RNA Biol:章張等發表長非編碼RNA分類問題綜述文章

2020-12-05 生物谷

近日,中國科學院北京基因組研究所基因組科學與信息重點實驗室的「百人計劃」研究員章張及其團隊,與沙特阿卜杜拉國王科技大學(King Abdullah University of Science and Technology)開展科研合作,對長非編碼RNA的分類問題進行了系統綜述,相關論文在RNA Biology發表。

長非編碼RNA是近期發現的一大類非編碼RNA(長度普遍大於200nt,故籠統稱之為長非編碼RNA)。其在細胞內普遍轉錄並大量存在,並在多個生命過程中發揮重要作用。

根據目前所得數據,長非編碼RNA缺乏顯著序列特徵,與蛋白編碼RNA及miRNA相比較,其物種間序列保守性較差,嚴重阻礙了大規模生物信息學及功能研究。為促進長非編碼RNA的生物學特徵及生物學意義的研究,研究人員從基因組位置、對DNA序列的影響、功能分類、與靶基因結合特徵等不同方面探討了長非編碼RNA的分類,並研究了不同分類方法之間所存在的聯繫。

長非編碼RNA的準確分類將對某一類特定長非編碼RNA的研究、在不同類別的長非編碼RNA上提出假設及挖掘長非編碼RNA功能等方面提供有力的幫助與借鑑,因而在長非編碼RNA的研究上具有重要意義。(生物谷Bioon.com)

On the classification of long non-coding RNAs.

Ma L, Bajic VB, Zhang Z.

Long non-coding RNAs (lncRNAs) have been found to perform various functions in a wide variety of important biological processes. To make easier interpretation of lncRNA functionality and conduct deep mining on these transcribed sequences, it is convenient to classify lncRNAs into different groups. Here, we summarize classification methods of lncRNAs according to their four major features, namely, genomic location and context, effect exerted on DNA sequences, mechanism of functioning and their targeting mechanism. In combination with the presently available function annotations, we explore potential relationships between different classification categories, and generalize and compare biological features of different lncRNAs within each category. Finally, we present our view on potential further studies. We believe that the classifications of lncRNAs as indicated above are of fundamental importance for lncRNA studies, helpful for further investigation of specific lncRNAs, for formulation of new hypothesis based on different features of lncRNA and for exploration of the underlying lncRNA functional mechanisms.

