反極化膜能在土衛六上自組裝嗎?

2021-01-11 中國數字科技館

土星及其最大衛星——土衛六的真彩色(圖片來源:NASA, Science Advances, doi: 10.1126/sciadv.aax0272)

為了解生命的環境和化學極限,天體生物學家正著力解決兩大關鍵問題。通過理解生命的邊界,他們希望識別出外星環境和太陽系內可能的生物標記;比如說脂質雙層,是地球生命存在的先決條件。現有的基於分子動力學的仿真研究顯示,在土衛六這樣的低溫液體環境中,被稱為azotosomes的反極化膜——由小的含氮分子組成,或許在動力學意義上含量豐富。

在最近發表於《科學進展》的一篇報告中,來自瑞典查爾姆斯理工大學化學與化學工程學院的Rahm等提出了一種可能方案,從熱力學角度研究形成azotosomes的可能性。通過量子力學計算,他們預測azotosomes無法像脂質雙層那樣在液態水中完成自組裝。他們認為,在嚴格的無水和低溫環境中,細胞膜可能並非土衛六上假想生命的必需品。這些在預測計算天體生物學方面的工作,對預定於2034年著陸土衛六的蜻蜓號任務具有重要意義。

「甲烷-乙烷循環」主導的季節性降雨,造就了土衛六豐富的大氣化學環境和動態的表面形態。科學家們在土衛六極地周圍發現了碳氫化合物構成的湖、海,並將其與地球生命形成早期的水文循環作比較。不過,與地球不同的是,土衛六表面是90K~94K的極寒環境,最外層則覆蓋著大氣光化學產物,幾乎不含氧氣。另外,研究人員懷疑在土衛六最外層的有機質下面,可能存在凍結的水冰層。好比是關於生命極限的最嚴苛測試,土衛六提供了一個獨特的無水和低溫環境來探索自然界的化學複雜度,以及它自身在將近太陽系壽命的時間裡的演化進程。

不同環境中的膜?(左圖)細菌內膜的一種重要組分——磷脂醯乙醇胺雙分子層的模型。(右圖)azotosome膜——由丙烯腈構成的一種理論結構,與普通的脂質雙層相比,它表現出了相反的極性。Azotosome膜被認為可以在土衛六上的低溫(90k)碳氫化合物液體中形成細胞狀囊泡。 (圖片來源:Science Advances, doi: 10.1126/sciadv.aax0272)

土衛六上熱能(90 K時熱能為 0.75 kJ/mol)的缺乏是化學反應的一大瓶頸,不過,陽光可能為化學反應提供了能量(0.4 W/m2)。Rahm等在研究中提出了形成非生物細胞膜的可能,這是在土衛六這類環境中誕生生命的先決條件之一。研究人員還討論了區域化之於生命的重要性,從而得出在土衛六上發現azotosomes的這一令人神往的可能性。

Azotosomes是由頭部為氮基、尾部為烴基的小分子構成的膜。相較於普通的脂質(單層)膜,azotosomes膜的疏水基團位於外側(反極化)——而前者的疏水基團位於內側。通過在低溫甲烷中使用分子動力學溶液,研究團隊預測,如果這些結構是由丙烯腈(C2H3CN)組成的,那麼它們在水溶液中的彈性將與普通的脂質雙層相似。Azotosomes存在的可能性進一步激發了對生命極限的討論。距一開始的預測兩年後,科學家們利用Atacama大型毫米/亞毫米陣列(ALMA)在土衛六上觀測到了丙烯腈。

由於非生物及生物的普通膜和微膠粒是由良好的的熱力學驅動下的自發自組裝過程形成的。科學家們研究了他們提出的azotosome膜是否在熱力學上也同樣可行。為此,Rahm等人通過量子化學計算評估了azotosomes的動力學守恆,緊接著,又討論了在土衛六嚴苛的熱力學環境中,假想的外星生命和azotosomes的關聯。

關於膜穩定性的量子化學評估。Azotosomes和丙烯腈晶體的相對自由能。量子力學計算預測,從熱力學層面看,azotosomes不是土衛六上類細胞膜自組裝的可行產物。必要的組成材料丙烯腈,倒更有可能形成分子冰。圖中(括號內)還標註了各自的晶型。 (圖片來源:Science Advances, doi: 10.1126/sciadv.aax0272)

在「脂質世界」或「細胞起源」假說中,水中超過臨界濃度的脂質會自發地自組裝為超分子結構,比如膜和微膠粒,膜的非生物構成引發了生命的誕生。土衛六上azotosomes在自組裝過程中,預期中的結構需要維持動力學守恆,且在熱力學方面較相應的分子晶體(分子冰)具有更低的能量。該研究團隊將晶體分子冰視作丙烯腈自組裝的競爭產物。

