禁止與質疑
堅持打了幾年雞血後，俞昌時「老是感到我的力氣好像大得不得了似的，總想試試一拳頭打通牆壁那樣的猛勁。……又有些同事們感到我的性情似乎比以前急躁些，我自己倒不大感到，如果真的話，我想也可能是經常打雞血的原因——由於雄雞好鬥！」
1964年，一肚子怨氣的俞昌時開始爆發。他在一份材料中訴說自己的委屈：雞血療法創立五年來，日夜操勞，每晨五時左右即起身，養雞養兔、掃清潔，夜間給病人注血，給自己和愛人注血，又給兔子靜脈注血。又經常跑老遠給病家注血，寫雞血材料，和各地搞雞血的同志們通信及往來聯繫。自己的糧食不夠吃，還勉強支持供應雞飼料，所有用品和飼料，都是自己貼錢。
「當此，黨中央號召全國上下一致奔赴『三大革命』運動的大學之年、大比之年和堅決貫徹『百花齊放，百家爭鳴』的精神時節，我要把隱忍5年偷研雞血的痛苦心情和實際情況，向黨和政府申訴出來，要求黨和政府中心領導，各方人士一致共同協作共同研究，為創造祖國新醫藥學派而共同奮鬥。」他在這一年5月寫道。
12月12日，俞昌時給衛生部寫信，要求：早日組織中央雞血研究會，調他到京做「高深的雞血療法的研究工作」，在全國各高級醫療院校組織雞血療法研究組，研究並臨床應用。而同一天，俞還寫了一封致「中央科學院郭院長並轉諸位首長和同志們」的信，要求其組織人員，調查研究後大力支持並倡導「雞血療法」。
1965年6月12日，上海市衛生局召開了專家座談會，堅持認為：鮮雞血是有異性蛋白過敏性血清反應存在，不安全，「目前雖未發生死亡事故，但如繼續應用下去，意外事故勢所難免，特別鮮雞血治療對象均為慢性病，該病本身無多大危險性，而治療卻冒著危險更值得考慮。」半月後,衛生局寫了《關於雞血療法的情況和處理意見的報告》呈送衛生部，稱將限令俞立即停止私自給病人注射鮮雞血試驗的行為。
7月23日，衛生部下發了《關於「雞血療法」的通知》，同意上海市衛生局調查報告的看法和處理意見，通知強調，「今後，應禁止醫務人員用鮮雞血給病人治病，以免發生過敏危險。群眾要求醫務人員用鮮雞血給予治療者，應加以勸阻。對於群眾中流行的各種傳說，應進行必要的澄清和解釋。」
對於衛生部的禁令，俞當然不服氣。
10月5日，《武漢晚報》「科學與衛生」版上刊載了一篇署名「紅光」的文章，題目為」鮮雞血注射真能醫治百病嗎？」副題為「鮮雞血注射非但不是萬靈藥而且危險性很大」。俞昌時對這篇文章進行了反駁。
「老實說，我當醫生這些年來，還是第一次聽過這個方法」。針對紅光的第一句話，俞反駁說：這句話看來很容易誤會，以為紅光同志的思想中一切未聽說過的新事物，都是要不得的，那麼毛主席最近的「有所發現，有所發明，有所創造，有所前進」的指示，紅光同志難道沒有學過？
而紅光文中所說請教老醫生、查資料，俞反駁說：最近黨中央更是大力提倡趕超世界先進水平，並且希望也讓別人來趕趕我們。我們醫藥衛生界也更應該如此，如果光是利用圖書館查資料，找老中醫而不去民間做深入的研究，自己不實踐，甚至還禁止別人研究。那不是本本主義＋舊框框＋洋框框＝保守主義思想嗎，還怎麼能突破常規，有所前進呢？
對於紅光提出要尊重「科學依據」，俞認為，和馬克思主義的不斷革命論一樣，科學依據是不斷發展的，「祖國醫學，絕大部分還不是沒有科學根據嗎，如果處處要宣傳科學根據，那樣你就當不成醫生了。」
「醫務界一般說安全第一，療效第二，藥理上看，反應超過5%就不能臨床應用」。對於紅光文中重申的這一常識，俞反駁說，「我們認為這樣的說法也不能一概而論，也是舊框框，根據辯證法，有正必有反，有作用必有反作用。中醫理論內經上說，服藥不發生反應的話，那病也不會好。很多針灸老醫生說，有暈針的，效果反而更好。如果療效很好，反應很大，甚至有死亡事故發生。還是推薦臨床。」他甚至舉例說，如果對史達林的評價是功大於過，說他是對革命有貢獻的領袖，那麼，如果有利於大多數人的事業，即使有些人犧牲也應該做，「對醫藥衛生事業也應該作如是觀」。
俞昌時還憂心忡忡地說，如果強迫禁止，「打雞血」將有可能轉入地下蔓延，更不好控制。而事實證明，俞的憂慮並非多餘。