肉種鴨的選配是指有計劃地決定公母鴨的配對，使之產生優良的後代。通過形狀相似的公、母鴨相配可以保持和鞏固優良品種的性狀；如果選配雙方的性狀差異較大，通過選配產生的後代可以產生更優異的性能或出現新的性狀；選配可以使得好的變異固定下來，經過長期的選育，好性狀會表現突出，形成新的品種或品系。一般分為同質選配、異質選配和隨機交配。
(1)同質選配 同質選配就是選擇性狀相同、性能表現一致的優秀公、母鴨進行配種，以期獲得與親代品質相似的優秀後代。此方法多用於遺傳力高的性狀，並以一個性狀為主的選配，效果較好。這種方法能較好地鞏固和保持優良性狀，使群體趨於同質化。同質選配一般用於保持肉種鴨群中有價值的性狀，增加群體的純合性。
(2)異質選配異質選配是選用不同品質的公母鴨進行交配的方式。一種是選用具有不同優異性狀的公母鴨配種，以期獲得兼有雙親不同優點的後代。例如，選用產肉性能高的公鴨和繁殖性能好的母鴨進行配種，獲得的後代在產肉性能和繁殖性能方面都有很好的表現。還有一種情況是選擇相同性狀但優劣程度不同的公母鴨配種，以達到以優改劣，使得後代性能有較大的改進和提高。例如，以產肉性能高的肉鴨來改良一些兼用型的鴨，使得兼用型鴨的產肉性能得以提高。
(3)隨機交配隨機交配是指鴨群內所有個體之間隨機交配，公母鴨之間交配概率均等，這種交配方式般後代群體 的遺傳結構不變，適用於保存品種資源，需要群體規模較大。如果群體規模較小就會出現近交現象，導致種群衰退。
肉種鴨的配種方法分為自然交配和人工授精兩種，自然交配又可分為大群配種、小群配種、同唯異雄輪換配種、人工輔助配種等。
(1)大群配種此類方法是在母鴨群中放入一定比例的公鴨，使每隻公鴨隨機與母鴨交配。這種方法適用於大群繁殖，無需知道雛鴨的具體親本。大群配種方法群體規模可大可小。一般都是用當年的公鴨作為種用，其性機能旺盛，精液品質好，可以提高種蛋受精率。
(2)小群配種也可稱為單間配種，在這個群體中一般是一隻公鴨配對數隻母鴨，產生的後代個體均為公鴨的後代，此方法適用於育種場。為了弄清楚後代的親本，單獨的小間都配備了自閉產蛋箱，這種方式會造成窩外蛋較多。如果在生產中，一日公鴨精液品質不好，會造成整個小群群體的種蛋受精率很低。
(3)同雌異雄輪換配種此方法多用 於配種組合或父系家系以及進行後裔測定，可消除母鴨對後代生產性能的影響。配種開始時，按照公母鴨自然交配的比例將公鴨混入母鴨群中配種，收集到足夠的種蛋，將公鴨抓走：將第二隻公鴨放人母鴨群體中，使得公、母鴨逐漸適應對方，並在10天後收集第二隻公鴨後代的種蛋，這樣就可以產生母鴨與兩隻公鴨後代。如果需要與多隻公鴨配種，可以以此類推。
(4)個體控制配種在籠養種鴨的情況下，可以採用此種方法，將性慾旺盛的公鴨抓到母鴨籠內，待配種完成後，再將公鴉轉移到另外一隻母鴨籠中，以此類推完成多隻母鴨的配種工作。此方法需要人為幹預控制，勞動強度大。
(5)人工授精技術配種 人工授精可以提高公鴨的配種數量，確保精液品質和輸人精液中有效精子數量。此方法需要專職人員完成整個人工授精過程，技術含量高，勞動強度大。