黃種人O演化為三大支系
3萬年前，NO人群分化成N人群和O人群，此後N人群的一部分成功北上，也有可能是N人群在O人群的排擠下北上的。總之，N人群在東南亞中南半島上發展狀況明顯不如O人群，成為次要族群或寄人籬下附屬於O人群。此後，O系黃種人逐漸佔據中南半島，並產生新的分化，這已經是2,5萬年之前的事情了。
2萬多年前在北部灣一帶O1（M119）單倍群出現了，這是O（M175）這個超級男性大祖先的後代男性中，又形成的三個超級男性大祖先之一。另外兩個是O3（M122）和O2（P31）。
我們必須清楚，每一個男性超級大祖先的出現，都意味著周圍族群的悲劇，因為這是劃時代的事情，周圍族群將被逐漸淘汰，將被取而代之。這必然是一個血腥的過程。比如，O1、O2、O3這三個超級男性祖先本人和其直系後人，估計在上千年或幾千年內，在擴大自己族群的同時，擠壓著同期的各個O系遠親部落的生存空間，以至於幾乎被滅絕。
在上百年，或幾百年的時間段內，族群之間取而代之的事件很少見。但在跨度上千年或幾千年的時間段，族群之間的取而代之事件就容易發生了。比如，在東南亞中南半島上，這10萬年內發生多少次族群之間的取而代之呢？先是6萬年前D人群取代了丹人，然後是C人群取代了D人群，再然後是O人群取代了C人群。這是大跨度的族群取代，似乎屈指可數。實際上在D人群內部和C人群內部不知道又發生了多少次族群取代。比如，我們剛剛說過的O人群內部就存在這樣的內部族群之間的取代（O人群取代NO人群，O1、O2、O3人群取代各自範圍內的O人群）。幸運的是，O1、O2、O3這三個兄弟族群在相互火併的時候，出現了北上的機會，這樣在中南半島上的火併暫時告一個段落了。
可以說，大部分族群取代事件的發生，就是一次重要的基因進化或族群淘汰事件。這就是人類進化，雖然我們能侃侃而談，但其細節我們還是情願迴避的。雖然A、B、C、D、O等單倍群的標誌基因都是隔離有效基因的無影響的填充基因或其變異，但實際上，無影響的填充基因會變異，有效基因也會變異。正是這些有效基因的有益變異（有效基因的絕大部分變異都是有害變異）促使了人類的進化。如果是女性基因的有益變異，其會緩慢的影響族群，逐漸更多的有利於族群的發展。男性基因的有益變異可以更快的影響族群的發展，因為其優勢基因的普及速度可以更快，一次或幾次積累的男性有益基因變異，帶來的基因優勢如果可觀，這意味著一個超級男性祖先誕生了，部落的原有平衡關係將被打破，周圍部落被取而代之將成為歷史命運。
第四紀晚更新世冰期時期，一些海拔不高的山也積雪冰封，使得積雪冰封的南嶺等山脈成了黃種人向北進入長江流域的天然障礙，更主要的是南嶺北部廣大地區較低的冬季氣溫，不利於長期在熱帶生活的黃種人與已經長期生活在那裡的土著競爭。
1萬年前，冰期結束，東亞冰雪融化，氣候變得溫暖起來，長江流域土著的氣候優勢消失，黃種人競爭力相對大增，處於競爭的優勢地位，逐漸取代當地土著成為歷史趨勢。
黃種人在中南半島擁有著相對長江流域土著更先進的生產力，很快就開創了東亞全新的新石器時代，農業文明的星星之火在各地的黃種人中燃燒了起來，社會發展的火車頭開動了。
黃種人的北上分三條路線進行。內陸支黃種人O3沿著四川的幾條大河(金沙江-雅礱江-大渡河)北上，來到了黃河上遊地區，形成了漢藏(羌華)民族。
O3（M122）出現頻率最高地區為中國雲南省、印度東北部那加邦、緬甸的藏緬族群裡，一些民族中出現頻率為100%，如獨龍族等，這是證明漢族起源於那裡的基因學證據。這顯示內陸支黃種人O3最初聚集在緬甸、中國雲南省西部。
O3後來又分化為O3a（M324）、O3b[M164(O3a2)]、O3c[M159/Line1(O3a3)]、O3d[M7(O3a4)]、O3e[M134(O3a5)]。O3a分化出O3a1（M121）、O3d分化出O3d1（M113）、O3e分化出O3e1[M117/133(O3a5a)]。O3e1進一步分化出O3e1a（M162）。
每一次分化都意味著新的超級男性祖先的誕生，這意味著當時只有少數男性才留下了自己的直系後代。眾多的其他男性只能是打醬油的身份，成為人類發展歷史的匆匆過客。值得安慰的是，雖然沒有直系後代，由於基因的重組遺傳，其基因還是會有一點保留在自己族群的後人中的。