Rahm等人在色散修正的密度泛函理論(DFT)的組成上,通過量子力學計算與實驗衍射數據對應的丙烯腈冰的四種相的能量。DFT計算證實了虛聲子模式的存在,這確保了結構的動力學穩定;另外,他們還證實了在90K的液體甲烷中使用基於DFT的量子分子動力學仿真(的可行性)。上述計算考慮了土衛六表面相應條件下的熱、熵活動,同時考慮了與周圍甲烷環境的色散作用。

關於生命起源的熱力學問題並非只存在於土衛六上;在表面構成大分子所需要的吉布斯自由能會減少,因此地球生命演化的過程中,表面生命形式可能邁出了第一步。科學家們將他們的計算(條件)限制在土衛六對應的環境中——即僅有丙烯腈基的azotosome,並評估其自組裝,結果顯示,它們在90K環境中可以保持相當長時間的、充分的動力學穩定。由更大分子構成的假想的膜結構的動力學穩定性更低。

Azotosome的動力學穩定性。左圖:在CP2K(軟體)中採用從頭算(方法)模擬得到的溶解膜的快照。右圖:在一段35皮秒的從頭算模擬中,以2*2*1的 azotosome細胞的甲烷溶液為研究對象,azotosome的勢能和平均勢能的對照。(右圖中)水平線表示1kJ/mol的丙烯腈勢能的標準偏差。 (圖片來源:Science Advances, doi: 10.1126/sciadv.aax0272)

(上文的計算結果)沒能概括出低溫操作膜的自組裝路徑,Rahm等人也沒有排除在更溫暖的碳氫化合物環境中,由相互作用更強的組分構成其它反極化膜的可能性。在缺乏azotosomes和其它細胞膜的低溫環境下,不大可能發生生命調節過程;雖然在土衛六這樣的低溫碳氫環境中,細胞膜或許並非生命存在的必備條件。科學家們進一步指出,土衛六上任何假想中的生命大分子和重要的生命形成機制,只會以固態存在,而不會有被溶解而破壞的風險。

在PBE-D3理論水平上對真空條件下丙烯腈基膜進行優化後的結構。取700電子伏特的截斷能和9*9*1的k點網格對膜結構進行優化。相較於丙烯腈冰的Pna21晶型,膜的能量見上文給出的「(kJ/mol acrylonitrile)」圖(本文上一幅圖右圖)。 (圖片來源:Science Advances, doi: 10.1126/sciadv.aax0272)

問題在於這些生物分子能否因細胞膜獲益。考慮到土衛六上的低溫環境,生物大分子可能要依賴氫、乙炔和氰化氫這類小能量分子的擴散完成生長和複製,而膜或許會阻礙擴散作用。類似地,膜也可能阻礙新陳代謝中廢物的轉運,比如甲烷和氮(的轉運)。相反,假想中的細胞膜也可能保護土衛六上的生物大分子不受化學傷害。然而計算表明,相較於地球,土衛六上熱驅動反應路徑對應的能量通道狹窄,幾乎沒有什麼物質能危害到大分子。

從一方面看,上文提到的能夠在液態甲烷中實現低溫操作的azotosomes膜,對生物學主流觀點提出了一個有趣的挑戰。該分子強調了在計算天體生物學中跟蹤預測分子性質的重要性,這樣可以最大概率識別出可能的合成路徑。(即便如此),仍然難以得到具體的化學預測來支持出現在土衛六這類嚴苛熱力學環境中的生物學過程。隨著(預測的)分子變得越來越複雜,想要可靠地模擬它們的性質和(動力學及熱力學)合成路徑將極為困難。

Rahm等的計算表明,雖然azotosome膜結構在熱力學上不可行——無法完成自組裝(不像液態水中的脂質雙層),但卻是動力學穩定的。他們認為,在土衛六這樣的無水和低溫環境中不可能形成細胞膜。儘管有可能通過實驗檢測計算預測的azotosome膜是否存在,但對生命起源前真實的化學和生物極限的推測仍然只是推測。該研究團隊建議對他們提出的「生命起源前的生物結構與過程」及其合理性進行仔細的計算探索,以指導未來對土衛六表面化學的原位取樣。

作者:Thamarasee Jeewandara

翻譯:張宇哲

審校:董子晨曦

引進來源:Science X Network

引進連結:https://phys.org/news/2020-02-polarity-inverted-membranes-self-assemble-saturn-moon.html

