CRISPR/CAS9系統已被廣泛成功地應用於多種真核生物的基因組工程，為基因治療和植物育種提供強有力的工具。然而，在動物和植物細胞中，不同基因座的編輯效率差異很大。染色質上某些位點的低CRISPR/CAS9編輯效率限制了限制了其進一步應用。
真核基因組DNA包裹在組蛋白周圍，進一步壓縮形成高階染色質結構[5]，這可能阻礙CAS9與其靶點的結合。哺乳動物細胞內催化活性抑制CAS9（DCAS9）結合位點的全基因組圖譜顯示，它們在開放染色質區域富集。此外，在人體細胞的染色質開放區域，CRISPR/CAS9誘導的插入和缺失的產生率更高。體外和體內實驗表明，染色質的基本單位核小體抑制了CAS9的DNA結合和剪切活性。與此一致的是，與HEK293T、HELA和人成纖維細胞的異色區相比，CAS9介導的基因編輯在常染色區更高效。有趣的是，染色質結構對CRISPR/CAS9的非靶向活性有更顯著的抑制作用。相反，染色質的可及性並沒有影響斑馬魚的CRISPR/CAS9活性。染色質的可及性是否影響植物細胞中CAS9的編輯尚不清楚。
Proxy-CRISPR策略使用一個額外的無催化活性spCAS9（dead SpCas9）在靶標近端位置綁定。使得靶標位置可以結合FnCAS9、CjCAS9、NcCAS9和FnCpf1，從而提高了編輯效率。然而，這種方法需要兩種不同的crispr/cas系統共同表達，必然會增加載體的大小和體內應用的難度。最近，一種稱為Crispr-Chrom的方法，其中將CAS9與染色質調節肽（chromatin-modulating peptides, CMPs）融合，大大提高了cas9的編輯效率，特別是在難處理部位。CMP是內源性蛋白質的截短形式，目前尚不清楚其過表達是否具有顯性負向效應。
近日，中科院微生物所邱金龍和中科院遺傳所高彩霞的研究團隊在Genome Biology在線發表了研究報告《Modulating chromatin accessibility by transactivation and targeting proximal dsgRNAs enhances Cas9 editing efficiencyin vivo》。文章提供了一系列證據表明CAS9的編輯效率與水稻細胞染色質可及性相關。隨後，研究者將合成轉錄激活結構域融合到CAS9，產生CAS9-TV。這種融合顯著提高了開放染色質和封閉染色質區域CAS9介導的基因組編輯效率。並且，將CAS9-TV和一個在標靶位點近端匹配的dead sgRNA（dsgRNA）結合，能夠進一步提高編輯效率高達幾倍。
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