MetaboAnalyst 代謝組學在線分析

2020-11-23 騰訊網

MetaboAnalyst 這個網絡工具自2009年誕生以來，已在代謝組學數據分析這片領域內牢牢紮根。便更好地應對了日益增加的用戶需求，它可用於代謝組學數據分析、注釋、整合其他組學數據。MetaboAnalyst 已遷至Google雲伺服器上。在2007年，約25%代謝組學研究使用過MetaboAnalyst 。

https://www.metaboanalyst.ca

關於工具的使用

MetaboAnalyst4.0的使用是在Prime-Faces（v6.1）組件庫和R軟體（版本3.4.3）中實現的。sigma.jsJavaScript庫用於實現交互式網絡可視化。

Prime-Faces（v6.1）組件庫：

http://primefaces.org/

sigma.jsJavaScript庫：

http://sigmajs.org

下面參照一篇由McGill大學Wishart課題組於2019年12月在《Current Protocols in Bioinformatics》期刊上發表的文章「Using MetaboAnalyst 4.0 for Comprehensive and Integrative Metabolomics Data Analysis」，了解到MetaboAnalyst 目前已更新至第四個版本。

MetaboAnalyst 4.0版本的主要特點如下：

同步發布R包（MetaboAnalystR）和相應的R命令的歷史面板；

擴大了代謝組和代謝通路資料庫，從而通過功能富集分析實現代謝組學的數據解釋；

增加了一個基於MUMICHOHG算法、利用非靶向代謝組學數據實現通路活性預測的新模塊；增加了支持代謝組學生物標誌物meta分析的模塊；

增加了支持通過基於知識的網絡分析和可視化實現多組學數據整合的模塊；

McGill大學課題組在這篇發表文章上還清楚描述了MetaboAnalyst 4.0的基本工作流程和12個詳細的操作方案。

Basic Protocol 1: Data uploading, processing, and normalization

Basic Protocol 2: Identification of significant variables

Basic Protocol 3: Multivariate exploratory data analysis

Basic Protocol 4: Functional interpretation of metabolomic data

Basic Protocol 5: Biomarker analysis based on receiver operating characteristic (ROC) curves

Basic Protocol 6: Time-series and two-factor data analysis

Basic Protocol 7: Sample size estimation and power analysis

Basic Protocol 8: Joint pathway analysis

Basic Protocol 9: MS peaks to pathway activities

Basic Protocol 10: Biomarker meta-analysis

Basic Protocol 11: Knowledge-based network exploration of multi-omics data

Basic Protocol 12: MetaboAnalystR introduction

流程圖當中包含了數據處理和數據分析這兩部分，而數據分析部分裡包含三個模塊：探索性統計分析、功能性富集分析、數據處理和通用功能、數據集成和系統生物學。

探索性統計分析類模塊 用於一般統計、生物標誌物分析、雙因素/時間序列分析和功效分析。

功能富集分析類模塊除了用於代謝物組富集分析和靶向代謝組學數據的通路分析兩個現有模塊外，還包括一個根據MS數據預測通路活性的新模塊。

數據集成和系統生物學類包括三個模塊（生物標誌物meta分析、聯合通路分析和network explorer）。

數據處理和通用功能類模塊包含通用數據處理工具，如化合物ID轉換,批處理效應校正，以及與三個基於網絡的實用工具的關聯，包含支持NMR的Bayesil, 支持GC-MS的GC-AutoFit以及支持LC-MS的XCMS Online。

今天給大家簡單描述了此款生信工具，希望能幫助從事代謝組學研究的研究學者。有問題，可以在下面留言區提出哦！

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