鱸魚的內骨骼已很完全，而且差不多全為硬骨。頭骨和脊柱稱為中軸骨，支持偶鰭的為附肢骨。1.頭骨：頭骨骨片眾多。各骨塊在個體發育中形成方式不同，有的是從結締組織先形成軟骨再骨化成硬骨，稱為軟骨化骨。另一種是在結締組織的基礎上，不經過軟骨階段而由造骨細胞直接形成的，稱為膜化骨。軟骨化骨在外形上粗糙，構造多腔隙；膜化骨外表光滑而薄，甚至透明，結構結實無中空。鱸魚頭骨的上部，圍繞著腦和耳、鼻、眼等感覺器官的骨骼，總起來構成頭骨的腦顱。頭骨下部的各骨片構成咽顱，組成攝食和呼吸器官等，鰓蓋骨和鰓皮條以保護這些器官。鱸魚頭骨分區及各骨片如下：
篩區一1中篩骨、2側篩骨、2鼻骨（背）、1犁骨（腹）。（1）腦顱。蝶區：2翼蝶骨、2額骨（背）、1副蝶骨（腹）、1基蝶骨（腹）、5圍眶骨（每側）。耳區：1蝶耳骨、2翼耳骨、2前耳骨、2頂骨（背）、2上耳骨、2後耳骨（腹）。枕區：1上枕骨（背）、2側枕骨、1基枕骨（腹）、2鱗骨（背）、2顳骨（背）。
（2）咽顱。頜弓（mandibular arch）一對，可分支持上頜和下頜的骨骼。上頜弓：2前頜骨、2上頜骨、2輔上頜骨、2顎骨、2（前或外）翼骨、2中（內）翼骨、2後翼骨、2方骨。下頜：2關節骨、2齒骨、2隅骨、2米克爾氏軟骨、2前關節骨。舌弓：2舌頜骨、2續骨、1間（莖）舌骨、2上舌骨、2角舌骨、2下舌骨、2基舌骨、1尾舌骨。鰓弓：8咽鰓骨、8上鰓骨、8角鰓骨、8下鰓骨、2~3基鰓骨、2下咽骨。鰓蓋：2主鰓蓋骨、2間鰓蓋骨、2前鰓蓋骨、2下鰓蓋骨、6鰓條骨。註：阿拉伯數字示骨片數目，括號內的背、腹、側示該骨片在頭部骨骼的位置。黑體字示膜骨，普通字示軟骨化骨。
（3）注意事項：①頭骨的具體位置，在硬骨魚類是基本相似的，各個區的具體骨塊數目和組成在不同種類中有一些變化，在軟骨魚類（鯊魚等）中頭骨全由軟骨形成，也分成腦顱和咽顱，腦顱是一個盒狀構造，不分出具體的骨塊，額區和頂區沒有完全封閉，咽顱的骨塊，但無膜化骨。
②鯉魚頭骨與鱸魚的差別是吻骨發達，前篩骨能突出；有眶蝶骨，兩眼窩間不通；顱頂骨合併，膜骨下沉淺；前後二耳骨合併，內陷形成廣大耳窩，上耳骨不延長；基枕骨發達，上有角質墊、有橢圓大孔，有眼肌溝；口邊緣無齒，後翼骨與舌顎骨密接，外翼骨大；口緣由前上二頜骨構成，下頜不突出，有冠突；前4對鰓弧骨的咽鰓骨缺失，上咽骨不發達，齒僅見於下咽骨；鰓蓋後緣平滑，鰓皮條每側3條；沒有基蝶骨和輔上頜骨等。而鱸魚這些方面基本相反：無吻骨，前篩骨不能突出；無眶蝶骨，眼間隔存在兩眼窩相通，眶下骨特化為眶下棚或眶下索；顱頂骨分開，膜骨下沉深；前後耳骨分開，上耳骨後端延長，無耳窩；上枕骨嵴發達，基枕骨延長無角質墊、無橢圓大孔，無眼肌溝；顎骨和犁骨前部有齒，後翼骨和舌頜骨間有一大孔，外翼骨小；口緣由前頜骨構成，上有齒，下頜突出無冠突，齒骨有齒；前4對鰓弧骨的咽鰓骨完整（咽、上、角、下、基），上咽骨發達，下咽骨延長，兩骨都有齒；前鰓蓋後緣有棘突，鰓皮條每側6條；有基蝶骨和輔上頜骨等。
③硬骨魚類頭骨上那些穿過膜骨的感覺管組成的頭部側線管系統，其形狀大小和所經過的骨骼在魚類中很有特色，不僅是魚類與外界相互聯繫的通道，而且可藉此探討其親緣關係，區分種屬。④硬骨魚類頭骨顳窩已見有下顳窩、後顳窩和下後顳窩三種。一般魚類都有下顳窩，內附肌肉，其發達程度和下咽骨活動強弱、骨片大小有關，由翼耳骨、前耳骨和外枕骨在耳囊外側共同圍成。後顳窩是由翼耳骨、上耳骨和外枕骨於腦顱後側面形成的凹窩，所附肌肉能增強頭部力量。下後顳窩發現於鯉科扁咽齒魚中，下後顳窩由上耳骨、翼耳骨、後耳骨、後顳骨和外枕骨共同圍成，起固著牽引咽弧肌肉的作用，以加大對食物的研磨功效。
⑤眶下骨託與眶下骨架：前者是鱸魚第三眶下骨向眼窩內方突出的半圓形突起，恰恰承託著眼球，故名之。後者為岫形目魚類第二眶下骨後延為一骨突與前鰓蓋骨相連，形成的骨質構造。