早在南北朝時代便聲名顯著的村上家因為軍功，一度被朝廷任命為「信濃總大將」。到了室町時代，村上家因為這個榮譽，素與幕府任命的守護小笠原家不和，由於兩家南北接壤，在室町時代的大部分時間，兩家在邊境都斷斷續續地出現零星衝突。
與此同時，在應仁文明之亂的時候，趁著宿敵小笠原家自陷內亂，無法對抗，於是村上家便乘虛而入，這時候的村上家當家．村上賴清在應仁元年（一四六七）入侵東南的小縣郡（今．長野縣東御市），更大敗當地的名門豪族海野家。
十月至十二月，海野家兩大巨頭．海野幸氏及海野滿幸先後在跟村上軍交戰時戰死，海野家因此陷入衰退。接著在文明十六年（一四八四），村上賴清之子．村上政清繼續擴張，趁著南方的佐久郡大井家入侵甲斐國的戰爭元氣大傷，立即揮軍入侵佐久郡，更成功攻陷了大井家的居城大井城（今．長野縣佐久市），佐久郡的名族大井家也因此被趕出佐久郡。村上家在中北部的本陣地的坂木（今．長野縣埴科郡坂城町），以至東部的佐久郡的勢力在應仁至文明年間一口氣擴大起來，成為了信濃國東北部的最大勢力。與中部的守護小笠原家，以及北部水內郡的高梨家形成三強鼎立的局面。
另一方面，信濃北部水內郡（今．長野縣長野市、中野市一帶）的高梨家跟村上家同樣，在文明年間獲得了急速發展的機會。高梨家本身是在水內郡發跡，後來慢慢將勢力擴張到東面的高井郡（今．長野縣長野市、須坂市一帶）。當時的高井郡內，已經有須田家與井上家處於對立狀態，須田家落敗之後，高梨家以逸待勞，入侵高井郡跟井上家交手。不過，這場信濃國東北角的對決很快受到北方越後國的戰局影響，性質變得不一樣。
永正四年至大永四年（一五零七至一五二四），越後國守護上杉定實與守護代長尾為景發生權力鬥爭，支持長尾為景的高梨家，與之對立，由井上家帶頭的高井郡領主則支持上杉定實。換言之，越後國內的政治鬥爭由於地理位置貼近信濃國北部邊境，最終也引致水內及高井兩郡的領主都身陷其中。當長尾為景在越後先後與關東管領上杉顯定和越後國守護上杉定實交戰之際，當時的高梨家當家．高梨澄賴因為跟長尾家有姻親關係（澄賴姊妹乃長尾為景之母）以北信唯一的為景派，與其他支持守護定實的周邊領主交戰。起初尚可招架得住，但始終寡不敵眾，高梨澄賴被迫逃到越後府中暫避。
幸好長尾為景沒有讓他失望，在永正十六年（一五一九）前，長尾為景挽回敗局，而且跟北信濃的定實派領主講和，為收服戰亂打下良好的基礎。到了大永四年（一五二四），長尾為景在越後取得最後勝利後，終於幫助高梨澄賴回到水內郡。這次高梨家與長尾家共赴患難的結果，使兩家在今後的日子一直在信、越邊境成為肝膽相照的聯盟，長尾家也因此成長為北國最強的勢力，而高梨家則留在北信濃，與南部的村上家作較量，確保在信濃北部的霸權。
反觀村上家，除了跟高梨家爭奪名剎善光寺以及其周邊的物流商貿重鎮．善光寺平（今．長野縣長野市）的控制權外，村上政清之後的村上家動向一度不明。到了他曾孫．村上義清的時代初期，由於南方的宿敵大井家受惠於關東管領上杉家的幫助，得以回歸佐久郡。比起村上家，大井家跟甲斐武田家的關係更加險惡，所以大井家的重心都放在南方，沒有對村上家構成威脅。
到了天文九年（一五四零），武田信虎與諏訪賴重、村上義清結成同盟，一起瓜分佐久郡的領地，村上義清再攻死灰復燃的海野家，而武田信虎與諏訪賴重則主攻大井家，最後三方都成功完成戰略目標。可是不久之後，落敗的海野家跑到信濃東鄰的上野國，請求關東管領上杉憲政介入佐久郡的戰亂。另一方面，信虎也在勝利後僅一年，便遭到長子武田晴信（後來的信玄）發動政變，被趕下臺，流放到駿河國（今．靜岡縣）。
經此大變後，信濃東部的形勢變得更加不明朗，關東管領上杉家的介入以及武田家換人當家之下，原本仍然屬於內戰性質的信濃戰亂，瞬間發展成為跨國的地區戰爭。武田信玄的登場將為信濃全國帶來前所未有的震撼，信濃國領主即將面臨空前的危機。
日本戰國時代：信濃國內亂，小笠原家與諏訪家的同室幹戈
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