藍巖鬣蜥全長達2米及重14公斤。 體長51-76釐米，尾巴與體長相若。趾是互相緊扣，有利於挖穴及攀樹。
雄蜥較雌蜥大三分之一。 成年雄蜥的皮膚呈深灰色至藍綠色，雌蜥則呈橄欖綠至淡藍色。
幼蜥呈深褐色或綠色，有一些較深的斑紋。 初出生幼蜥的背上，由頸部至臀部的冠上有八道深色的山形斑紋。
斑紋隨幼蜥1歲大後逐漸消退，變成灰色及奶白色，最終退成藍色。
成年藍巖鬣蜥一般呈深灰色，配合周邊喀斯特地形的巖石顏色。 當它們保護地盤發出警示時就會轉變為藍色。 雄蜥的藍色較為明顯。 它們的腳呈黑色，與身體顏色形成對比。
雄蜥大腿上有結節可以釋放費洛蒙。 雌蜥沒有結節，背冠不明顯。 藍巖鬣蜥的眼睛有金色的瞳孔及紅色的鞏膜。 有極好的視覺，可以偵測遠程的形狀及運動。 由於藍巖鬣蜥只有少量的視杆細胞，在昏暗環境下的視覺很差。有雙重的錐狀細胞，對顏色非常敏感，甚至可以看見紫外線。 這種能力對於它們曬太陽以吸收紫外線來生產維他命D非常重要。