近年來，單細胞技術已廣泛地應用於基礎科研和臨床研究等方面。為了幫助大家更好地了解單細胞行業的最新資訊，我們通過PubMed資料庫檢索，整理出了7月份單細胞技術應用於各種研究的文章共有612篇（包括article、letter、review），其中IF（影響因子）大於9分的文章有154篇（文章後面使用表格列出），現選擇其中28篇代表性文章進行導讀。詳情如下：
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英文題目：Human CNS barrier-forming organoids with cerebrospinal fluid production
中文題目：可分泌腦脊液的人中樞神經系統屏障類器官
發表時間：2020-07-10
發表雜誌：Science (New York, N.Y.)
影響因子：41.845
DOI：10.1126/science.aaz5626
摘要：腦脊液（CSF）是一種重要的液體，它提供營養物質和信號分子，並清除大腦中的有毒副產品。腦脊液是由脈絡叢（ChP）產生的，脈絡叢是一種保護性上皮屏障，可防止有毒分子或藥物從血液中自由進入。研究人員建立了具有選擇性屏障的人類ChP類器官，並能在獨立環境中分泌類似腦脊液的液體。研究證明，這種體外屏障對小分子的選擇性與體內的ChP相同，ChP-CSF類器官可用於預測新化合物在中樞神經系統（CNS）的通透性。ChP-CSF類器官的轉錄組學和蛋白質組學特徵與體內ChP高度相似。最後，用單細胞轉錄組學和蛋白質組學分析的交叉結合，揭示了人類腦脊液中，先前未被確認的特殊上皮亞型產生的關鍵成分。
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英文題目：Cancer cells deploy lipocalin-2 to collect limiting iron in leptomeningeal metastasis
中文題目：癌細胞在軟腦膜轉移中利用Lipocalin-2收集限制性鐵
發表時間：2020-07-17
發表雜誌：Science
影響因子：41.845
DOI：10.1126/science.aaz2193
摘要：腫瘤微環境在腫瘤進展中起著關鍵的調節作用，特別是在中樞神經系統轉移中。充滿腦脊液(CSF)的軟膜中的癌細胞面臨著巨大的微環境挑戰，包括炎症和稀少的微量營養素。為了研究這些軟腦膜轉移瘤(LM)中的癌細胞克服這些限制的機制，我們對5名LM患者的CSF進行了單細胞RNA測序。我們發現，腦脊液中的癌細胞，而不是巨噬細胞，表達鐵結合蛋白Lipocalin-2(Lcn2)及其受體SCL22A17。這些巨噬細胞產生炎性細胞因子，誘導癌細胞Lcn2表達，但本身不產生Lcn2。在LM小鼠模型中，Lcn2/SLC22A17系統支持癌細胞生長，鐵螯合療法則抑制癌細胞生長。因此，癌細胞似乎通過競爭巨噬細胞的鐵而在腦脊液中存活。
3
英文題目：A single-cell transcriptomic atlas characterizes ageing tissues in the mouse
中文題目：小鼠衰老組織的單細胞轉錄組圖譜
發表時間：2020-7-15
發表雜誌：Nature
影響因子：42.778
DOI:10.1038/s41586-020-2496-1
摘要：衰老的特點是生理完整性逐漸喪失，導致功能受損，更容易死亡。儘管近年來取得了迅速的進展，但許多導致健康生理逐漸喪失的分子和細胞過程卻鮮為人知。為了更好地了解這些過程，我們在這裡生成了一個橫跨Mus musculus壽命的單細胞轉錄圖譜，其中包括來自23個組織和器官的數據。我們發現細胞特異性的變化發生在多種細胞類型和器官之間，以及不同器官的細胞組成中與年齡有關的變化。利用單細胞轉錄數據，我們評估了衰老等不同老化標誌的細胞類型特異性表現，基因組不穩定性和免疫系統的變化。這個轉錄圖譜--我們稱之為Tabula Muris Senis，或「小鼠衰老細胞圖譜」--提供了關於衰老最重要的特徵，是如何反映在廣泛的組織和細胞類型中的分子信息。
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英文題目：Single-cell lineage tracing unveils a role for TCF15 in haematopoiesis
中文題目：單細胞譜系溯源揭示了TCF15在造血中的作用
發表時間：2020-7-15
發表雜誌：Nature
影響因子：42.778
DOI : 10.1038/s41586-020-2503-6
摘要：骨髓移植治療依賴於造血幹細胞(HSCs)的終身再生能力。HSCs在克隆水平上呈現出多種複雜的再生行為，但這種多樣性背後的機制仍不能確定。單細胞RNA測序的最新進展揭示了HSCs之間的轉錄差異，為其功能異質性提供了可能的解釋。然而，測序分析的破壞性的本質阻礙了同時觀察幹細胞的狀態和功能。為了解決這一難題，我們採用了可表達的慢病毒標籤技術，能夠同時分析單個成年造血幹細胞的細胞系和轉錄組，以及它們在長期骨髓重建過程中的克隆軌跡。對具有不同行為的克隆間基因表達差異的分析揭示了一種固有的分子特徵，它是造血幹細胞長期功能性再生的特徵。通過體內CRISPR篩選，我們發現轉錄因子TCF15是驅動HSC靜止和長期自我更新所必需和足夠的。在原位中，Tcf15的表達標記了真正的多能造血幹細胞最原始的一個亞群。總之，我們的工作闡明了與功能幹細胞異質性相關的克隆內在分子程序，並確定了維持造血幹細胞自我更新狀態的機制。
5
英文題目：Mechanisms of stretch-mediated skin expansion at single-cell resolution
中文題目：單細胞解析度下拉伸介導的皮膚擴張機制
發表時間：2020-07-29
發表雜誌：Nature
影響因子：42.778
DOI：10.1038/s41586-020-2555-7
