Science:利用基因組流行病學準確追蹤英國COVID-19傳播鏈

2021-01-20 生物谷

2021年1月15日訊/生物谷BIOON/---根據研究人員對英國第一波COVID-19大流行的5萬多個病毒序列的分析，SARS-CoV-2病毒在2020年初被引入英國的次數遠遠超過1000次。英國在2020年3月全國封鎖前引入的病毒譜系往往規模更大，地理分布更分散。傳染病流行是由傳播鏈構成的，然而人們但對於共同傳播譜系（co-circulating transmission lineage）在大小、空間分布和持續時間上的變化知之甚少。了解這些特徵有助於針對性地進行幹預，追蹤對人類宿主有不同影響的SARS-CoV-2變種。

英國在2020年初的COVID-19疫情是世界上最大的疫情之一。該國的病毒基因組採樣也有很好的代表性，很大程度上是因為英國COVID-19基因組學（COVID-19 Genomics UK）聯盟的努力。通過這個聯盟，英國每周都會公開分享大量的病毒基因數據。

在一項新的研究中，由Louis du Plessis領導的研究人員利用該聯盟和其他來源的數據重建了COVID-19在疫情第一波（2019年3月至6月）期間引入英國的地點和時間。他們還使用了流行病學因素和旅行數據的信息。相關研究結果近期發表在Science期刊上，論文標題為「Establishment and lineage dynamics of the SARS-CoV-2 epidemic in the UK」。


圖片來自Science, 2021, doi:10.1126/science.abf2946。

根據他們的結果，在2020年3月23日進行封鎖之前，超過1000個可識別的英國傳播譜系---包括全部8個最大的、持續時間最長的傳播譜系---已在英國建立並共同傳播。du Plessis及其同事們說，即使最大和最廣泛傳播的譜系持續到夏季，英國全國性的封鎖也與有限的輸入和下降的區域譜系多樣性相吻合。

他們的結果表明，更早的旅行和隔離幹預措施可能有助於減少英國第一波病例的增長速度和強度。他們還顯示，傳入英國的數量最多的傳播鏈分別來自西班牙(33%)、法國(29%)和義大利(12%)。

這些研究結果表明，可以利用基因組追蹤技術在時間和空間上準確地追蹤單個病毒傳播譜系，這種方法可以在區域、國家和國際範圍內採用，以應對未來的流行病。（生物谷 Bioon.com）

參考資料：

1.Louis du Plessis et al. Establishment and lineage dynamics of the SARS-CoV-2 epidemic in the UK. Science, 2021, doi:10.1126/science.abf2946.

2.COVID-19 transmission chains in the UK accurately traced using genomic epidemiology
https://medicalxpress.com/news/2021-01-covid-transmission-chains-uk-accurately.html

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