相關焦點

  • 能否在土衛六上孕育出生命?
    在最初預測的兩年後,科學家們使用阿塔卡馬大毫米/亞毫米陣列(ALMA)令人印象深刻地在土衛六上探測到了丙烯腈。因為非生物和生物的正常膜和膠束,是在有利熱力學驅動下通過自的自組裝過程形成的。  在「脂質世界」或「細胞優先」假說中,膜的非生物形成促成了生命出現; 在臨界濃度以上,水中的脂質自發地自組裝形成膜和膠束等超分子結構。
  • 土衛六上的甲烷能被點燃嗎?
    在太陽系的衛星中,土衛六是一顆非常特別的一顆,它擁有最為濃厚的大氣層,其中高達98.4%是氮氣,還有1.4%的甲烷、0.2%的氫氣以及含量更少的其他氣體。更為特別的是,土衛六的表面有液體,只不過不是液態水,而是液態甲烷。那麼,這是否意味著土衛六可以被點燃?
  • 土衛六上的甲烷海洋能點燃嗎?若點燃了會怎樣
    土衛六是土星的最大衛星,但是這個衛星十分奇葩,太陽系中有200顆左右的衛星,它是唯一一顆擁有大氣層的衛星,而且其大氣層的濃度比地球還高,表面大氣壓是地球的1.5倍,更奇特的是,它也是太陽系中和地球一樣擁有大量氮氣的星球,其氮氣含量高達98%以上,我們地球上大氣中氮氣的含量大約是78%,此外這顆星球大氣層中還有少許的氧氣含量大約佔到了
  • 認識土星最大的衛星:土衛六,為生命存在準備了大量東西
    如今,科學家們發現,大量這種分子存在於土衛六橘色的大氣層中,並可能會降落在土衛六冰凍的地表上。根據近日發表在《Science Advances》上的論文,土衛六北半球第二大湖泊麗姬亞海中,可能存在100億噸以上的丙烯氰。這種化合物進入土衛六湖泊之後會產生什麼?它是自己合成的嗎?這些問題仍然懸而未決。
  • 【物化】揭示細胞膜自組裝背後的物理本質
    從沒有生命的無機材料,到生命活動的基本單位——細胞,自組裝隨處可見。細胞膜作為細胞的基本結構之一,起著分隔細胞內部和外界環境、控制物質出入的作用。細胞膜的結構骨架是雙層膜(bilayer),由脂質分子自組裝而成。了解這一自組裝過程及其背後的物理本質將有助於進一步理解生命的起源。2001年,S.
  • :用自組裝螺旋纖維再次自...
    為解決這一問題,一般是使用有機螢光分子自組裝生成超級螺旋纖維來提升CPL強度,但不對稱因子一般也只能達到10-2數量級。這種螺旋分子與其自組裝形成的螺旋纖維螺旋方向相反的現象,也首次通過理論計算得到了說明。
  • 土衛六上有美麗的海洋,如果人類登陸該星球,能在上面遊泳嗎?
    引言:縱觀太陽系中所有的衛星,目前人類只發現了土衛六上存在巨大的液態海洋。不僅如此科學家還探測到了土衛六上的液態海洋並不是一般的液態水組成的,而是由甲烷、乙烷等化合物組成。那麼人類能在這樣的海洋裡遊泳嗎?
  • .》: 用自組裝螺旋纖維再次自組裝新概念最大幅度提升手性材料CPL信號
    為解決這一問題,一般是使用有機螢光分子自組裝生成超級螺旋纖維來提升CPL強度,但不對稱因子一般也只能達到10-2數量級。固體狀態還是在溶液中,都能得到如此強的CPL信號。這種螺旋分子與其自組裝形成的螺旋纖維螺旋方向相反的現象,也首次通過理論計算得到了說明。
  • 清華大學Jinjin Li課題組--通過在自組裝的還原氧化石墨烯膜上滑動離子溶液液滴來發電
    在本研究中,我們使用電流體組裝方法製造了光滑的氧化還原石墨烯(rGO)薄膜。通過控制離子溶液液滴在該rGO膜上的運動,可以產生毫伏量級的電壓,離子溶液的類型和濃度以及液滴的體積和滑動速度會直接影響電壓幅度。通過對rGO薄膜與矽探針之間電雙排斥力的直接觀察,證實了rGO薄膜上存在電雙層(EDL),從而在液滴/rGO薄膜界面形成了微電容。
  • 土衛六適合人類居住嗎?十多年前惠更斯號就在土衛六上軟著陸!
    土衛六是太陽系中,唯一擁有濃厚大氣層的衛星,相對於我們的地球來說,土衛六的環境還是太惡劣了,平均溫度-180℃,難以孕育生命;早在2005年,NASA的惠更斯號就在土衛六上軟著陸,傳回的數據未發現生命存在。
  • JACS:MOF納米粒子單分子膜和獨立多層膜的自組裝