摘要：皮膚對拉伸反應生長的能力在重建手術中得到了利用。雖然在體外研究了表皮細胞對拉伸的反應，但機械力如何影響其在體內的行為仍不清楚。在這裡我們開發了一個小鼠模型，在這個模型中，拉伸對皮膚表皮的影響可以在單細胞解析度下進行研究。利用一種結合了克隆分析、定量建模和單細胞RNA測序的多學科方法，我們發現拉伸通過在表皮幹細胞的更新活動中產生暫時的偏差來誘導皮膚擴張，而第二個基底祖細胞亞群仍然致力於分化。轉錄和染色質分析確定細胞狀態和基因調控網絡是如何通過拉伸來調節的。利用藥物抑制劑和小鼠突變體，我們確定了在體內以單細胞解析度控制拉伸介導的組織擴張的逐步機制
6
英文題目：Single-Cell RNA Sequencing to Dissect the Immunological Network of Autoimmune Myocarditis
中文題目：單細胞RNA測序分析自身免疫性心肌炎的免疫網絡
發表時間：2020-07-28
發表雜誌：Circulation
影響因子：23.603
DOI：10.1161/CIRCULATIONAHA.119.043545
摘要：
背景：心肌炎可發展為擴張型心肌病(DCM)，此疾病可能需要心臟移植(HTx)。心肌炎分期的免疫網絡尚不清楚。本研究旨在研究心肌炎向心肌病轉變過程中的免疫網絡，並找出引起心肌炎炎症反應的基因。
方法：用肌球蛋白重鏈α肽治療小鼠，建立實驗性自身免疫性心肌炎(EAM)模型。我們對從小鼠心臟中提取的CD45+細胞進行了單細胞RNA測序分析，這些細胞在不同的EAM階段，包括正常對照組、急性炎症、亞急性炎症和肌病階段。人體心臟組織是從接受心臟移植的患者通過手術取出的心臟中收集的。
結果：在34665個細胞中，共鑑定出26個細胞亞型。在所有疾病階段，巨噬細胞都是主要的免疫細胞群(>60%)，並且發現了一個炎症相關的巨噬細胞簇，在該簇中HIF1a調節基因的表達上調。EAM誘導後，中性粒細胞數量增加，中性粒細胞釋放IL-1參與EAM過程。亞急性炎症期T細胞所佔比例最高。急性炎症期以上調HIF1a調節基因表達的輔助性T細胞為主，亞急性炎症期以調節性T細胞為主，肌病期以釋放IL-17的γδT細胞為主。此外，HIF1a的表達水平與炎症程度相關。另外，PX-478可減輕EAM不同時相的炎症反應。最後，HIF1a在急性自身免疫性心肌炎患者中的表達水平高於擴張型心肌病患者和健康對照組。
結論：我們在這裡展示了心臟免疫細胞在EAM不同階段的綜合單細胞圖譜。此外，我們還通過調節免疫細胞活性，特別是巨噬細胞簇2和T輔助細胞17，闡明了HIF1a在炎症反應中的作用。還有，HIF1a抑制劑可減輕EAM模型的炎性細胞浸潤，可能成為臨床上潛在的治療靶點。
7
英文題目：Microglia Require CD4 T Cells to Complete the Fetal-to-Adult Transition
中文題目：小膠質細胞需要CD4 T細胞輔助完成其由「胎兒到成人」的發育狀態轉換
發表時間：2020-7-22
發表雜誌：Cell
影響因子：38.637
DOI：10.1016/j.cell.2020.06.026
摘要：大腦通常被認為是一個免疫豁免器官。儘管，已有報導表明CD4 T細胞存在於中樞神經系統中，但是，其是否存在於大腦中仍具有爭議，其功能在很大程度上尚不清楚。我們聯合採用了顯微鏡成像技術、單細胞測序技術及手術處理等方法發現在小鼠和人的大腦中都存在CD69+ CD4 T細胞群，該群體不同於循環CD4 T細胞。駐留在大腦中的細胞群是通過活化的循環細胞從原位分化而來的，並由自身抗原和外周微生物共同作用而形成。單細胞測序的結果表明，CD4 T胞缺失，小鼠大腦中的常駐免疫細胞--小膠質細胞---仍然停留在胎兒和成人發育狀態之間，發育發生異常。小膠質細胞的成熟缺陷導致過量神經元突觸形成，從而引發大腦行為異常。這些結果闡明了CD4 T細胞在大腦發育中的作用，並且提供了神經系統和免疫系統協同發育的潛在動力。
8
英文題目：A single-cell atlas of the peripheral immune response in patients with severe COVID-19
中文題目：重症COVID-19患者外周免疫反應的單細胞圖譜
發表時間：2020-07
發表雜誌：Nature Medicine
影響因子：36.130
DOI：10.1038/s41591-020-0944-y
摘要：我們迫切需要更好地了解2019年冠狀病毒病（COVID-19）的病理生理學，這是由SARS-CoV-2引起的全球大流行，已在全球範圍內感染了300多萬人。約20%的COVID-19患者會發展成嚴重疾病，5%的患者需要重症監護。嚴重的疾病與外周免疫活動的改變有關，包括炎症性單核細胞亞群產生的促炎性細胞因子水平升高、淋巴細胞減少和T細胞衰竭。為了闡明外周免疫細胞中可能導致嚴重COVID-19免疫病理或保護性免疫的途徑，我們應用單細胞RNA測序（scRNA-seq）分析了7例因COVID-19住院的患者的外周血單個核細胞（PBMCs），其中4例患有急性呼吸窘迫症候群，六個健康對照組。我們確定了COVID-19外周免疫細胞表型的重構，包括異種幹擾素刺激的基因特徵、HLAⅡ類下調和中性粒細胞群的發育，這些與急性呼吸衰竭需要機械通氣的患者出現的血漿蛋白表達密切相關。重要的是，我們發現外周血單核細胞和淋巴細胞不表達大量的促炎細胞因子。總的來說，我們提供了一個關於嚴重COVID-19的外周免疫反應的細胞圖譜。
9
英文題目：ZipSeq: barcoding for real-time mapping of single cell transcriptomes
中文題目：ZipSeq：用於單細胞轉錄體實時定位的條形碼
發表時間：2020-07-06
發表雜誌：Nature Methods
影響因子：30.822
DOI: 10.1038/s41592-020-0880-2
摘要：空間轉錄組學致力於將單細胞轉錄組學數據整合到多細胞生物學的三維空間中。目前將細胞的位置與其在活組織中的轉錄組相關聯的方法有各種局限性。我們開發了一種稱為「ZipSeq」的方法，它使用圖案照明和光老化寡核苷酸，在完整組織中的活細胞上實時地連續列印條形碼（「zipcodes」），並對圖案進行動態選擇。利用ZipSeq，我們繪製了三種環境下的基因表達：體外傷口癒合、活淋巴結切片和活腫瘤微環境。在所有病例中，我們發現了與組織結構相關的新基因表達模式。在腫瘤微環境中，這顯示了骨髓和T細胞從外周向內分化的軌跡。ZipSeq的組合變異可以有效地縮放定義區域的數量，為實時成像或擾動之後的活體組織的完整繪圖提供了途徑。
