根據《中共中央辦公廳、國務院辦公廳關於印發<黑龍江省機構改革方案>的通知》（廳字〔2018〕107號）規定，黑龍江省中醫藥管理局是黑龍江省衛生健康委員會的部門管理機構，為副廳級。
省中醫藥管理局貫徹落實黨中央、省委關於中醫藥管理的方針政策和決策部署，在履行職責過程中堅持和加強黨對中醫藥管理工作的集中統一領導。
主要職責是：
（一）貫徹執行國家中醫藥事業發展戰略、規劃、政策和相關標準。起草相關地方性法規、省政府規章草案並貫徹實施。參與全省重大中醫藥項目的規劃並組織實施。
（二）承擔全省中醫醫療、預防、保健、康復及臨床用藥等監督管理責任。規劃、指導和協調全省中醫醫療、科研機構的結構布局及其運行機制改革。監督執行各類中醫醫療、保健等機構管理規範和技術標準。擬訂全省中醫藥行業服務規範和職業道德規範，促進全省中醫藥行業作風建設。
（三）負責監督和協調醫療、研究機構的中醫和中西醫結合工作，擬訂有關管理規範和技術標準。
（四）組織開展中藥資源普查，促進中藥資源的保護、開發和合理利用。牽頭擬訂全省中藥產業和中醫藥健康服務業發展規劃、產業政策和中醫藥的扶持政策。參與基本藥物制度建設。
（五）擬訂並組織實施全省中醫藥人才發展規劃。會同有關部門擬訂中醫藥專業技術人員專業技術水平評價政策標準。監督實施中醫醫療、保健等人員的執業資格標準、服務規範。會同有關部門組織開展中醫藥師承教育、繼續教育和相關人才培訓工作，參與指導全省中醫藥教育教學改革，參與擬訂各級各類中醫藥教育發展規劃。
（六）擬訂和組織實施中醫藥科學研究、技術開發規劃，指導中醫藥科研條件和能力建設，管理國家和省級重點中醫藥科研項目，促進中醫藥科技成果轉化、應用和推廣。
（七）承擔保護、整理民間和瀕臨消亡的中醫診療技術和中藥生產加工技術工作，組織開展對中醫古籍的整理研究和中醫藥文化的繼承發展，提出保護中醫非物質文化遺產的建議，推動中醫藥防病治病知識普及。
（八）指導全省中醫藥對外合作交流工作。
（九）完成省委、省政府交辦的其他任務。
（十）有關職責分工。
1.與省工業和信息化廳、省農業農村廳的有關職責分工。省中醫藥管理局牽頭擬訂全省中藥產業發展規劃和產業政策。省工業和信息化廳負責貫徹執行國家和省委、省政府制定的醫藥工業行業規劃、政策和標準，負責中藥材生產扶持項目管理，承擔醫藥工業行業管理工作。省農業農村廳負責擬訂中藥材種植規劃和扶持政策。
2.與省衛生健康委員會、省醫療保障局的有關職責分工。省衛生健康委員會、省中醫藥管理局、省醫療保障局等部門在醫療、醫保、醫藥等方面加強制度、政策銜接，建立溝通協商機制，協同推進改革，提高醫療資源使用效率和醫療保障水平。
省中醫藥管理局設下列內設機構：
（一）綜合處。負責機關日常運轉和信訪、新聞宣傳等工作。負責機關和直屬單位幹部人事、機構編制、勞動工資、教育培訓和離退休幹部工作。會同有關部門擬訂中醫藥專業技術人員專業技術水平評價政策標準。負責機關預決算、財務、資產和有關重點項目管理。指導全省中醫藥對外合作交流工作。負責中醫藥文化的繼承發展，提出保護中醫非物質文化遺產的建議，推動中醫藥防病治病知識普及。
（二）規劃產業處。擬訂全省中醫藥事業中長期發展規劃。擬訂全省中藥產業和中醫藥健康服務業發展規劃、產業政策和中醫藥的扶持政策。指導中醫藥機構開展中醫藥健康服務。組織協調中藥資源普查，促進中藥資源的保護開發和合理利用。
（三）政策法規與監督處。起草有關地方性法規、省政府規章草案。組織擬訂有關中醫藥標準。承擔規範性文件的合法性審查和行政複議、行政應訴工作。監督管理中醫醫療機構及醫療服務。規範中醫醫療服務秩序，督辦重大中醫醫療違法案件。
（四）醫政處。擬訂中醫藥防治重大疾病規劃並組織實施。指導並組織實施農村衛生、社區衛生服務中的中醫藥工作。擬訂並組織實施中醫、中西醫結合醫療和保健機構及其技術應用的管理規範、標準。負責監督和協調醫療、研究機構的中醫和中西醫結合工作，擬訂有關管理規範和技術標準。監督實施中醫醫療、保健等人員的執業資格標準、服務規範。擬訂全省中醫藥人員服務規範和職業道德規範，促進全省中醫藥行業作風建設。參與基本藥物制度建設。
（五）科技教育處。擬訂並組織實施全省中醫藥人才發展規劃。會同有關部門開展中醫藥師承教育、繼續教育和相關人才培訓，參與指導中醫藥教育教學改革，參與擬訂各級各類中醫藥教育發展規劃。擬訂並組織實施中醫藥科學研究、技術開發規劃。指導中醫藥科技能力和科研條件建設，管理國家和省級中醫藥重點科研項目，促進中醫藥科技成果轉化、應用和推廣。承擔保護、整理民間和瀕臨消亡的中醫診療技術和中藥生產加工技術工作，組織開展對中醫古藉的整理研究。
機關黨委。負責機關和直屬單位的黨群工作，其辦事機構與綜合處合署辦公。