    在論文中,作者報導了第一個由金屬有機骨架(MOF)納米粒子組成的自組裝多孔單層和獨立多層膜。自組裝MOF單分子膜(SAMMs)是在液-氣界面組裝而成的,其質量分數為87%(89 vol%)。通過在顆粒表面生長一層聚甲基丙烯酸甲酯(PMMA),利用組胺錨固劑輔助單層自組裝SAMMs可以疊層得到MOF多層膜,包括交替的MOF/聚合物異質結構。
  • 杜建忠教授在均聚物自組裝領域取得系列進展
    相比於合成較為複雜但廣泛研究的嵌段共聚物,利用合成方法更為簡單的均聚物作為自組裝構築單元的研究則較少有人涉及,也更有挑戰性。一般認為,疏水作用在均聚物自組裝中的作用會減弱,而分子間的非共價鍵作用如氫鍵、π-π作用、靜電作用和偶極作用等對均聚物自組裝則具有更加重要的影響。
  • CCS Chemistry | 壓力誘導結塊---新的自組裝方式獲得大面積超分子...
    北京大學閻雲教授利用壓力誘導的結塊過程實現分子在固相中的自組裝。這是一種新的普適的跨尺度分子自組裝理念,可以利用機器實現規模化連續生產獲得米級大面積分子自組裝薄膜。受此現象啟發,北京大學閻雲教授提出從形成沉澱的分子自組裝系統出發,製備跨尺度的分子自組裝材料。因為分子自組裝過程與結晶類似;而自組裝體系的沉澱顆粒中含有分子有序排列的微區,可充當「晶種」。與常規粉末材料相比,系統中有序微區邊緣上的分子之間存在非共價相互作用,因此具有很強的融合趨勢。當大量這樣的微區發生融合時,就會產生跨尺度的分子自組裝材料。
  • 土衛六無法孕育生命?事實上,這兩種生命都有可能在土衛六上生存
    引言:土衛六比火星更具優勢?科學家猜測土衛六上可能存在兩種生命,計劃派「蜻蜓」前往一探究竟。地外生命是否存在一直是人類非常關心的問題,為解答心中疑惑,科學家在浩瀚宇宙中走走停停,希望能發覺藏在地外星球上的外星生命。
  • NASA:土衛六上可能存在生命!而且是氮基生命!
    地球和土衛六經過NASA的多年觀測,逐漸鎖定了土衛六上存在大量丙烯氰!而丙烯氰是一種非常特殊的物質,它對於生命的形成具有非常重要的作用!在地球上,丙烯氰非常常見,是用來加工塑料的化工原料!土衛六上很可能存在氮基生命我們知道,碳基生命就是以碳元素為有機物質基礎的生物。
  • 杜建忠教授創新構建「四臂囊泡」,展現粒子自組裝之美,成果發表於...
    高分子囊泡就是這些納米家族的一員,具有「外冠-膜層-內冠」結構,可以很好地分散在水中,因此可應用於醫藥等領域。它是通過一種叫做「自組裝」的技術製造而成的。目前,自組裝已經成為製造納米材料的一把利器。 在囊泡之間融合的過程中,主要受到一種名為「膜張力」的力量支配。就像小朋友吹的肥皂泡,所謂膜張力,就是使肥皂泡繃緊的力。肥皂泡繃得越緊,膜張力越大,就越容易破裂或者合併,同時釋放張力。
  • 層狀二維分子編織物的自組裝
    層狀二維分子編織物的自組裝 作者:小柯機器人 發布時間:2020/12/19 15:46:25 曼徹斯特大學David A. Leigh等近日取得一項新成果。
  • 在土衛六上美麗的湖泊中遊泳是什麼感覺?
    之後,卡西尼號探測器在土衛六表面登陸的時候,發現那裡竟然有液態的湖泊,和地球的環境極為相似。雖然後來通過化學分析證明那只是液態烷的湖泊,氣溫極低,但是,土衛六就此確立了自己在太陽系中的獨特地位。既然土衛六有天然的液態湖泊,我們能不能上那裡遊個泳呢?畢竟那裡的重力只有地球的14%,即在地球上重80公斤的人類,到土衛六上便只有22斤而已,遊個泳豈不是輕鬆加愉快?
  • 用馬爾科夫狀態模型分析揭示脂質自組裝的熱力學和動力學
    用馬爾科夫狀態模型分析揭示脂質自組裝的熱力學和動力學 作者:小柯機器人 發布時間:2020/12/19 14:03:04 復旦大學王文寧和徐昕團隊開發了使用馬爾科夫狀態模型分析來揭示脂質自組裝的熱力學和動力學
  • 自組裝與...
    CNC具有溶致型液晶性質,可通過蒸發誘導自組裝形成左旋手性向列結構。科學家已開發出多種基於CNC的手性光子納米材料,並應用於傳感、非對稱合成、生物醫學和仿生納米複合材料等領域。手性向列型CNC薄膜具有圓偏振特性,包括反射左旋圓偏振(LCP)光,發射右旋圓偏振(RCP)螢光等。