對於淨水器出水檢測菌落總數指標，業內人士早在2015年6月9日討論過，認為該指標應該會從淨水器出水判定是否合格的檢測項目中去除，因為根據《食品安全國家標準包裝飲用水》(GB19298-2014)新國標的規定，從2016年1月1日起，已經取消了對瓶裝水、桶裝水的菌落總數和黴菌、酵母等細菌的要求。近期，業內人士對這個指標再一次進行了探討。
提起細菌，大多數國人是一知半解的，乃至談菌色變。其實，細菌並不是都那麼可怕，那麼菌落總數的概念也需要好好的在做斟酌了。
其實，細菌既包含有益菌也包含中性菌，同時覆蓋有害菌。比如乳酸桿菌、雙岐桿菌等就是有益菌，在我們的乳酸奶中就包含。有害菌如傷寒、霍亂、菌痢等，則統稱為致病菌。再則就是中性菌，它們是既無益也無害的細菌，沒啥好擔心的。就目前看，水中的有益菌很少，有害菌也很少。再比如由空氣進入水中的中性細菌，對人體既無益，也無害，不會對人體健康有不利影響。
西方國家對菌落總數很寬鬆
業內專家特別指出，按照美國相關標準，菌落總數只是技術性評價指標，並不是產品質量指標。
美國飲用水中的菌落總數指標是每毫升不大於500個，而我國僅100個，比美國緊的太多!如果有一個企業生產的淨水器，出水水質其他指標都合格，都非常好，唯獨出水的菌落總數為二百多，按中國標準就不合格了，但按美國標準就是合格的，而且非常好。
如果菌落總數太低，必然要過度消毒，而消毒副產物都是三致(致癌、致突變、致異變)的，其危害遠遠要大得多。
國內對淨水器應採取內控和重點檢測相結合
關於如何對待菌落總數，以及水中的細菌可能超標問題，各方也給出了各自的意見。
其實回頭看看，此前瓶裝水、桶裝水及淨水器被抽檢不合格項，很大一部分是因為『菌落總數超標』而被判罰。一位業內人士說，既然包裝水(瓶裝水、桶裝水)都已經取消了此項監測指標，淨水器也應該放開，只需要把握好大腸桿菌等幾個重點細菌指標就可以了，沒必要再繼續執行菌落總數指標。
一位業內專家也認為，根據新發布的食品安全法，菌落總數只是生產過程中淨化效率的內部評價指標，而不是作為產品質量指標，如果超標了，生產過程就要加強控制。