今天的主題想說大家在施用有機肥時一定要注意土壤微生物！那麼為什麼這麼說吶？看了這篇文章你就知道了！
一、 先認識有益土壤的微生物的類別：
有益土壤微生物除了轉變有機質為肥分之外，它對促進植物生長貢獻很大，依其功用來分類，可略分如下：
1、 固氮菌群：固態自然界氮分子為氮源，製造肥份。
2、 硝酸菌群：轉變有毒氨氣為硝酸態氮。供植物吸收。
3、 溶磷菌群：解開土壤不溶性磷酸鹽，轉為磷，鐵，鈣肥。
4、 酵母菌群：製造維生素，生長促進素，分解有機物，增加抗病力。
5、 乳酸菌群：分泌有機酸，提高植物抗病力。
6、 光合成菌群：製造葡萄糖，分泌類胡蘿蔔素，消除硫化氫，氨氣（解毒造肥）等有毒物質產生。
7、 放線菌群：長期分泌定量抗生物質，抑制病害。
8、 生長菌群：長期分泌定量植物生長荷爾蒙，促進根，莖，葉生長。
現今農業界常有一種錯誤的觀念，就是以為施用雞糞，豬糞或其他生肥，如魚粉，米糠之類的有機質就是道地的有機農業了，其實這些生肥材質並不能為植物所吸收，反而造成腐敗與病蟲害的衍生，所以我們常說一定要腐熟發酵後才能使用！有機質必須經過微生物分解成可溶於水的營養成分之後，才能為植物所吸收，同時微生物也必須靠這些物質分解時，取得能量與養分才能大量繁殖以發揮其功能，只有當有機物與有益微生物同時並存時，才能使植物體健康成長。因此，有機農業的運用除了施用有機肥外，千萬別忘了土壤微生物群。
土壤中除了有益微生物之外，也有病原菌及病蟲害的同時存在，這一些微生物同樣地會利用有機質來大理繁殖，其結果除了造成作物的病害之外，同時也招來蟲害與蚊蠅。
因此，有機物的施加必須配合以有益微生物來對抗病原菌才能有助於作物。現今的農地，因為濫用化學農藥與肥料，天然的有益土壤微生物都被毒殺盡，而牽強的病原菌則相對地肆決猖獗，在耕地上佔其優勢，因此如果一味地施加有機物於如此惡劣條件的耕地上的話，反而會助長病原菌的滋長而造成更嚴重的病害。前人利用雞糞種植蔬菜水果都沒問題，而今日卻變成嚴重病害的禍源，其前後差異只在土壤微生物相的惡習化所致。
土壤有益微生物的種類越多越好，就象人類社會中需要各種人物一樣以相輔相成協力合作的方式生活在一起，才能使每個人的特殊才能發揮出來。例如多糖類（米，麥，高梁），麥菌利用其能量而分解為單糖，這些用過的產物（單糖），又成為酵母菌的食物，酵母菌分解利用過的單糖，被轉化為酒精而遺棄，但這些酒精則又適合醋酸菌的需要，它又被醋酸菌利用之後，終被轉為醋酸。酵母菌發酵時，產生的廢氣（二氧化碳）又為光合成菌取用為製造葡萄糖的原料。微生物群如此相輔相成的生活在一起，因此施用微生物時，單一菌種的施用，其效果遠不如綜合微生物群的施用。
傳統想法中，根的功用是植物體定著基點，同時用以吸收無機養分及水分的器官。這一種傳統的想法，對現今面臨永續性地力的困難問題，則提不出充分合理的說明來。為什麼植物所需的水分，無機肥分充分供應之後，植物仍舊不能茂盛地成長？為什麼根部不能完全地吸收這些養成分？為什麼病原菌，病蟲害會茲生繁衍而不可收拾？
科學的進步突飛猛進，己能明確地追蹤微量物質的來龍去脈。現代科學己能確認植物生理與微生物間不可離的共生關係。植物根部分泌物質來供應微生物的需要，同時微生物也生產各種不同物質來回饋植物體，兩者實際上是共生的夥伴。要使植物生長茂盛，除了水分，養分之外，足夠的土壤微生物也是最重要的必要前提。
植物體包括根，莖，葉，花，果實，事實上它整體的表面穿著一件微生物的外衣。在土壤中根的表面周圍約五釐米的範圍內，重重地圍繞著高密度的微生物，稱之為「根圈菌」。
植物排出其特有的分泌物來吸引無數的根圈菌微生物於其周圍，使得根部周圍的微生物密度遠超出非根部的土壤區域，生活於根圈的微生物也泌出各種有機物，包括胺基酸，低分子糖類，低分核酸，生長激素及各種酵素等，這些有機物質對植物生長，生殖等生理作用有顯著的效果，對農產品的質與量提升貢獻很大。其他更有微生物侵入根部組織，在根胞內繁殖，這類稱為菌根菌，但它不能破壞根部組織，卻更能與根部細胞交換物質，共存共榮，促使根部活力，吸收力的增強，有利於植物健全的生長與自然抗病力的加強。在植物體表面也附著無數的微生物，這一些微生物的存在，不但能使植株強壯，更能保護植物，減少病害。要達到有機農法「減農藥」「減化肥」的目標，就定奪於有益微生物在耕地上的培養之成功與否。