漢藏民族的一支形成了藏緬族群，他們創造了馬家窯文化，以隴西為中心，西至河西走廊和青海省北部，北達寧夏南部，南抵四川省北部。馬家窯文化是陝西仰韶文化的一種地方性的變體，年代為前3300～前2050年。齊家文化起源於中原之陝西龍山文化，隨著不斷向西發展，分布與馬家窯文化地域重合，開始承襲馬家窯文化的若干因素，地域性也就顯得更加突出，實屬陝西龍山文化的變體。齊家文化早期為公元前2000年，已普遍出現銅器，晚期年限可到商代。至於甘肅西部的火燒溝文化，則已進入比較發達的青銅時代，為前1900～前1700年。
藏緬族群不斷南下，佔領了原屬棕色人種和兄弟民族百濮的很多地盤，並與之通婚，融合成現在的藏族人、羌族人、氐族人、彝族人、緬甸族人、蜀人、巴人(土家族)。
其中，藏族是秦漢時期藏緬族群中的兩支唐旄發羌（仙女）南下進入青藏高原，與當地的棕色人種土著雅礱（獼猴）混血而形成的。現在的藏族人的遺傳結構還能看到大量的D 型Y 染色體。而觀察藏族的面貌特徵，甚至在同一個村子中，也會看到兩種截然不同的樣式，有的人是挺拔的羌人的面容，有的人則是敦圓的棕色人種面貌，膚色的差異也很大。羌族含有部分D 型，但以O3 為主。另外，整個藏緬族群由於在黃河上遊老家跟C融合的厲害或者因為後來匈奴、鮮卑、金山突厥、契丹、蒙古的影響，所以現在都含有10%以上的C血統。
O3在南亞語群體和苗瑤語群體中也存在。唯有O3e1是漢族才獨有的（這很有可能是最後的或最近的一個超級祖先，畢竟進入成熟農耕文明社會以後，人口數量得以極大膨脹，基因結構漸趨穩定，任意某個男性再也難以傳播佔據明顯優勢的後代了，許多男性不再只是匆匆過客了，自己的直系後代也可以長期繁衍下去了），這個類型誕生於原始漢人的故鄉黃土高原（甘南、寧夏、陝北），很可能是做了800年江山的周族的祖先帝嚳-后稷（棄）。
漢藏民族另一支東進，形成原始漢人。公元前8000年，原始漢人逐漸散布整個黃土高原和華北平原西半部。原始漢人具有簡單形式的顱頂縫、圓鈍的眶形、突出的顴骨、低凹的鼻梁、淺的犬齒窩、低矮的鼻前棘以及比較扁平的面部；顱長中等兼高顱型、眶型中等偏低、中等的面寬和面高、闊鼻傾向、齒槽突頜以及中等的身高（平均約1.68米），接近現代黃種人的東亞（遠東）類型，其中某些特徵（如闊鼻、低眶及突頜等）更接近南亞類型，或可視之為繼承了舊石器時代晚期智人的特徵。
黃土高原景觀圖。黃土高原現在已經是千溝萬壑了，森林覆蓋率很低，但在漢族祖先來到黃土高原的時候，景觀並非如此。那時的黃土高原大約50%的森林覆蓋率，剩餘的是草地。黃土高原西部的森林覆蓋率會低於50%，以草地為主。漢族祖先之所以能在黃土高原獲得大發展，這來源於黃土高原相對不那麼潮溼的氣候，在這裡獲得一定發展之後，才可以挺進相對潮溼一些的華北平原。在華北平原生活的漢族先民生產生活技術獲得足夠前進以後，才可以向較為潮溼的淮河以南發展。這就是漢族農耕文明地域擴張的基本模式。
中間支黃種人O2又稱南亞(百濮)/澳斯特羅-亞細亞，形成於柬埔寨-泰國，並散布於整個中南半島(除緬甸北部)、中國雲南省東部、廣西省和海南島，今中國的佤-德昂-布朗、緬甸-泰國的孟族、柬埔寨的高棉族、越南的京族、馬六甲族、尼科巴族、印度的蒙達族、斯裡蘭卡的維達人都是其後代。另外，百越民族中，泰國泰族的65%、中國壯族的35.95%也是O2的後代。O2後來又分化為O2a（M95）和O2b（SRY465），從O2a群體中又分化出O2a1（M88/111），O2b分化出O2b1（47z）。
中間支黃種人南亞(百濮)民族的一支南蠻(苗瑤)，北上經過貴州、到達四川，接著沿著長江往下走，到了長江中遊(以江漢平原為中心，南包洞庭湖平原、西盡三峽川東、北達豫南豫中、東抵鄱陽湖的廣大地區)，這就是歷史上所謂的三苗，Y染色體是O2a*。後來漢藏部落O3d[M7(O3a4)]在華夏內戰中落敗混入南蠻成為其統治者，而南蠻的O2a1則脫離南蠻混入南部百越。南蠻先後創造了石門皂市下層文化(為前5000年)→大溪文化(前4400～前3300年)→屈家嶺(湖北京山縣)文化(前3000～前2000年)→湖北龍山文化（前2400年的龍泉三期，與中原龍山文化有較大區別）四種新石器文化。中間支的南亞(百濮)民族的其他支，沒有隨苗瑤支北上，而是繼續留居中南半島故鄉。
