氫原子與電負性大、半徑小的原子X（氟、氧、氮等）以共價鍵結合，若與電負性大的原子Y（與X相同的也可以）接近，在X與Y之間以氫為媒介，生成X-H…Y形式的一種特殊的分子間相互作用，稱為氫鍵。（X與Y可以是同一種類原子，如水分子之間的氫鍵）
熔沸點分子間有氫鍵的物質熔化或氣化時，除了要克服純粹的分子間力外，還必須提高溫度，額外地供應一份能量來破壞分子間的氫鍵，所以這些物質的熔點、沸點比同系列氫化物的熔點、沸點高。
分子內生成氫鍵，熔、沸點常降低。因為物質的熔沸點與分子間作用力有關，如果分子內形成氫鍵，那麼相應的分子間的作用力就會減少, 分子內氫鍵會使物質熔沸點降低.例如有分子內氫鍵的鄰硝基苯酚熔點（45℃）比有分子間氫鍵的間位熔點（96℃）和對位熔點（114℃）都低。
溶解度在極性溶劑中，如果溶質分子與溶劑分子之間可以形成氫鍵，則溶質的溶解度增大。HF和NH3在水中的溶解度比較大，就是這個緣故。
粘度分子間有氫鍵的液體，一般粘度較大。例如甘油、磷酸、濃硫酸等多羥基化合物，由於分子間可形成眾多的氫鍵，這些物質通常為粘稠狀液體。
密度液體分子間若形成氫鍵，有可能發生締合現象，例如液態HF，在通常條件下，除了正常簡HF分子外，還有通過氫鍵聯繫在一起的複雜分子(HF)n。 nHF(HF)n 。其中n可以是2，3，4…這種由若干個簡單分子聯成複雜分子而又不會改變原物質化學性質的現象，稱為分子締合。分子締合的結果會影響液體的密度。