當地時間2月11日，世界衛生組織（WHO）宣布將新型冠狀病毒（2019-nCoV）感染引起的疾病正式命名「COVID-19」。同日，國際病毒分類委員會聲明，將引發疾病的新型冠狀病毒命名為「SARS-CoV-2」。
同一天內，不同機構分別宣布疾病及其病毒的名稱，不少網友表示一頭霧水，學界則表現出贊同和反對的不同意見。
對於將疾病命名為COVID-19，但病毒名稱為SARS-CoV-2（SARS冠狀病毒2號，SARS是Severe acute respiratory syndrom的縮寫，即「嚴重急性呼吸症候群」，CoV指冠狀病毒），中國科學院武漢病毒研究所研究員石正麗告訴《知識分子》，她都不認同，並表示「我們正提建議」。
中國疾控中心主任、中科院院士高福在接受《中國科學報》採訪時稱，「沒有證實這是（最終）結論命名，我也認為不妥。」他表示，建議中國病毒學會成立一個專家委員會來討論此事。
中國微生物學會病毒學專業委員會主任委員郭德銀還向《中國科學報》透露，命名沒有徵求中國專家或者學會的意見。
也有來自學界的贊同意見。對於新冠病毒的命名，分子病毒學、病毒新型疫苗研發學者、浙江大學動物科學學院教授黃耀偉對澎湃新聞（www.thepaper.cn）表示，他同意SARS-CoV-2這個命名，「因為新型冠狀病毒就是屬於Sabecovirus亞屬，『SARS相關冠狀病毒』種，這個命名是合理，符合規則的。」
另一位曾參與SARS發病機制研究的國內免疫學教授也對澎湃新聞表示，「完全同意和支持」關於「SARS-CoV-2「的命名。「因為國際組織的理由很充分，新冠病毒屬於可以引起呼吸窘迫症候群的冠狀病毒，且基因序列與SARS病毒存在80%左右的同源性，屬於SARS-like冠狀病毒，與SARS使用相同的宿主細胞受體，且我們現在防控和治療新冠病毒肺炎的方法，也都是借鑑了SARS的經驗，因此這個命名是完全合理的，至少從科學的角度，是有理由的，希望不要從非科學的角度進行理解和幹涉。」
針對「新型冠狀病毒（2019-nCoV）感染引起的疾病」命名為COVID-19，上述免疫學教授也表示贊成。他特別提到，新冠病毒的感染中，既存在著肺部病變的患者，也存在沒有任何肺部病變的患者，「在診療指南（第五版）中的輕型患者定義就是沒有肺部病變。因此，將其引發的疾病稱為『冠狀病毒感染性疾病-（20）19（年）』是合理的。」
黃耀偉則認為，病毒命名與疾病無關，「COVID-19的命名有些過於簡單，但比NCP多了一個疾病出現的時間，更為合理。」
黃耀偉提到的NCP是國家衛生健康委對新型冠狀病毒肺炎的暫命名。2月7日，國家衛生健康委發布關於新型冠狀病毒肺炎暫命名事宜的通知，決定將「新型冠狀病毒感染的肺炎」暫命名為「新型冠狀病毒肺炎」，簡稱「新冠肺炎」；英文名稱為「Novel Coronavirus Pneumonia」，簡稱「NCP」。
澎湃新聞（www.thepaper.cn）還就此事聯繫世界衛生組織突發事件委員會成員之一、杜克—新加坡國立大學醫學院新發傳染病重點研究項目主任王林發，但他表示，作為世衛組織多個委員會的成員，「我的身份與之有利益衝突（I am conflicted），無法對世衛組織的任何決定發表評論」。
對於新冠病毒的命名，國內學者提出了建議。據《長江日報》2月12日報導，考慮到該病毒全基因組序列與源自中華菊頭蝠的病毒有著99.9%的同源性，也與之前的SARS-CoV和MERS-CoV相對應，復旦大學基礎醫學院分子病毒學實驗室的姜世勃教授和中國科學院武漢病毒研究所石正麗研究員建議改名為「傳染性急性呼吸症候群冠狀病毒「Transmissible acute respiratory syndrome coronavirus（TARS-CoV）」。
此外，也有學者根據病毒引發疾病的急性程度提出應命名為PARS-CoV（pneumonia-associated respiratory syndrome），即「肺炎相關呼吸症候群冠狀病毒」。
世衛組織命名疾病：「COVID-19」據世界衛生組織介紹，「COVID-19」是Coronavirus Disease 2019（「2019年冠狀病毒病」）的首字母縮寫。該命名與引起疾病的病毒有關：其中CO代表Corona（冠狀），VI代表Virus（病毒），D代表Disease（疾病），19則因為疾病爆發於2019年。
世界衛生組織在推特上表示，「COVID-19」提供了一種標準格式，可用於將來任何冠狀病毒疫情。
對於為什麼要提出此命名，世界衛生組織表示，擁有正式的疾病名稱很重要，可以防止人們使用其他可能不準確或「汙名化」的名稱。新名稱沒有提及與冠狀病毒有關的任何人、地方或動物，其目的就是避免「汙名化」。
疾病的命名可能對一個國家或社區產生多重的影響，例如中東呼吸症候群、豬流感和西班牙流感等，都在一定程度上導致了誤導公眾、汙名化地區和物種的後果。為了減少對國家，經濟和人民的不必要負面影響，世衛組織於2015年發布命名新的人類傳染病的「最佳做法」。