沿海支黃種人O1稱澳泰族群，線粒體單倍群B4a、B4b、M7b是其母系特徵。O1後來又分成兩大家族O1a（M101）和O1b（M50/103/110）。其分化和擴張分為三個階段。
第一個階段是舊石器時代的分化，首先是廣西內陸的山地群體和北部灣沿海群體發生了差異。山地群體後來發展成為雒越(O1僅是統治階層，土著可能為百濮)，北部灣沿海群體沿中國海岸線遷徙而擴張開來，首先到達海南島，形成黎族的祖先。1.4萬多年前，北部灣沿海群體散布到廣西東部(1萬年前演化成仡佬族)、廣東(侗傣族群祖先)和臺灣(高山族祖先)；稍後，北部灣沿海群體又有部分沿越南海岸線南下，後來發展成馬來族群。
8000多年前，廣東東部的某一個部族中開始萌發新石器文化（農業文明），並分三支迅速擴張開來。第一支向東北遷徙進人江西，形成幹越；部分幹越後來東遷進人浙江，形成了於越，在太湖平原和寧紹平原創造了燦爛的新石器文化。於越先後創造了浙江餘姚河姆渡文化（前5000～前4000年）、太湖流域馬家浜文化（分為馬家浜和崧澤兩期，為前4300～前3300年）、良渚文化（前3300～前2200年，與山東龍山文化有更密切的聯繫）、南京北陰陽營文化、安徽潛山薛家崗第三期文化（前3200～前3000年）。於越民族繼而又從江蘇進入山東，與當地的苗瑤、通古斯融合創造了先東夷文化。第二支渡海遷徙到臺灣島，形成了臺灣平埔族的一部分。第三支在廣東福建內部演化為閩越、南越。5000～3000年前，閩越向北分出了東甌；南越向西分出了西甌(西甌和山地群體雒越融合形成了壯族)。廣西東部的仡佬族祖先向西北遷徙到了貴州，建立了夜郎諸國，同化了當地的許多南亞語百濮族群，當今的仡央族群(包括仡佬、木佬、拉基、布央、普標、拉哈等語言, 分布在黔滇桂及越南北部)遺傳結構可以看到明顯的二元性。
澳泰族群分化擴張的第三個階段是中華帝國時期的流散遷徙。閩越在漢武帝強制移民政策下，全部離開了福建，大部分到了江淮，逐漸同化於那裡的漢族；小部分向廣東遷移，並最終遷徙到貴州，演化成水族。廣東的南越也大規模向西北遷徙，形成了今天的侗族。南越向西分出的西甌和山地群體雒越融合形成壯族，唐朝時一部分繼續西遷到西雙版納、南遷到寮國、泰國，徵服並同化當地的孟高棉(百濮)土著，形成傣族/泰族。今壯族的17.9%、泰國泰族的10%、越南京族的7%、柬埔寨高棉族的8%、土家族的20%擁有M119。
澳泰族群北部灣沿海群體之一部，沿著越南海岸南下，來到馬來半島，徵服當地的南亞百濮土著，形成南島族群，接著向南面廣闊的大洋進發。公元前3000年之後，擴散到了印尼、菲律賓。公元後又進一步擴散到非洲的馬達加斯加、密克羅尼西亞[馬紹爾、吉爾伯特（吉里巴斯）、關島查莫羅、加羅林群島(波納佩-雅普-特魯克)、帕拉烏、諾魯]、美拉尼西亞[斐濟、莫圖、雅比姆、索羅門群島、萬那杜]、玻里尼西亞[紐西蘭毛利、烏維亞、薩摩亞、湯加、吐瓦魯(艾利斯)、鈕埃、庫克群島拉羅通加、社會群島塔西提、土阿莫圖、馬克薩斯、夏威夷]。玻里尼西亞南部群島的棕種C含量濃厚。
黃種人沿海支和內陸支大規模來到北方以後，可能對當地的阿爾泰-棕種男人進行了殺戮和驅逐，但保留了阿爾泰-棕種女性以婚配。當歷史進入到階級社會，情況就發生了變化，奴隸的需求使得黃種人對遭遇到的棕種男人不再滅殺。那段時期黃種人才到達的邊緣地區，比如青藏高原、蒙古高原、日本列島，棕色人種的成分C和 D被大量地保留了下來。
東亞部分族群Y染色體單倍群構成情況，東亞主要族群，比如朝鮮人、日本人、漢族人、越南人（雖然其地理上屬於東南亞，但其人文等狀況應歸屬於東亞）的主要Y染色體單倍群是O系，因此，可以說O系是黃種人的核心標誌。漢族的核心標誌是O3系，漢族是在O3系基礎上融合其它族群，但主要是融合血緣關係最近的O系而形成。