（《三體》第二部黑暗森林縮寫，接《三體》第一部）三體人發射智子到達地球，人類世界在三體人眼中一覽無餘，似乎人類完全沒有了反抗的餘地。幸運的是，在地球三體組織與三體人的通訊中，發現了三體人的一個特點：思想透明，不會隱藏和欺騙。
人類世界開啟了面壁計劃，賦予面壁者極大的權力，可以調動巨量資源想辦法防禦三體人，且戰略意圖可以不向任何人解釋。最終產生了四位面壁者：美國國防部長泰勒，委內瑞拉總統雷迪亞茲，腦科學家比爾希恩斯，還有一個普通學者羅輯。
羅輯是個天天泡妞遊戲人間的花花公子。他被選為面壁者的理由很簡單，他是三體人要暗殺的唯一人類。成為面壁人後，利用自己的特權，選了一處有湖有山有草原的人間仙境，找了一位跟想像中一樣的完美女友莊顏，過起了天堂般的日子，就是啥活都不幹。
泰勒的戰略很快被破壁人攻破，他本來是想用球狀閃電和宏原子武器（看不懂得看另一部作品《球狀閃電》）攻擊人類艦隊製造出幽靈艦隊，但是三體人不在乎。於是，泰勒自殺了。
聯合國行星防禦理事會帶走了莊顏，羅輯被迫進行思考，終於悟出了宇宙黑暗森林法則。其實葉文潔是第一個悟出來的，但是不敢公開，就在其女兒楊冬墓前對羅輯講了兩條基本原理。正是因為羅輯最有可能悟出黑暗森林法則，所以三體人想殺死他。羅輯被通過流感傳播的基因武器命中，不得不進入冬眠到未來進行治療。冬眠前，羅輯讓人通過太陽向太空發射了50光年外的一顆恆星的位置。
雷迪亞茲的破壁人很快出現了，他的戰略原來是製作恆星型氫彈炸飛水星，引起連鎖反應，毀滅太陽系，以此來威脅三體人，但三體人不在乎。雷迪亞茲想毀滅人類的做法引起了公憤，被自己國家的人民用石塊砸死了。
185年後，羅輯從冬眠中醒來了。人類經歷了大低谷之後，「給歲月以文明，而不是給文明以歲月」成為人類的共識，人類社會進入二次復興，造出了恆星級戰艦。希恩斯打造思想鋼印的計劃也被識破，面壁計劃似乎沒有成果。太陽系防禦理事會取消了羅輯的面壁者身份。
三體人派出了一個探測器首先到達地球。高度繁榮的人類社會相信三體人已無法戰勝現在的人類，派出了2015艘恆星級戰艦，以勝利者的姿態去捕捉這個水滴一樣探測器。丁儀是第一個接觸到水滴的人，他發現水滴是用強互作用力把原子核固定排列製造出來的。水滴發動了進攻，直接撞擊戰艦的發動機。僅僅30分鐘，人類艦隊全滅。
跟羅輯同時代冬眠醒來的章北海劫持最高速度達到光速百分之十五的飛船逃離太陽系，另外四艘戰艦追擊。水滴發動攻擊後，他們認識到章北海的正確，接受了他的統一領導。但為了有足夠資源生存下去，開始了相互攻擊，最後只剩下「藍色空間」號成為流浪宇宙的人類種子。
水滴雖小，但其堅硬程度人類無法破壞。全世界陷入絕望深淵。這時，有人發現羅輯對50光年外恆星發送的咒語起效了，羅輯的黑暗森林理論被證實，他成了人類的神和唯一希望，恢復了面壁人的身份。
水滴封死了太陽，無法向太空發射恆星級信號。羅輯利用雷迪亞茲當年製造的3614個氫彈排成點陣，如果引爆，就會形成塵埃遮擋太陽形成閃爍，發出三體世界的位置。如果羅輯死亡，這個系統就會自動引爆。羅輯用這個方法威脅三體人，三體人答應解除對太陽的封鎖，三體艦隊轉向。
人類和三體人形成了威懾平衡，地球暫時安全了。
【黑暗森林法則：宇宙就是一座黑暗森林，每個文明都是帶槍的獵人，像幽靈般潛行於林間，輕輕撥開擋路的樹枝，竭力不讓腳步發出一點兒聲音，連呼吸都必須小心翼翼：他必須小心，因為林中到處都有與他一樣潛行的獵人，如果他發現了別的生命，能做的只有一件事：開槍消滅之。在這片森林中，他人就是地獄，就是永恆的威脅，任何暴露自己存在的生命都將很快被消滅，這就是宇宙文明的圖景，這就是對費米悖論的一種解釋。】