免疫系統的功能是識別並殺死病毒，細菌，真菌和其他病原體，從而保護身體免受其損害。然而過敏性反應是免疫系統將無害的物質當作潛在病原體進行攻擊。
過敏反應中Th1 和 Th2的免疫應答
Ｔ淋巴細胞是一種免疫細胞，能識別外來病原體並產生細胞信號傳導因子的蛋白質，其職能是免疫傳遞。Th1 和 Th2是Ｔ細胞的兩個主要子集，能彼此互補以產生對抗入侵病原體的綜合免疫應答。Th1型細胞因子能殺死進入細胞內的病原體，並對抗原記憶以防以後被侵襲。Th2型細胞因子能破壞入侵血液或其他體液的細胞外病原體。
根據過敏反應的Th2假說，在免疫應答過程中，特異性反應的Th2細胞因子過度增加。部分人通過遺傳更可能出現免疫應答中過度產生的Th2細胞因子，而Th1細胞因子不足的現象，從而導致產生抗體對抗無害的環境物質。特異性反應敏感性增加的基礎是Th1 和 Th2失衡導致Th2活性增加。當過敏原暴露，Th2型細胞因子如IL-4或IL-3會第一時間把信號傳導給B細胞（免疫系統中負責產生抗體），以產生相應免疫球蛋白E（IgE）抗體,這個過程稱為「致敏性」。接著，IgE在循環系統將信號傳遞給其他免疫細胞（血液中的嗜鹼性粒細胞和皮膚及黏膜上皮的肥大細胞），當他們遇到抗原時就會發起攻擊。IgE也會觸發記憶T細胞，當以後相同抗原暴露，機體會啟動雙重反應，幾分鐘內的急性反應和4-8小時後的後期免疫反應。
過敏的自然療法
益生菌
益生菌能影響免疫系統的水平，補充乳桿菌能幫助柳杉花粉季節性過敏兒童顯著降低乳清IgE水平。患者補充雙歧桿菌BB536，對過敏症狀也會有所改善。此外，BB536能抑制Th2細胞激活，表明它可能鈍化IgE介導的過敏反應。在28周的臨床試驗中，BB536能改善杉樹花粉過敏者的腸道微生物，減少過敏反應。在實驗中，BB536 DNA寡核苷酸能避開Th1細胞因子，抑制IgE水平，有助於減輕過敏反應。設立兩個隨機對照試驗研究第14號植物乳酸菌（LP14）的臨床效果，在加入LP14的試驗組中，嗜酸性粒細胞計數降低，6周後Th1細胞的百分比增加。LP4能誘導Th1型細胞因子的基因表達，這表明在臨床上益生菌對季節性過敏性疾病有效。
蜂鬥菜
多年生灌木蜂鬥菜能抑制血漿中的組胺，白三烯和肥大細胞過敏原的啟動。中國傳統醫學中，用蜂鬥菜治療哮喘，偏頭痛和胃潰瘍。蜂鬥菜已被商業上用來治療季節性過敏性鼻炎，能有效緩解哮喘。其他研究發現，蜂鬥菜與西替利嗪和非索非那定具有相同的抗組胺作用。6項隨機對照試驗發現蜂鬥菜是有效的間歇性過敏性鼻炎的非鎮靜抗組胺藥。
蜂鬥菜能降低哮喘動物的肺部呼吸道炎症，抑制產生Th2細胞因子，白介素和趨化因子（通過激活調節T細胞的表達和分泌），在炎症反應促進白細胞浸潤。蜂鬥菜提取物能抑制哮喘患者的嗜酸性粒細胞浸潤，減少粘液分泌物活性物質。在細胞培養研究中，蜂鬥菜能抑制屋塵蟎引起的白細胞介素釋放，說明具有抑制呼吸道炎症的作用。
懈皮素
懈皮素是各種食品如紅葡萄酒，綠茶，蘋果中最常見的類黃酮之一。研究發現，它具有減少過敏症狀的能力，能抑制白三烯，肥大細胞和組胺釋放。這使其成為抗過敏藥的良好候選藥材。研究還表明，懈皮素能減弱免疫細胞的抗原識別，從而減少炎症反應。
在花生過敏的動物試驗中，懈皮素能使花生引起的過敏反應完全停止。懈皮素處理的大鼠組胺水平與陽性對照組相比明顯降低。在卵清蛋白過敏的豚鼠中，較低劑量的懈皮素會顯著降低呼吸道機能亢進引起的支氣管擴張。在類似大鼠試驗中，懈皮素微乳液表現出抗炎性質。
用含懈皮素和艾草青蒿的鼻腔噴劑對鼻腔過敏患者的治療能快速見效，可與抗組胺劑媲美。兩組隨機獨立的花粉過敏患者試驗，每天採用懈皮素100mg，8周相對空白組的鼻部症狀顯著減少。
橙皮苷甲基查爾酮
類黃酮橙皮苷在人體臨床試驗研究，化學上類似於懈皮素。1949年查爾酮專門對99個特異性過敏患者進行研究。每日食用劑量在100-600毫克範圍，35%的受試者在服用橙皮苷甲基查爾酮後過敏症狀完全緩解，另外34%的受試者症狀部分緩解。最近，橙皮苷甲基查爾酮已成為治療慢性靜脈性疾病的有效藥物，如今，部分醫生經常將橙皮苷甲基查爾酮用於治療過敏症狀，臨床療效較好。