10
英文題目：Self-Reporting Transposons Enable Simultaneous Readout of Gene Expression and Transcription Factor Binding in Single Cells
中文題目：自我報告轉座子能夠同時讀出單細胞中的基因表達和轉錄因子結合
發表時間：2020-07-18
發表雜誌：Cell
影響因子：38.637
DOI：10.1016/j.cell.2020.06.037
摘要：細胞異質性混淆了轉錄因子(TF)結合的原位檢測。單細胞RNA測序(scRNA-seq)將細胞類型從基因表達中去卷積，但沒有技術將細胞身份與這些細胞類型中的TF結合位點(TFBS)聯繫起來。我們提出了自我報告轉座子(SRTs),並將其用於單細胞呼叫卡(scCC)，這是一種在單細胞中同時測量基因表達和定位TFBS的新方法。從mRNA中恢復SRT的基因組位置，通過外源TF-轉座酶融合沉積的SRTs用於定位TFBS。然後，我們提出了scCC，它映射來自scRNA-seq文庫的SRT，同時識別這些相同細胞中的細胞類型和TFBS。我們使用此技術對多個TF進行基準測試。接下來，我們使用scCC在K562細胞中發現BRD4介導的細胞狀態轉換。最後，我們在單細胞解析度下定位了小鼠皮層中的BRD4結合位點，建立了一種原位研究TF生物學的新方法。
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英文題目：Comparative analysis of cell lineage differentiation during hepatogenesis in humans and mice at the single-cell transcriptome level
中文題目：在單細胞轉錄組水平上比較分析人類和小鼠肝發生期間的細胞譜系分化
發表時間：2020-07-20
發表雜誌：Cell research
影響因子：20.507
DOI：10.1038/s41422-020-0378-6
摘要：在胚胎發生過程中，肝臟是肝發生和造血的部位，包含許多來自內胚層和中胚層的細胞譜系。然而，這些細胞譜系的特徵和發育程序目前仍不清楚，特別是在人類中。在這裡，我們對整個發育過程中的人類和小鼠胚胎肝臟進行了單細胞RNA測序。在這裡，我們對整個發育過程中的人類和小鼠胚胎肝臟進行了單細胞RNA測序。我們鑑定了內胚層源性、紅細胞源性、非紅細胞源性造血細胞和中胚層源性非造血細胞4個細胞譜系，並確定了主要細胞譜系的發育途徑。在人類和小鼠中，我們鑑定了新的肝系標記和一個ID3+亞群的肝細胞，並驗證了成肝細胞遵循「default-directed」模型進行分化。此外，我們發現人而非小鼠的胚胎肝細胞表現出異質性與代謝相關基因的表達相關。我們描述了人類和小鼠造血過程中紅祖細胞的發育過程。此外，儘管物種之間的細胞分化程序一般保持不變，但我們在人和小鼠胚胎肝臟的造血過程中觀察到不同的細胞譜系組成。總之，這些結果揭示了胎兒肝臟發育的動態細胞圖譜，闡明了不同物種肝臟發育的相似性和差異性，為體外誘導各種肝臟細胞系提供了廣泛的資源。
摘要：克隆調控程序的傳播促進了癌症的發展，但人們對表觀遺傳機制如何與遺傳驅動因子相互作用以重塑這一過程了解甚少。在本研究中，我們通過單細胞轉錄和DNA甲基化分析與Luria-Delbrück實驗設計相結合的方法，證明多種類型的癌細胞中存在克隆穩定的表觀遺傳記憶。結腸癌克隆細胞群的縱向轉錄和遺傳分析揭示了上皮到間充質轉錄特徵的緩慢漂移譜，這似乎與遺傳變異無關。DNA甲基化圖譜與這些特徵相關，但也反映了獨特的節律樣甲基化丟失過程。在大多數情況下，甲基化改變可以通過整體反式作用因子的作用來解釋。然而，對於特定類型的啟動子，特別是癌症-睪丸抗原，去阻抑與順式甲基化的喪失有關，並可能由其驅動。本研究表明通過表觀遺傳記憶可以使癌細胞中的基因亞克隆結構多樣化。
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英文題目：Multimodal Analysis of Composition and Spatial Architecture in Human Squamous Cell Carcinoma
中文題目： 人鱗狀細胞癌組織成分和空間結構的多模態分析
發表時間：2020-07-23
發表雜誌：Cell
影響因子：38.637
DOI：10.1016/j.cell.2020.05.039
摘要：為了確定皮膚鱗狀細胞癌(CSCC)的細胞組成和結構，我們將單細胞RNA測序與空間轉錄和多路離子束成像相結合，從一系列人CSCC和匹配的正常皮膚中進行了研究。cSCC表現為4個腫瘤亞群，3個重現正常表皮狀態，以及腫瘤特有的腫瘤特異性角質形成細胞（TSK）群體，局限於纖維血管微環境。整合單細胞和空間數據將配體-受體網絡映射到特定的細胞類型，揭示了TSK細胞是細胞間通訊的樞紐。觀察到多種潛在的免疫抑制特徵，包括T調節細胞（Treg）與CD8細胞在腫瘤間質中的共定位。最後，人類腫瘤異種移植的單細胞特性和體內CRISPR篩選確定了特定腫瘤亞群豐富的基因網絡在腫瘤發生中的重要作用。這些數據定義了cSCC腫瘤和間質細胞亞群，它們相互作用的空間小生境，以及它們參與癌症的通訊基因網絡。
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英文題目：Emergence of a High-Plasticity Cell State during Lung Cancer Evolution
中文題目： 肺癌演化過程中高可塑性細胞狀態的出現
發表時間：2020-07-23
發表雜誌：Cancer Cell
影響因子：26.602
DOI：10.1016/j.ccell.2020.06.012