1、 殺菌輔菌：我們既然知道植物的生長與健康需要微生物為其共生夥伴，但卻不斷地使用農藥，不分青紅皂白地在殺除病原菌的同時也把有益微生物全部殺盡滅絕。
好菌、壞菌都抵不住劇毒的農藥，造成耕地的暫時性的真空狀態，藥效降低時，周圍仍舊存在的病原菌便乘機而入 ，以其快速繁殖的特性，很快地便又佔據了農藥清洗乾淨而又沒有競爭對手的耕地，於是病原菌群優勢地迅速繁殖，病害更快地復現，只好再噴農藥，如此一而再，再而三，造成農藥噴灑越演越烈的惡循環，這就是現代農業的通病。如果在藥效降低的同時，大量施加有益微生物群（如滿點18號或酵素液肥等）來領先佔領農藥洗淨後的耕地，以絕對的優勢來抵抗病原菌的復入，就是病原菌有多強也要相當努力，才能徵服，才能佔領這已充滿有益微生物的耕地，還要再發揮到病症復現，更需要一段時間，如此一來，病症復發的時間自然拖長。向來十天施藥一次的農友，開始殺菌輔菌的動作之後，第十天先看看是否非施藥不可，可以拖一天再施藥的話，那麼以後就改為十一天施藥一次，每次先觀察再施藥，可拖則拖，如此就漸漸的拉長施藥周期，由十一天改為兩星期，再由兩星期改為三星期、一個月、半年、一年、最後自然的與農藥絕緣。
2、 菌群優勢：要培養大量有益微生物於耕地上的話，最先必須準備一個適合微生物生存繁殖的有機溫床，耕地上不但必備微生物的糧食——有機物質之外，並須注意到土壤空隙度，保水性以提供微生物生存所需的氧氣及水分。然後定期地補充綜合微生物群（滿點18號），以維持有益微生物的菌群優勢來對抗病原菌的侵入，發揮其造肥，抑病的效果。
3、 拮抗作用：放線菌類（Actinomyces）可分泌各種不同的抗生素，假球菌類（Pseudomonas）可分泌各種不同的抑病物質。乳酸菌（Lactobacillus）、酵母菌類(Saccharomyces)、木徽菌(Trichoderma)等等，都有抑病物質的分泌，只要能好好把握這些拮抗微生物培養於耕地中，它們就會無時無刻地分泌各種抑病物質來壓制病蟲害的滋長，自然農藥的需求量也將隨之下降。
4、 強勢植株：作物健康強壯，自然罹病率減少，好象兩個小孩子一起外出玩，外面風雨交加，回家後，一個感冒一個沒事，一樣的惡劣環境，而致病的反應不同。蟲害自然會減少，不必依賴農藥的施用。
5、 減少病原：避免使用生雞糞之類的生肥，以杜絕病原菌，病蟲害繁衍的環境。
6、 天時地利人和：
地點：依據作物種類的不同，在種植前先考慮種植地點的日光強度，氣溫，雨量，海拔高度，土壤性質，坡度等條件，務必適合目標作物的特性，作物順利成長，，要減農藥，自然事半功倍。清淨的水源，無汙染的空氣，環境也是健康植株的要素。
品種：有機農法最難解決的是病蟲害問題，因此抗病品種的育成與適當幼苗的處理，如根圈微生物，綜合微生物，菌根菌，根瘤菌，放線菌或幾丁酸等的前處理都有利於健壯植株的建立，更是將來減農藥運作成功的關鍵。
時機：根據各種作物的自然習性與時機來種植與收成。過分刻意的人為調整，將影響作物的健康而招致病蟲害的發生。
7、 其他方法：為了減農藥，也可利用天敵，自然農藥，誘殺法，套袋，網室栽培，黃色粘板等種種方法來消滅病蟲害。
照顧作物就象照顧自己一樣，今天有咳嗽，晚上及時吃藥，明天早上可能稍有好轉，再吃一天藥，咳嗽痊癒了，如果完全不吃藥，咳了三個月，也是會好的，但是咳嗽三個月的人和咳一天的人比起來，一定虛弱好多。作物病害處理的道理也是一樣，一旦病害發生時，即刻用合法的輕毒農藥來抑制病害，同時在藥性減退施用有機肥料及有益微生物（菌肥，活性有機液肥或滿點18），來補充作物所需營養分及有益微生物群。如此運作，可使作物迅速恢復健康，增加抗病力。繼續定期地如此運作，可增強植物的抗病力，減低病害的頻率。這就是作物有病在吃藥，無病要補身的道理。耕地作物強壯後，不必要時就不要習慣施藥，以達最後不用農藥的目標。
我們三餐吃的飯菜都是有機質，人有消化液可以把它分解為簡單物質，如胺基酸或葡萄糖之後，才能被吸收而進入血液，供人體利用，植物也需要有機養分，可是植物沒有消化液，所以必須依賴微生物來替它分解為胺基酸，葡萄糖或更簡單的物質，然後植物才能吸收利用。
