基因魔剪升級為「瑞士軍刀」?新型基因編輯工具CasX來了

2020-12-05 澎湃新聞

日前,美國加州大學伯克利分校Jennifer Doudna作為通訊作者之一在國際頂級學術期刊《自然》(Nature)雜誌發表一項最新研究:CasX是細菌和人類細胞中一種有效的基因編輯器。這是時隔7年之後,Doudna再次開發出新型基因編輯工具,或可和此前的Cas9形成有力競爭。

2012年6月, Doudna率先拉開第三代基因編輯技術CRISPR-Cas9的大幕,但在隨後的專利競爭中,一度被麻省理工學院和哈佛大學的博德研究所(Broad Institute)張鋒團隊佔盡優勢。

CasX由Doudna和加州大學伯克利分校另一名科學家Jill Banfield兩年前在一些世界上最小的細菌中發現,這種蛋白質與Cas9類似,但比Cas9小得多:如果你想把基因編輯器植入細胞,這是一個很大的優勢。

所謂的CRISPR本身是一種防禦系統,用以保護細菌和古細菌細胞不受病毒的侵害。這些生物基因組中的CRISPR位點能表達與入侵病毒基因組序列相匹配的小分子RNA,當細菌等感染了病毒,CRISPR RNA就能通過互補序列結合病毒基因組,並表達CRISPR相關酶,也就是Cas,這些核酸內切酶能切割病毒DNA,從而瓦解病毒攻擊。

科學家將這套系統搬用到非細菌細胞中,實現對DNA核苷酸序列進行刪除、插入等精確的編輯操作。目前,CRISPR系統中兩類效應蛋白家族Cas9和Cas12a(又稱為Cpf1)已被成功改造成哺乳動物及其它模式生物的基因組編輯工具。2018年12月、今年1月,中科院動物研究所李偉等人、張鋒及其同事分別在Cell Discovery雜誌、Nature communications發表了名為Cas12b的第三個CRISPR基因編輯系統。

尤其是最早開發的Cas9,目前已經證明自己是一個強大的基因編輯器,被廣泛應用於人類、植物、動物和細菌中,能夠快速準確地剪切和拼接DNA,為治療疾病開闢新途徑。

Doudna率領的研究團隊此番開發出的CasX證明了在原生細菌之外也能發揮作用。其設計類似於Cas9和 「表親」Cas12,但不同之處在於,它似乎是獨立於其他Cas蛋白在細菌中進化而來的。它可以像Cas9一樣切割雙鏈DNA,可以結合DNA調節基因,也可以像其他Cas蛋白一樣靶向特定的DNA序列。

此外,由於它來自於人類不存在的細菌,Banfield從地下水和沉積物中發現的微生物資料庫中提取了它們,人類免疫系統應該比Cas9更容易接受它。一些醫生一直在擔心,在使用CRISPR治療的患者中,Cas9可能會產生免疫反應。

「基因組編輯工具的免疫原性、傳遞性和特異性都至關重要。」論文的作者之一Benjamin Oakes在加州大學伯克利分校官網的一篇新聞稿中如此表示。Oakes曾在加州大學伯克利分校攻讀研究生,目前是創新基因組研究所(innovation Genomics Institute)的創業研究員, 「我們對CasX在所有這些領域的表現感到興奮。」

論文第一作者Jun-Jie Liu和Natalia Orlova使用冷凍電鏡捕捉到了CasX蛋白在編輯基因過程中的快照圖像,基於這種蛋白質獨特的分子組成和形狀,研究人員得出結論,CasX的進化獨立於Cas9,沒有共同的祖先。

「首先值得注意的是,這些高度特異性的結構域是如何發揮類似於他們在其他RNA引導的DNA結合蛋白中所觀察到的作用。CasX的最小尺寸有助於清楚地展示其在自然界中使用的基本配方。」Oakes說,「了解這個配方將幫助我們更好地進化和設計基因組編輯工具,以達到我們的目的,而不是自然的目的。」

Doudna最後表示,「我們不僅僅在尋找下一對分子剪刀,我們想製造下一把瑞士軍刀。」

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