摘要：腫瘤從一個單一的細胞演變成惡性、異質性的組織的過程至今仍知之甚少。在這裡，我們描述了基因工程小鼠肺腫瘤從癌前增生到腺癌的七個階段的單細胞轉錄體。轉錄狀態的多樣性隨著時間的推移而增加，並且可以在腫瘤和小鼠之間複製。癌細胞逐漸採用交替的譜系特徵，計算預測是通過一種常見的過渡的高可塑性細胞狀態（HPCS）介導的。因此，從小鼠腫瘤和人源性異種移植物中分離的HPCS細胞顯示出高分化和增殖能力。HPCS過程與人類癌症的低生存率相關，並在小鼠體內顯示出化療耐藥性。我們的研究揭示了一個支持腫瘤內異質性的中心原則，並促進了HPCS的治療靶向性。
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英文題目：Lineage tracing meets single-cell omics: opportunities and challenges
中文題目：譜系追蹤與單細胞組學：機遇與挑戰
發表時間：2020-07-21
發表雜誌：Nature Reviews Genetics
影響因子：33.133
DOI：10.1038/s41576-020-0223-2
摘要：發育幹細胞生物學的一個基本目標是繪製分化細胞類型的發育過程(個體發育)圖。高通量單細胞測序技術的最新進展使構建成人組織的全面轉錄圖譜和通過測量多達數百萬個單個細胞來發育胚胎成為可能。基於測序的譜系追蹤方法的平行進展現在促進了克隆關係在這些景觀上的映射，並使分子和有絲分裂歷史之間的詳細比較成為可能。在這裡，我們回顧了最近的進展和挑戰，以及當這兩種互補的細胞歷史表示被合成到細胞分化的綜合模型中時出現的機會。
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英文題目：Epigenomic State Transitions Characterize Tumor Progression in Mouse Lung Adenocarcinoma
中文題目：表觀基因組狀態轉變表徵小鼠肺腺癌的腫瘤進展
發表時間：2020-07-07
發表雜誌：Cancer Cell
影響因子：26.602
DOI：10.1016/j.ccell.2020.06.006
摘要：維持功能性、分化細胞狀態的調控網絡在腫瘤發展過程中往往是不受調控的。在這裡，我們使用單細胞表觀基因組學來描述肺腺癌(LUAD)小鼠模型中染色質狀態的轉變。我們確定了一個表觀基因組連續體，代表細胞特性的喪失和向轉移狀態的進展。我們定義了共同可達的調節程序，並推斷出這些細胞狀態的關鍵的激活和抑制染色質調節因子。在這些共可及性計劃中，我們確定了一個轉移前過渡，其特徵是激活RUNX轉錄因子，它介導細胞外基質重塑以促進轉移，並預測人類LUAD患者的存活率。綜上所述，這些結果證明了單細胞表觀基因組學在識別調節程序以揭示腫瘤進展的機制和關鍵生物標記物方面的力量。
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英文題目：Single cell analyses and machine learning define hematopoietic progenitor and HSC-like cells derived from human PSCs
中文題目：單細胞分析和機器學習定義了源自人PSCs的造血祖細胞和HSC樣細胞
發表時間：2020-7-2
發表雜誌：Blood
影響因子：17.543
DOI:10.1182/blood.2020006229
摘要：造血幹細胞和祖細胞（hspc）在胚胎發育過程中，在不同的解剖部位通過不同的路徑來發育。人多能幹細胞（hPSCs）的體外分化能夠重現其中的一些過程，然而，已經證明很難產生功能性造血幹細胞（HSCs）。為了明確hPSCs體外產生HSPCs的動態性和異質性，我們利用單細胞RNA測序（scRNAseq）和單細胞蛋白表達分析相結合的方法。生物信息學分析和功能驗證確定了原始祖細胞、紅系祖細胞、巨核細胞和白細胞系祖細胞的轉錄組，我們分別鑑定了CD44、CD326、ICAM2/CD9和CD18作為這些祖細胞的標記物。利用人工神經網絡（ANN），我們訓練了一個來自人胎肝的scRNAseq，我們能夠識別出一系列hPSCs衍生的HPSC表型，包括一個被歸類為HSCs的小群體。這種短暫的類HSC的群體隨著分化的進行而減少，並且在使用基於cd43表達的細胞生成的數據集中完全缺失。通過比較體外培養的HSC樣細胞和胎肝內HSC樣細胞的單細胞轉錄組，我們確定了將來可以開發的轉錄因子和分子途徑來提高HSCs外生產能力。
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英文題目：Single-cell transcriptome profiling reveals neutrophil heterogeneity in homeostasis and infection
中文題目：單細胞轉錄組分析顯示在穩態和感染中中性粒細胞的異質性
發表時間：2020-7-27
發表雜誌：Nature Immunology
影響因子：20.479
DOI: 10.1038/s41590-020-0736-z
摘要：完全的中性粒細胞異質性和分化圖譜仍然沒有完全的特徵。在這裡，我們使用單細胞RNA測序對> 25000分化和成熟的小鼠中性粒細胞進行了分析，以提供中性粒細胞在穩定狀態和細菌感染期間成熟、功能和命運決定的全面轉錄圖。8個中性粒細胞群體通過不同的分子標記被定義。三種成熟的外周血中性粒細胞亞群起源於不同的成熟骨髓中性粒細胞亞群。在已知和未知轉錄因子的驅動下，中性粒細胞在穿越轉錄圖譜時逐漸獲得殺微生物能力，這代表了一種進化的機制，對有效而平衡的中性粒細胞反應進行了精細調節。細菌感染重組了中性粒細胞群體的遺傳結構，改變了亞群體之間的動態過渡，並在不影響整體異質性的情況下促進了中性粒細胞的功能增強。總之，這些數據為研究中性粒細胞相關疾病的機制、生物標誌物和單細胞解析度的治療靶點建立了參考模型和總體框架。
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英文題目：Investigating higher-order interactions in single-cell data with scHOT
