我們在使用普通光學透鏡時，把光作為介質進行成像，通過玻璃透鏡的折射偏轉把光匯聚成「一點」來聚焦成像。掃描電鏡使用的介質不是光，而是電子。雖然介質不同，但是與光學玻璃透鏡一樣，電鏡也普遍存在像差問題，而這些各種各樣的像差，正在背後悄悄地影響著電鏡成像。
下面我們來了解一下各種像差產生的原因，以及如何減少像差對成像的影響。
由於透鏡邊緣部位和中間部位的折射偏轉能力不同，導致各條射線不會匯聚到同一個點上，從而在高斯平面上得不到清晰的像點，而是一個模糊的彌散圓斑，這種現象稱為球差。如下圖所示：
理論證明，電磁透鏡的球差是不能消除的。有一些高端透射電鏡中使用了球差矯正器用於提高解析度，而掃描電鏡上現在還沒有添加球差矯正器。但是掃描電鏡會通過減小孔徑角等其他措施來減小球差。
由於物點在透鏡中心軸的軸外，使得電子束與軸線傾斜成一定角度，破壞透鏡的對稱性，從而產生另一種像差—彗差。彗差嚴重時，成像面（高斯面）上不會得到清晰的點，而是會形成像彗星一樣沿某一方向延伸的模糊圖像。如下圖所示：
在電鏡中，由於物點不會偏移很大，所以只要保證機械軸和光軸的合軸度較好，系統產生的彗差一般對成像的影響很小。
當焦距處在過焦或者欠焦狀態時，聚焦的束斑會呈現 90° 交錯的橢圓形狀，雖然在正焦位置束斑形狀不是橢圓，但是會由於束斑過大而成像模糊，這種像差現象稱為—像散。如下圖（a）所示。
飛納電鏡中配備了消像散器，通過調節 8 個小線圈中的電流大小來產生附加磁場，用於矯正不對稱的橢圓形束斑，使得最終到達試樣表面的束斑稱為一個旋轉對稱、邊界清晰的理想圓斑。
當設備電源電壓略有不穩時，會使加速電壓產生波動，從而影響發射電子的能量。電子的能量差異會導致電子束波長不一致，所以不同能量的電子會沿著不同的軌跡聚焦，最終聚焦在不同的焦點上，出現成像模糊。這種像差現象稱為—色差。如圖所示。
產生色差的主要原因為供電電壓不穩、電子發射位置不一致（燈絲原因）等。為了減小圖像色差，電源配備穩壓器或者不間斷電源（UPS）還是有必要的。
以上就是常見的幾種像差，有一些無法消除，只能通過硬體改善，有一些是可以通過操作消除掉的。對於無法消除的，飛納電鏡已經在硬體方便做到了最優，比如高精度的裝配，保證機械軸和光軸的合軸等等。對於可以消除，比如像散，飛納電鏡也配備了消除像散的操作頁面，使操作人員更方便地消除像散，改善成像。