擺脫了死亡的束縛，她救了還是嬰兒的山姆卻打破了生與死之間的循環。也是因為亞米莉，才會讓所有有杜姆斯體質的人，會看到她的噩夢。BT 透過亞米莉的冥灘闖入了現實世界，死去人賴在現實中糾纏引發虛空噬滅。
通過遺落的那把左輪手槍，山姆的夥伴們苦苦尋找了一個月之後終於在冥灘中找回了山姆，山姆重新活著返回到了現實世界。
在滅絕事件發生了一個多月後，新國家美利堅聯眾國（UCA）終於正式成立了。脫下了面具的硬漢在盛大的開國慶典之後，向山姆坦白悔過，自己是當年向克利福開槍的元兇，他後悔沒能成功幫克利福和他的孩子或者逃出生天。
最終，儘管山姆將伴隨著自己一路走來的 BB 視為己出，但還是要履行銷毀 BB 的任務。在最後銷毀的過程中，山姆終於喚醒了自己的記憶，串起了克利福的故事。曾經的克利福在布裡吉特總統的勸說下交出了自己孩子作為布裡吉嬰的實驗，布裡吉特說這個他的孩子很特別，會成為串聯起世界的希望，想利用它變成一個連結開羅爾網絡的工具、一個 BB。不斷的拖延克利福想要帶著救治自己孩子以及離開的時間。克利福對總統的左膀右臂約翰（硬漢）著多次救命之恩，約翰（硬漢）決定幫助自己恩人克利福創造逃跑的機會，讓他帶著自己的孩子離開這個設施，但他的妻子麗薩·布裡吉斯只能命喪於此。然而事情並不如預期的順利，克利福最終被發現，被軍隊包圍。
絕望的克利福決定在臨死之前，實現他對自己孩子諾言，把自己的孩子從育嬰倉中抱了出來。育嬰倉中出來的孩子很難存活，但他還是殊死一搏。最終，總統為搶奪孩子，控制著約翰（硬漢）的手連開兩槍將克利福射殺，卻不料懷中孩子也一起喪生。從此，布裡吉特和約翰（硬漢）陷入了悔恨之中。那把將山姆帶回現實的左輪槍正是當年的兇器。
山姆這一刻才發現，原來克利福最後消失前的話，都是對自己所說。克利福一直以來尋找的孩子，就是自己。不斷的在回憶中出現的克利福其實是自己的父親。布裡吉特為了彌補自己罪過，將已死去的山姆從冥灘抱了回來，切斷了山姆與生死的連接，從此讓他變成了無法死去的遣返者。
山姆效仿了克利福的做法，也將自己懷中要銷毀的 BB 從育嬰倉內抱了出來，BB 僥倖存活。他管他叫做洛易斯，就如同自己曾經在虛爆噬滅中死去的親生孩子一樣。