中文題目：利用scHOT研究單細胞數據中的高階交互作用
發表時間：2020-07-13
發表雜誌：Nature methods
影響因子：30.822
DOI：10.1038/s41592-020-0885-x
摘要：單細胞基因組學使我們有能力去檢測細胞的命運選擇。通過計算順序的「擬時分析」檢測細胞，有可能在關鍵基因之間的變異和共變異中找出細微變化。我們描述了scHOT單細胞高階測試這種方法，它為識別基因間高階相互作用中的變化提供了一個靈活且統計穩健的框架。scHOT可以應用於沿連續軌跡或跨越空間的細胞，並適應各種更高階的測量，包括可變性或相關性。我們通過研究小鼠肝臟胚胎發育過程中高階相互作用的協調變化來演示scHOT的使用。此外，scHOT 利用來自小鼠嗅球的空間分辨轉錄組數據，確定了跨空間基因之間相關性的細微變化。scHOT對一階差異表達測試進行了有意義的補充，並提供了一個使用單細胞數據來聯繫高階相互作用的框架。
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英文題目：Tools for the analysis of high-dimensional single-cell RNA sequencing data
中文題目：高維單細胞RNA測序的數據分析工具
發表時間：2020-07
發表雜誌：Nature reviews. Nephrology
影響因子：20.711
DOI：10.1038/s41581-020-0262-0
摘要：在單細胞水平上分析轉錄組的高通量技術的發展有助於生物學家了解細胞群體、疾病狀態和發育譜系的異質性。然而，這些單細胞RNA測序（scRNA-seq）技術產生了大量的數據，這給分析和解釋帶來了挑戰。此外，scRNA-seq數據集通常包含技術噪聲源，這是由於RNA捕獲不完全、PCR擴增偏差或患者、樣本特有的批次效應。如果不加以處理，這種技術噪音可能會使數據的分析和解釋產生偏差。為了應對這些挑戰，已經開發了一套計算工具來處理、分析和可視化scRNA-seq數據集。儘管任何給定的scRNA-seq分析的具體步驟可能會因所研究的生物學問題而有所不同，但大多數分析都有核心的工作流程。通常，原始測序數據會加工成基因表達矩陣，然後作歸一化和標準化以消除技術噪音。接下來，根據基因表達相似性對細胞進行分組，這些相似性可以歸納為二維或三維，以便在散點圖上進行可視化。然後，這些數據可以進一步分析，以提供有關樣本中細胞類型或發育軌跡的深入研究。
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英文題目：Cumulus provides cloud-based data analysis for large-scale single-cell and single-nucleus RNA-seq
中文題目：「積雲」為大規模單細胞和單細胞核RNA測序提供了基於雲的數據分析
發表時間：2020-07-27
發表雜誌：Nature methods
影響因子：30.822
DOI：10.1038/s41592-020-0905-x
摘要：大規模平行的單細胞和單核RNA測序（sc/snRNA-seq）為健康和疾病的系統組織圖譜開闢了道路，但隨著數據生成規模的增長，對用於大規模分析的計算流程的需求也隨之增加。研究者開發了一個基於雲的框架--積雲(Cumulus)，用於分析大規模sc/snRNA序列數據集。積雲將雲計算的強大功能與算法實現的改進相結合，以實現高可伸縮性、低成本、用戶友好性和對一整套功能的集成支持。我們在人類細胞圖譜的骨髓細胞免疫細胞普查數據集上對積雲進行了基準測試，並表明它大大提高了傳統框架的效率，同時保持或提高結果質量，使大規模研究成為可能。
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英文題目：Potent Neutralizing Antibodies against SARS-CoV-2 Identified by High-Throughput Single-Cell Sequencing of Convalescent Patients' B Cells
中文題目：恢復期患者B細胞高通量單細胞測序鑑定抗SARS-CoV-2的中和抗體
發表時間：2020-07-09
發表雜誌：Cell
影響因子：38.637
DOI：10.1016/j.cell.2020.05.025
摘要：新冠肺炎COVID-19大流行迫切需要治療和預防幹預。在這裡，我們報導了通過高通量單細胞RNA和VDJ測序快速鑑定60名恢復期患者的抗原富集的B細胞的SARS-CoV-2中和抗體。從8,558個抗原結合IgG1+的克隆型中鑑定出14個有效的中和抗體，其中最強的一個是BD-368-2，對假型和正品SARS-CoV-2的IC50值分別為1.2和15 ng/mL。BD-368-2對感染SARS-CoV-2的hACE2轉基因小鼠也有較強的治療和預防作用。此外，中和抗體與尖峰-胞外結構域三聚體複合物的3.8äcryo-EM結構顯示抗體的表位與ACE2結合位點重疊。而且，我們還證明了根據預測的CDR3H結構與SARS-CoV-2中和抗體的CDR3H結構的相似性，可以直接選擇SARS-CoV-2中和抗體。綜上所述，我們表明，通過高通量單B細胞測序可以有效地發現人類中和抗體，以應對大流行傳染病。
23
英文題目：A Human Skeletal Muscle Atlas Identifies the Trajectories of Stem and Progenitor Cells across Development and from Human Pluripotent Stem Cells
中文題目：人類骨骼肌圖譜確定了幹細胞和祖細胞在發育過程中和人類多能幹細胞之間的軌跡
發表時間：2020-07-02
發表雜誌：Cell Stem Cell
影響因子：20.86
DOI：10.1016/j.stem.2020.04.017