「最佳做法」規定，世界衛生組織在疾病名稱中應避免使用的術語涉及地理位置、動物或食品種類、人們的姓名、文化、人口、行業或職業、以及引起過度恐懼的術語（例如，未知、致命、流行病）。
國際病毒分類委員會命名病毒：「SARS-CoV-2」對於引發這一疾病的病毒，國際病毒分類委員會（ICTV）宣布將其命名為「SARS-CoV-2」(Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2，可譯為嚴重急性呼吸症候群（SARS）冠狀病毒2號)。
國際病毒分類委員會成立於1966年，旨在標準化病毒的命名。該委員會授權並組織病毒的分類和命名，制定了一套通用的病毒分類方案，以適當地描述、命名和分類影響活生物體的病毒。自1971年以來，ICTV大約每十年發布兩次病毒分類學報告。
對於「SARS-CoV-2」這一命名的由來，國際病毒分類委員會在其官網解釋，委員會的冠狀病毒研究小組在一項研究中確定，導致目前爆發冠狀病毒病的病毒屬於現存的物種，即「嚴重急性呼吸症候群相關冠狀病毒」（Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus）。此研究已分享在預印本論文平臺BioRxiv。
對於病毒命名與疾病命名的區別，國際病毒分類委員會表示，國際病毒分類委員會（ICTV）關注的是病毒門類（virus taxa）的命名（即種、屬、科等），而不是病毒常用名稱或疾病名稱的命名。
國際病毒分類委員會還提到，「對於一種新的病毒性疾病的爆發，三個名字有待決定：疾病（the disease）、病毒（the virus）和物種（the species）。世界衛生組織（WHO）負責其一，專家病毒學家負責其二，國際病毒分類委員會（ICTV）負責其三。」
新冠病毒與SARS冠狀病毒的關聯與差異國際病毒分類委員會對新型冠狀病毒的命名（「SARS-CoV-2」）很容易使人聯想到SARS冠狀病毒（SARS-CoV）。對於兩者的關係，中國疾病預防控制中心、山東大學等研究機構在1月30日在線發表於國際頂級醫學期刊《柳葉刀》的論文中有所解釋。
該論文揭示，新型冠狀病毒（2019-nCoV）的基因組序列與SARS-CoV的差異很大，可以被認為是一種新型的人類感染性乙型冠狀病毒。不過該病毒的原始宿主與SARS-CoV相同，都是蝙蝠。
2019-nCoV與SARS-CoV GZ02（SARS冠狀病毒，檢索號AY390556）和蝙蝠SARS樣冠狀病毒bat-SL-CoVZC45（MG772933）和bat-SL-CoVZXC21（MG772934）的序列同一性論文作者指出，2019-nCoV和相關的蝙蝠衍生冠狀病毒之間顯示出高度的序列同源性。不過，一個值得注意的例外是刺突蛋白，僅具有約80％的序列同源性。
與前述最緊密相關的兩者（蝙蝠SARS樣冠狀病毒bat-SL-CoVZC45（MG772933）和bat-SL-CoVZXC21（MG772934））相比，2019-nCoV與SARS-CoV（SARS冠狀病毒，同源性約79％）和MERS-CoV（中東呼吸症候群冠狀病毒，同源性約50％）的距離更遠。
針對2019-nCoV和乙型冠狀病毒屬代表性病毒的全長基因組的系統發育分析文章指出，系統發育分析表明，2019-nCoV屬於乙型冠狀病毒Sarbecovirus亞屬，與其最接近的bat-SL-CoVZC45和bat-SL-CoVZXC21的分支長度相對較長，並且在遺傳上與SARS-CoV不同。
重要的是，同源性建模顯示，2019-nCoV具有與SARS-CoV相似的受體結合域結構，儘管某些關鍵殘基處存在胺基酸差異。
新冠肺炎及其病毒名稱梳理：1月7日，上海市（復旦大學附屬）公共衛生臨床中心和公共衛生學院、華中科技大學武漢中心醫院、中國疾病預防控制中心(CDC)傳染病預防控制研究所、武漢疾病預防控制中心、澳大利亞雪梨大學等向頂尖學術期刊《自然》（Nature）提交有關新型冠狀病毒的論文：《一種與中國呼吸道疾病相關的新冠狀病毒》，文中研究團隊將該病毒稱為WH-Human 1冠狀病毒（WHCV），這篇論文於2月3日發表。
1月12日，世界衛生組織（WHO）將造成武漢疫情的新型冠狀病毒命名為「2019新型冠狀病毒」(2019-nCoV)。後續的學術論文基本使用了這一命名。
2月7日，國家衛生健康委發布關於新型冠狀病毒肺炎暫命名事宜的通知，決定將「新型冠狀病毒感染的肺炎」暫命名為「新型冠狀病毒肺炎」，簡稱「新冠肺炎」；英文名稱為「Novel Coronavirus Pneumonia」，簡稱「NCP」。
2月11日，世界衛生組織（WHO）宣布將新型冠狀病毒感染引起的疾病正式命名「COVID-19」。同日，國際病毒分類委員會聲明，將引發疾病的新型冠狀病毒命名為「SARS-CoV-2」。
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