人類除了三餐營養要充分之外，如果每天再補充一點維他命更好，植物也是一樣，主要營養必須依賴有機肥，在利用少量化肥來作肥培管理上的調節，就能更稱心如意地調節作物生長，希望作物吐葉生長，則稍加化學氮肥，催花催果則利用氮磷鉀（NPK）三元素的比率來調節。正如人類牙周出血時，利用維他命C來治療一樣，維他命對人類健康有好處，正如NPK對植物一樣，但是我們卻不能放棄三餐，而每天只吃維他命過日子，如此反覆會妨礙健康，作物也是一樣，如果放棄有機肥而完全依賴化學肥的自豪感，長期下來，土壤敗壞，植物生長就不好，照顧作物就對人類一樣，三餐在營養，最好再吃一點維他命。有機農法使用有機肥外，再配合一些化肥料助益不淺。身體健壯的人，吃不吃維他命影響不明顯，那麼只要三餐營養平衡就夠了。有機農法運作一段時間，耕地作物健康生長，只要在有機肥中，顧慮到作物營養的均衡性，那麼化學肥料就不再是絕對需要的了，如此就能做到有機農法不用化肥的目標。
不用化學農藥是有機農業的目標之一，只在萬不得以時，才在作物前期或中期使用合法的輕毒農藥。到底農藥會不會破壞有益土壤微生物呢？一般殺蟲劑可與微生物肥料並用，但仍需避免於施用前長時間浸泡一起，最好在噴施之前，才混合用。
至於殺菌劑則將會殺傷有益微生物，因為微生物肥料的功效有三：
其一提供微生物菌種源。
其二，提供有機營養源。
其三，提供微生物發酵時分泌的抑病物質。
所以當微生物與殺菌劑混合併用時，雖然微生物菌源將被滅絕，但有機營養與抑病物質則不受損害，所以如果不計較菌源的損失，可以一起使用，只要在藥效降低時，再噴一些綜合微生物群，以補充菌源。不過一般是不建議與殺菌劑混合併用的。
本來泥土中含有各種微生物及微小生物，不管這些微生物是有益還是有害，他們之間卻維繫著一種生態上的平衡，互相制約而共存，泥土中充滿了生命體，所以泥土是活土。但是如今農業濫用農藥化肥，使這本來活生生的泥土，變成一片死土，更因生態平衡的破壞而致使倔強而繁殖快速的病蟲害，病原菌泛濫。病原抗藥性與農藥化肥的依賴性及惡循環，使得農業不能有一天不農藥化肥。在此環境下，要談自然農法是件難事。如果堅持自然農法為大前題，停止使用農藥化肥，那麼一夜之間，田園中的作物就會化為烏有。因此，我們必須以漸進的手法來達成不用化學藥劑的目標才對。
有機農業的目標雖是不用化學農藥，不用肥料，但這是我們努力的目標，要達到這一目標要經過一段路程。首先，恢復土壤中有益微生物，發揮自然的力量，恢復生物間物質循環的原則，時而修復人為破壞的生態平衡與食物鏈，利用殺菌補菌，益菌優勢與自然的拮抗作用等方法，來減少農藥，減肥料的折中運作，慢慢地完全不用農藥，化肥。漸漸用有機肥辦法才能達到自然農法的目標，就象要上二樓，最好的辦法是用樓梯一步步走上去，想用跳的上樓，成功的機會不多，而且失敗，還會摔的很慘。
微生物大量繁殖生長時需要消耗定量的氮素，這些氮素儲藏於菌體中，將來仍會回歸耕地中，達成氮素的緩效作用。但是如果耕地微生物的數量突增，它將大量搶量搶回耕地上的氮肥而造成黃葉，即「氮飢餓」。除此之外，耕地與作物遙含氮條件，如葡萄中果期後，有些農友只加磷鉀肥而完全不用氮肥，在此情況下，葡萄葉子己在缺氮而將變黃的界線上，一旦噴大量有益微生物時，則因增加氮素的消耗而即形成缺氮狀況，造成葉片黃化的現象，因此要噴大量微生物時，必須適量添加氮肥（一般使用1/500的魚精，酵素液肥或尿素均可）一起噴灑。
有機農業運作的基本成功條件是要有正統學術基礎研究開發出來純淨菌種為基礎，目前有由不法商人賣的非法商品充斥市面，非但效果不好，反而為害不淺，購買時一定要認清政府的許可號碼及農林廳的肥許可證號，特別要注意的是營利事業號碼或工廠號碼，並不代表肥料的品質合法化，千萬不要初步混淆而受其害。
有了純淨的菌種後，最主要的是必須把這些菌種在耕地裡擴大培養起來，只有菌種，而不去照顧培養微生物，就象養家畜而不給飼料一樣，使用微生物製劑只是灑菌種而不是灑菌。耕地中有機肥一定要足夠，通氣性，保水性要好，有空氣，有水，有營養，才能使菌種繁殖發展成菌群，然後才能顯出其效果來。
來源：肥料信息臺
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