摘要：人類骨骼肌發生的發展軌跡以及祖細胞和幹細胞狀態之間的轉換尚不清楚。我們使用單細胞RNA測序來描述胚胎、胎兒和出生後階段的人類骨骼肌組織。經由電腦模擬，我們鑑定了肌源性細胞和其他細胞類型，並構建了人類骨骼肌個體發育的「路線圖」。以類似的方式，我們還描述了由多個人類多能幹細胞(HPSC)肌源性分化方案產生的異質細胞培養，並將hPSC來源的肌源性祖細胞映射到胚胎到胎兒的過渡期。我們發現了不同的豐富的生物學過程，並發現共同調控的基因網絡和轉錄因子存在於不同的肌發生階段。這項工作為我們提高對人類肌肉發生的認識提供了資源。它還為更好地理解hPSC來源的肌源性祖細胞在骨骼肌再生醫學中的轉化醫學應用提供了一個工具。
24
英文題目：Signalling input from divergent pathways subverts B cell transformation
中文題目：相異分支的信號輸入會破壞B細胞的轉化
發表時間：2020-7-22
發表雜誌：Nature
影響因子：42.778
DOI: 10.1038/s41586-020-2513-4
摘要：細胞的惡性轉化通常包括幾個基因病變，它們的聯合活動會導致癌症。 在這裡，我們分析了1,148例病源性B細胞白血病(B-ALL)的樣本，發現了單個突變不會促進白血病發生，除非它們匯聚在一個單一的致癌途徑上，這是轉化B細胞分化階段的特徵。 與該中心致癌驅動程序不一致的突變會激活相異分支並破壞轉化。致癌病變在B-ALL中常常模擬細胞因子受體在前b細胞階段(通過激活信號轉導蛋白STAT5)或更成熟細胞的前b細胞受體(通過激活蛋白激酶ERK)發出的信號。STAT5-和ERK-激活病變經常多見，但同時發生的佔3%左右(P = 2.2×10-16)。單細胞突變和磷酸化蛋白分析顯示競爭克隆的致癌STAT5和ERK激活分離。STAT5和ERK分別參與由轉錄因子MYC和BCL6編排的相反的生化和轉錄程序。發散(抑制)途徑的基因重新激活以犧牲主要致癌驅動因素為代價，並逆轉轉化。相反，不同途徑成分的缺失會加速白血病的發生。因此，不同信號分支的持續存在代表了轉化的強大障礙，而集中在一個主要驅動因素上定義了白血病啟動的中心事件。抑制的發散迴路的藥理再激活與主要致癌驅動因素的抑制有很強的協同作用。因此，相異分支的重新激活可以作為一種以前未被認識到的策略來增強治療效果反應。
25
英文題目：Single-cell lineage analysis reveals genetic and epigenetic interplay in glioblastoma drug resistance
中文題目：單細胞譜系分析揭示基因組和表觀組在膠質母細胞瘤耐藥中的相互作用
發表時間：2020-7-15
發表雜誌：Genome Biology
影響因子：10.806
DOI: 10.1186/s13059-020-02085-1
摘要：
背景： 腫瘤可以通過獲得短暫或穩定的基因組和表觀組改變來進化和適應治療壓力。要準確理解這些事件如何促進腫瘤內的異質性、動態亞群和總體的腫瘤適合性，將需要實驗方法在單細胞水平上前瞻性地標記、追蹤和表徵耐藥或適應性群體。在膠質母細胞瘤中，受體酪氨酸激酶(RTK)治療效果差的原因有兩種，一種是遺傳異質性，另一種是避開信號阻斷的表觀遺傳轉變。
成果：我們結合細胞譜系條形碼和單細胞轉錄組，追蹤RTK抑制劑處理的幹樣膠質母細胞瘤細胞中出現的耐藥性。各種各樣的條形碼家系採用依賴於Notch的持久表型來維持通過早期藥物暴露，而罕見的亞克隆獲得的基因變化使它們能夠隨著時間的推移快速生長。單細胞分析表明，這些遺傳亞克隆獲得了胰島素受體底物-1和底物-2(IRS1或IRS2)位點的拷貝數擴增，這兩個位點激活了胰島素和AKT信號程序。在原發性膠質母細胞瘤中，IRS2和其他位點的持久細胞和基因組擴增很明顯，這可能是這種疾病靶向治療無效的原因。
結論：一種結合譜系追蹤和scRNA-seq的方法揭示了在異質性膠質母細胞瘤腫瘤模型中互補遺傳和表觀遺傳耐藥機制之間的相互作用。
關鍵詞：表觀遺傳學；遺傳學；膠質瘤幹細胞；胰島素受體底物/IRS；譜系追蹤；單細胞RNA序列；治療耐藥性；腫瘤異質性。
26
英文題目：Cell atlas of the foetal human heart and implications for autoimmune-mediated congenital heart block
中文題目：胎兒心臟細胞圖譜及自身免疫介導的先天性心臟傳導阻滯
發表時間：2020-07-01
發表雜誌：Cardiovascular Research
影響因子：8.168
DOI：10.1093/cvr/cvz257
摘要：
目的：如果沒有正常功能所需細胞類型的分子特徵，研究人類心臟發育並將其應用於導致疾病的偏差是不完整的。我們研究了來自妊娠中期健康和抗SSA/Ro相關先天性心臟傳導阻滯（CHB）的胎兒人心臟單細胞轉錄組。
方法和結果：使用Langendorff製劑對三個健康胎兒心臟（妊娠19周至22周）和一個受自身免疫相關CHB影響的胎兒心臟（妊娠21周）進行酶分離，獲得單細胞懸浮液，然後進行10×基因組學和Illumina單細胞RNA測序（scRNA-seq）除了心肌細胞、成纖維細胞、免疫細胞和其他小細胞類型外，在人類心臟中還發現了以前未被特徵化的內皮細胞亞群。差異基因表達分析顯示，和健康對照組相比，CHB心臟不同類型細胞的幹擾素反應增加且不均勻。此外，我們還鑑定了在CHB基質細胞中富集的基質體轉錄物，這些轉錄物可能導致細胞外基質沉積和隨後的纖維化。
結論：這些數據為我們進一步了解人類心臟發育提供了豐富的信息資源，與暴露於母體自身免疫環境的心臟相比，這些數據可用於深入了解疾病的發病機制。
27
英文題目：Memory Sequencing Reveals Heritable Single-Cell Gene Expression Programs Associated with Distinct Cellular Behaviors
中文題目：記憶測序揭示了與不同細胞行為相關的可遺傳單細胞基因表達程序
發表時間：2020-07-26
發表雜誌：Cell
影響因子：38.637
DOI：10.1016/j.cell.2020.07.003
