酵素的催化反應可受許多因子的影響而加速或減緩。許多的酵素在製造的細胞中並不活動，停留在酶原狀態，在遇到致活因子的作用之後才具有活性，此一機制具有保護功能，可避免製造該酵素的細胞被酵素作用。此外，抑制劑可使酵素的活性降低或者完全失去活性。
有些物質因構形與酵素受質相似，可與酵素結合而抑制酵素的作用。例如青黴素因構形與細菌受質類似，可與細菌合成細胞壁的一種重要酵素發生不可逆的結合，導致細菌無法正常合成細胞壁而死亡。重金屬離子，例如Hg2+、Pb2+、Cd2+及砷化物等，可取代原來酵素所需的金屬，因而使酵素失去活性。
酵素在不同細胞內的表現量並不完全相同，因為酵素的生合成需受到基因的調控（DNA→mRNA→protein），包括基因的開或關及基因表現的程度，都會影響該酵素在細胞內的量，進而影響該酵素所控制的代謝反應。酵素活性的調節，對細胞生理極為重要，細胞通常可視生理需要自由控制酵素活性的高低。
酵素主要由蛋白質所構成，不過許多酵素還需加上其他物質，才能進行催化反應，例如輔酶與輔助因子等。全酶是具有完整分子構造及催化能力的酵素。一般酵素由蛋白質構成，但某些酵素為糖蛋白或脂蛋白。有些還要加上輔助因子，才成為功能完全的酵素，稱為全酶。若全酶失去了輔助因子，剩下的部分稱為酶原。
有些酵素在催化反應中常需一些特殊的非蛋白質有機化合物或金屬離子的協助，才具有活性化加強其活性。一些非蛋白質的小分子物質會加入酵素構造中，以幫助催化反應進行。這些輔助酵素作用的小分子物質，分子構造複雜且多樣，通稱為輔酶，在哺乳類中多由維生素代謝而來，無法自行合成，例如維生素B群、葉酸、菸鹼酸等。
輔助因子包括金屬離子如Zn2+、Mg2+、Mn2+、Fe2+、Cu2+等，以離子鍵結合在His、Cys、Glu等胺基酸；細胞多使用較輕的金屬，重金屬大多有害處。
促進劑為非必需因子，但若有其存在，則可加強酵素的活性。一般可分為兩大類：一為非必需金屬離子，例如Mg2+等；另一為硫氫化合物，例如Cys等。
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