冠狀病毒是一大類病毒,已知會引起疾病,患者表現為從普通感冒到重症肺部感染等不同臨床症狀,例如中東呼吸症候群(MERS)和嚴重急性呼吸症候群(SARS)。此次武漢發現的新型冠狀病毒2019-nCov是一種以前尚未在人類中發現的新型冠狀病毒,屬於冠狀病毒β屬,世界衛生組織將新型冠狀病毒感染引起的肺炎正式命名為COVID-19。
為做好新型冠狀病毒感染的肺炎疫情防控和科研工作支撐,2020年2月18日,中國科學院微生物研究所主持的國家微生物科學數據中心發布「全球冠狀病毒組學數據共享與分析系統」(http://nmdc.cn/#/coronavirus)。該系統通過集成冠狀病毒基因與全基因組數據,並整合相似性比對、系統進化分析等工具,實現全球病毒組學數據集成與流程化的分析挖掘,幫助進行病毒的變異、溯源、進化等研究,並促進國內外冠狀病毒數據匯集與綜合分析及共享。
目前,該資料庫共整合包括此次新冠病毒基因組數據在內的全球冠狀病毒基因組3135個,核酸序列32865條,來自於20241個毒株,分離自496個不同宿主類型和568採集地。
圖:全球冠狀病毒組學數據共享與分析系統
系統為用戶提供基於上傳的基因組序列、擴增得到的部分序列或翻譯得到的蛋白序列和資料庫中數據的相似性查詢分析和系統發生學分析。相似性查詢分析模塊功能可以為用戶在核酸及蛋白層面提供功能基因、基因組序列等序列比對分析。系統發生學分析模塊可以為用戶提供冠狀病毒關鍵蛋白包括突刺蛋白、衣殼蛋白、膜蛋白等和冠狀病毒鑑定、傳播、侵染和繁殖密切相關的蛋白的進化分析,從而可以推測進化關係和進化方向。
圖:相似序列查詢結果
圖:S蛋白系統發生樹示例
服務系統啟動後,將進一步完善並整合冠狀病毒組數據平臺,整合病原體的基因型與表型信息,以期實現傳染病的早期預警和預防,為國家生物安全提供數據保障。該系統獲得國家科技資源共享服務平臺、中國科學院微生物科學數據中心能力建設(0203)、中國科學院地球大數據先導A類專項(XDA19050301)、中國科學院戰略生物資源計劃(KFJ-BRP)等項目支持。
中國生物技術網誠邀生物領域科學家在我們的平臺上,發表和介紹國內外原創的科研成果。
註:國內為原創研究成果或評論、綜述,國際為在線發表一個月內的最新成果或綜述,字數500字以上,並請提供至少一張圖片。投稿者,請將文章發送至weixin@im.ac.cn。
2019年熱文TOP10
1. 逆轉2型糖尿病的大牛又發文了:2型糖尿病是簡單的疾病,減肥或逆轉病情!
2. 剛剛,Science發布2019十大科學突破!
3. Science重磅!西蘭花「喚醒」抗腫瘤基因
4. 讀者淚目!《柳葉刀》全中文發表中國醫學博士「家書」:給父親的一封信
5. 《Science》重磅!汝之「蜜糖」,吾之「砒霜...」
6. 喝酒,尤其還臉紅的人,或面臨更高的痴呆風險
7. Nature重磅!第一個完全合成且徹底改變DNA密碼的生物誕生了
8. 這不是一顆大榛子!Science發表新型口服胰島素,或將取代傳統注射
9. Science為防禿頂支招:先從不脫髮開始...
10. 改變精子速度,可以影響後代性別?