摘要：非遺傳因素可以導致單個細胞的基因表達水平隨時間而大幅波動。目前尚不清楚這些波動是否能持續比一個細胞分裂的時間長得多。目前測量單細胞基因表達的方法大多依賴於單時間點的測量，使得基因表達波動的持續時間或細胞記憶難以測量。在這裡，我們結合Luria和Delbrück’s的波動分析和基於群體的RNA測序（MemorySeq）來識別轉錄組範圍內的基因，這些基因的波動持續了幾個階段。MemorySeq揭示了在其他同質克隆群體中罕見細胞中共同表達的多個基因模塊。這些罕見的細胞亞群與生物學上不同的行為有關，比如在抗癌治療中的增殖。對非遺傳、多代波動的識別可以揭示單細胞生物記憶的新形式，並表明細胞狀態的非遺傳遺傳力可能是一種數量特性。
28
英文題目：Single-cell lineage analysis reveals genetic and epigenetic interplay in glioblastoma drug resistance
中文題目：單細胞系分析揭示膠質母細胞瘤耐藥的基因組和表觀組相互作用
發表時間：2020-7-15
發表雜誌：Genome Biology
影響因子：10.806
DOI：10.1186/s13059-020-02085-1
摘要：
背景：腫瘤可以通過獲得短暫或穩定的基因組和表觀組改變來進化和適應治療壓力。要準確了解這些事件如何促進腫瘤內異質性、動態亞群和整體腫瘤適應度，需要實驗方法在單細胞水平上前瞻性地標記、跟蹤和描述耐藥或其他適應性人群。在膠質母細胞瘤中，受體酪氨酸激酶（RTK）療法的療效不佳被認為是遺傳異質性或繞過信號傳導阻滯的表觀遺傳轉變。
結果：我們結合細胞系條形碼和單細胞轉錄組學來追蹤RTK抑制劑治療的幹細胞樣膠質母細胞瘤的耐藥情況。儘管廣泛的條形碼譜系採用缺口依賴的持久性表型，通過早期藥物暴露維持它們，但很少的亞克隆獲得基因改變，使它們能夠隨著時間的推移迅速增長。單細胞分析顯示，這些遺傳亞克隆獲得胰島素受體底物1和底物2（IRS1或IRS2）基因座的拷貝數擴增，這些位點激活胰島素和AKT信號程序。在原發性膠質母細胞瘤中，持續性細胞和IRS2及其他基因座的基因組擴增是明顯的，這可能是該病靶向治療無效的基礎。
結論：一種結合譜系追蹤和scRNA-seq的方法揭示了異質性膠質母細胞瘤腫瘤模型中互補遺傳和表觀遺傳耐藥機制之間的相互作用。
關鍵詞：表觀遺傳學；膠質瘤幹細胞；胰島素受體底物/IRS；譜系追蹤；單細胞RNA序列；抗藥性；腫瘤異質性。
IF大於9分的重點文章
序號
雜誌
IF
英文題目
中文題目
1
Lancet
60.392
Predicting erenumab adverse events with single-cell genomics
應用單細胞基因組學預測erenumab的不良反應
2
Nat Rev Cancer
53.03
The dormant cancer cell life cycle
處於休眠狀態的癌細胞生命周期
3
Nature
42.778
A single-cell transcriptomic atlas characterizes ageing tissues in the mouse
單細胞轉錄圖譜描述了小鼠衰老組織的特徵。
4
Nature
42.778
Ageing hallmarks exhibit organ-specific temporal signatures
衰老特徵顯示器官特異性的時間標誌物
5
Nature
42.778
Distinct subnetworks of the thalamic reticular nucleus
丘腦網狀核的不同亞網絡
6
Nature
42.778
Epigenetic regulator function through mouse gastrulation
小鼠原腸胚形成的表觀遺傳調節功能
7
Nature
42.778
Mechanisms of stretch-mediated skin expansion at single-cell resolution
單細胞解析度下拉伸介導的皮膚擴張機制
8
Nature
42.778
Pervasive lesion segregation shapes cancer genome evolution
普遍的病變分離塑造癌症基因組進化
9
Nature
42.778
Signalling input from divergent pathways subverts B cell transformation
不同信號通路的輸入破壞了B細胞轉化
10
Nature
42.778
Single-cell lineage tracing unveils a role for TCF15 in haematopoiesis
單細胞譜系追蹤揭示了 TCF15在造血中的作用
11
Nature
42.778
The changing mouse embryo transcriptome at whole tissue and single-cell resolution
小鼠胚胎轉錄組在全組織和單細胞解析度上的變化
12
Science
41.845
A programmable fate decision landscape underlies single-cell aging in yeast
酵母中單細胞老化的可編程命運決定圖譜
13
Science
41.845
Cancer cells deploy lipocalin-2 to collect limiting iron in leptomeningeal metastasis
癌細胞利用lipocalin-2在軟腦膜轉移中收集限制性鐵
14
Science
41.845
Human CNS barrier-forming organoids with cerebrospinal fluid production
人中樞神經系統屏障形成類器官與腦脊液生成
15
Science
41.845
Human fetal microglia acquire homeostatic immune-sensing properties early in development
人胎兒小膠質細胞在發育早期獲得穩態免疫感應特性
16
Cell
38.637