相關焦點

  • 史上最全非編碼RNA合集,擁有2021的第一篇SCI
    非編碼RNA的前世今生多年來,人們已經清楚的認識了一系列結構RNA和調節RNA。由Tuschel,Barrel和Ambro實驗室發表的一系列文章裡,記述了這些結構RNA和調節RNA外,還包括有許多發現的僅由22個核苷酸組成的微小RNA(miRNA)的研究前景。
  • 非編碼RNA研究園地 | 一種大環肽與腫瘤發生的自然通訊
    在這裡我們發現長的非編碼RNA(IncRNA)LINC 00266-1編碼71個胺基酸肽.該肽主要與rna結合蛋白(包括m6A)相互作用。Rna結合蛋白rna m6a讀取器IGF2bp1特別有趣,因為IGF2bp1的蛋白質評分在已鑑定的rbp相互作用體rna m中排在前5位。
  • 工具篇|coding and non-coding RNA,都到我碗裡來
    目前RNA的分類根據其蛋白編碼能力分為mRNA和非編碼RNA(ncRNA)。
  • 崔慶華:在長非編碼RNA的世界中,一定存在著長非編碼RNA中的P53, PTEN
    編者按:去年年底,來自北京大學的研究人員在世界上首次創建並發布了長非編碼RNA疾病資料庫( LncRNADisease),這一資料庫收錄了160多種和長非編碼RNA有關的疾病,併集成了一個生物信息學工具用以預測新的人類長非編碼RNA和疾病的關係。
  • 環狀RNA(circRNA)資料庫大匯總,快來看看有沒有你需要的!
    2018 年是環狀RNA大爆發的一年, 據統計, 2018 年國內外環狀 RNA 領域發表 SCI 文章高達 8167 篇, 比 2017 年增長了 10 多倍, 產量呈現指數性地暴漲。此外,更新後的資料庫包含了人類和小鼠之間環狀 rna 的保守性分析。
  • non-coding RNA databases匯總
    自從1950s後期,rRNA和tRNA的發現以來,各種RNA也相繼被發現鑑定,RNA世界逐漸變得豐富多彩,同時非編碼世界的研究之門也逐漸在打開(見表1 ncRNA分類)。21世紀初期,通過對人類和小鼠基因組分析發現,98%的序列被劃分到「junk「 DNA之列,除被注釋的mRNA之外,大多收轉錄本似乎是不能encode蛋白質的,而這些轉錄本便是ncRNA, ncRNA因此也正式進入科學家的視野。
  • 2月長非編碼RNA和環狀RNA研究推薦
    長非編碼RNA研究推薦1.Nature Medicine: 調控巨噬細胞膽固醇穩態及動脈粥樣硬化的長非編碼RNA研究者通過用LXRs的興奮劑處理細胞,鑑定到一系列差異表達的長非編碼RNA。其中一個與Abca1的基因座位臨近,並明顯上調的長非編碼RNA——「Mexis」(macrophage-expressed LXR-induced sequence),引起了研究者的注意。Mexis與Abca1在不同的組織中具有高度的正相關性,並且敲除Mexis可以顯著的抑制Abca1的表達。
  • 上海生科院發表環形RNA研究綜述文章
    上海生科院發表環形RNA研究綜述文章 來源:上海生命科學研究院   發布者:張薦轅   日期:2016-03-07   今日/總瀏覽:1/3388
  • 試驗對比了RNA測試與DNA-RNA測試診斷不確定甲狀腺結節的有效性
    比較Afirma基因組測序分類器RNA測試和ThyroSeq v3多基因基因組分類器DNA-RNA測試的診斷性能時,發現在診斷細胞學不確定的甲狀腺結節惡性腫瘤的敏感性和特異性方面沒有統計學上的顯著差異
  • 一文講清非編碼RNA的前世今生,擁有2021的第一篇SCI的秘訣
    非編碼RNA的前世今生多年來,人們已經清楚的認識了一系列結構RNA和調節RNA。由Tuschel,Barrel和Ambro實驗室發表的一系列文章裡,記述了這些結構RNA和調節RNA外,還包括有許多發現的僅由22個核苷酸組成的微小RNA(miRNA)的研究前景。由於這些RNA不編碼蛋白質,所以統稱為非編碼RNA(ncRNA)。
  • 研究人員發現了調節神經發生的特定環狀RNA
    多種基因在分化時上調或下調,產生神經元特異性蛋白和核糖核酸(RNAs),包括環狀rna (circRNAs)。這類環狀rna直到最近才逃脫了常規檢測,儘管這些分子在哺乳動物大腦中高度表達。然而,腦表達環狀rna的功能作用仍然是未知的。
  • 最強攻略2: 史上最全非編碼RNA資料庫匯總解讀
    長鏈非編碼RNA(Long non-coding RNA, lncRNA)是長度大於 200 個核苷酸的非編碼RNA。研究表明, lncRNA 在劑量補償效應、表觀遺傳調控、細胞周期調控和細胞分化調控等眾多生命活動中發揮重要作用,成為遺傳學研究熱點。
  • 何慶瑜團隊解讀「非編碼RNA」的編碼行為,重新認識人類基因組
    為什麼這些ncRNAs被定義為非編碼基因?如何檢測ncRNAs是否編碼新蛋白質?ncRNAs編碼新蛋白質有何意義?SCIENCE CHINA Life Sciences邀請暨南大學生命科學技術學院何慶瑜教授團隊撰寫綜述文章:Understanding the proteome encoded by 「non-coding RNAs」: new insights into human genome(點擊題目或「閱讀原文
  • 2017年不能錯過的長非編碼RNA研究推薦
    長非編碼RNA是一類長度在200nt以上的非編碼RNA,主要從蛋白編碼基因的反義鏈以及間隔區轉錄出來。大部分長非編碼RNA擁有與mRNA相似的結構,包括5『端帽子和3』端的polyA,並可能包含多個小的開放閱讀框,甚至能與核糖體結合,然而,這類RNA卻不翻譯。那麼它們是否具有生理功能呢?
  • 中國科大發現新型非編碼RNA - 非編碼RNA專區 - 生物谷
    最近,中國科學技術大學單革教授實驗室在國際知名雜誌《自然-結構和分子生物學》(Nature Structural & Molecular Biology)發表研究性論文,報導了其實驗室發現的一類新型非編碼RNA以及此類非編碼RNA的功能和功能機理。非編碼RNA是一大類不編碼蛋白質而在細胞中起著調控作用的RNA分子。
  • 一個超簡單的轉錄組項目全過程--iMac+RNA-Seq(四)featureCounts
    前期文章一個超簡單的轉錄組項目全過程--iMac+RNA-Seq(一)一個超簡單的轉錄組項目全過程-
  • 【盤點】非編碼RNA與人類疾病關聯性亮點研究
    【2】從心臟病到癌症——長非編碼RNA到底發揮了什麼作用?直到近幾年才發現人類基因的70%是非編碼RNA,非編碼RNA不能翻譯為蛋白質,但仍在人體中發揮重要作用。從她研究的心血管再生角度來講,心血管疾病如動脈硬化只在人類中以特定形式存在,有許多因子,如長非編碼RNA,能夠對這些疾病進行調控,它們可以通過影響血管內層的內皮細胞幫助器官和組織提供氧氣和營養。
  • 德州學院在《核酸研究》發布功能性長非編碼RNA資料庫升級版
    該研究創建了一個升級版實驗驗證綜合長非編碼RNA資料庫,包含了124個物種、1082種疾病等相關的4010個實驗證實的功能性長非編碼RNA,並研究了長非編碼RNA的物種分布、與癌症和其他疾病的關係,以及與其他生物大分子的相互作用信息等,對長非編碼RNA特徵提取、預測器發展和新功能認識具有重要意義。王吉華教授為該論文通訊作者。
  • Cell|長非編碼RNA種屬特異性加工決定其功能差異
    與信使RNA在物種進化過程中的序列和功能都高度保守不同,長非編碼RNA在不同物種之間缺乏嚴格的序列保守性,但在序列、RNA結構、基因組的位置和作用機制等多個層次上體現保守性。其中,不同物種之間序列和基因組位置保守的長非編碼RNA的加工是否保守、以及其相應的生物學功能是否保守是一個重要問題。