擔子菌門 （Basidiomycota R.T. Moore 1980）真菌是以食藥用菌為代表的大型真菌最主要構成，也包括植物病原菌鏽菌和黑粉菌，還有酵母菌等，其物種數佔真菌界1/3，四萬餘種。該類群所涉及的食用菌產業自2014年僅已成為農業第五大種植業，藥用菌的活性產物開發前景廣闊；在自然生態系統中和大部分植物形成外生菌根菌，是最主要的木質纖維素分解者。然而由於種類繁多、分類歷史悠久、大量的新類群的發表引發分類系統巨大變革，阻礙了相關資源的認識進程。
為此，中科院微生物所趙瑞琳團隊集結了近十年來擔子菌門分類研究的新進展，首先在多基因及基因組層面對整個門的系統發育關係開展研究，並估算了目前擔子菌門內亞門、綱、目、科的演化時間範圍分別為406-490 Mya，245-393 Mya，120-290 Mya，27-222 Mya，具體包括：6個基因（LSU, SSU, 5.8s, rpb1, rpb2, ef1）的多基因系統發育圖譜、116個代表種的396個直系同源基因的系統發育基因組圖譜研究；及771個代表種分子鐘分析推算了科和科以上的分類階元的演化時間（圖1）。為建立擔子菌門標準化分類系統中的各分類等級的演化時間標準提供了依據。
圖1. 基於六個基因的擔子菌門蘑菇亞門系統發育圖譜和演化時間
此外，在理清擔子菌門內主要進化支序的系統發育關係基礎上，趙瑞琳團隊聯合27個國家，60個機構，70位真菌學家對擔子菌門中的已知3198個屬名進行梳理，通過3000餘篇文獻查閱結合本研究結果認定其中1261個異名或不合格發表名稱，1928個為合法屬名，並將這些合法屬依次歸入所屬科、目、綱和亞門。此外，還整理提供了每個合法屬的各類信息包括分類地位、物種數、模式種、生活類型、生境、分布地、DNA數據以及系統發育等，進一步完善分類系統的各類信息。獲得目前最完整的擔子菌門分類系統：包括4亞門、18綱、68目、241科、1928屬，共41270個種（分別增加1亞門、2綱、14目、64科、337屬和9755種）。
以本研究成果為基礎，面向公眾的網站https://www.basidio.org 正在建設中。該網站將由中國科學院微生物研究所趙瑞琳團隊主導，聯合國內及法國、比利時、荷蘭、美國、匈牙利、日本的14位國際相關領域權威專家，持續性對擔子菌門分類系統進行維護和更新，實現大型真菌（蘑菇）為主的這一大類真菌的分類系統的整體性呈現，不僅為分類學家，而且為資源的利用者、生態學家等提供巨大的便利。
相關成果以中國科學院微生物研究所為第一單位，聯合培養博士生賀茂強為第一作者，趙瑞琳研究員為唯一通訊作者，共70位作者，2019年11月發表於Fungal Diversity 99:105-367；https://doi.org/10.1007/s13225-019-00435-4。該研究獲得國家重點研發計劃（項目編號: 2018YFD0400200）、國家自然科學基金項目（項目編號31970010，31470152）資助。