Memory Sequencing Reveals Heritable Single-Cell Gene Expression Programs Associated with Distinct Cellular Behaviors
記憶測序揭示與不同細胞行為相關的可遺傳單細胞基因表達程序
17
Cell
38.637
Microglia Require CD4 T Cells to Complete the Fetal-to-Adult Transition
小膠質細胞需要CD4 T細胞來完成胎兒到成人的轉變
18
Cell
38.637
Multimodal Analysis of Composition and Spatial Architecture in Human Squamous Cell Carcinoma
人鱗狀細胞癌成分和空間結構的多模態分析
19
Cell
38.637
Pathogenic Mechanisms of Somatic Mutation and Genome Mosaicism in Aging
衰老過程中體細胞突變和基因組嵌合體的致病機制
20
Cell
38.637
Potent Neutralizing Antibodies against SARS-CoV-2 Identified by High-Throughput Single-Cell Sequencing of Convalescent Patients' B Cells
通過對恢復期患者B細胞的高通量單細胞測序鑑定抗SARS-CoV-2的強中和抗體
21
Cell
38.637
Self-Reporting Transposons Enable SimultaneousReadout of Gene Expression and Transcription Factor Binding in Single Cells
自我報告轉座子能夠同時讀出單細胞中的基因表達和轉錄因子結合
22
Nat Biotechnol
36.558
Cell type prioritization in single-cell data
細胞類型在單細胞數據中的優化
23
Nat Med
36.13
A single-cell atlas of the peripheral immune response in patients with severe COVID-19
重症新冠肺炎患者COVID-19外周免疫反應的單細胞圖譜
24
Nat Rev Genet
33.133
Lineage tracing meets single-cell omics: opportunities and challenges
譜系追蹤與單細胞組學：機遇與挑戰
25
Nat Methods
30.822
Cumulus provides cloud-based data analysis for large-scale single-cell and single-nucleus RNA-seq
Cumulus為大規模單細胞和單核RNA-seq提供基於雲的數據分析
26
Nat Methods
30.822
Improving single-cell RNA counting
單細胞RNA計數方法的改進
27
Nat Methods
30.822
Investigating higher-order interactions in single-cell data with scHOT
使用scHOT研究單細胞數據中的更高指令交流
28
Nat Methods
30.822
ZipSeq: barcoding for real-time mapping of single cell transcriptomes
ZipSeq：用於單細胞轉錄組實時映射的barcoding
29
Cancer Discov
29.497
Tumor Microenvironment Is Critical for the Maintenance of Cellular States Found in Primary Glioblastomas
腫瘤微環境對於原發性膠質母細胞瘤中細胞狀態的維持至關重要
30
Cancer Discov
29.497
Utility of Human-Derived Models for Glioblastoma
人源性膠質母細胞瘤模型的應用
31
Nat Genet
27.603
Imprecise DNMT1 activity coupled with neighbor-guided correction enables robust yet flexible epigenetic inheritance
不精確的DNMT1活性與鄰居引導的校正相結合，可以實現穩健而靈活的表觀遺傳基因組
32
Nat Genet
27.603
Single-cell analysis of clonal maintenance of transcriptional and epigenetic states in cancer cells
癌細胞表觀組和基因組狀態克隆維持的單細胞分析
33
Cancer Cell
26.602
Cytotoxic CD4(+) T Cells in Bladder Cancer-A New License to Kill
膀胱癌中的細胞毒性CD4(+)T細胞--一種新的殺滅許可證
34
Cancer Cell
26.602
Emergence of a High-Plasticity Cell State during Lung Cancer Evolution
肺癌演變過程中高可塑性細胞狀態的發生
35
Cancer Cell
26.602
Epigenomic State Transitions Characterize Tumor Progression in Mouse Lung Adenocarcinoma
表觀基因組狀態轉變表徵小鼠肺腺癌的腫瘤進展
36
Cancer Cell
26.602
MYC Drives Temporal Evolution of Small Cell Lung Cancer Subtypes by Reprogramming Neuroendocrine Fate
MYC通過重新編程神經內分泌推動小細胞肺癌亞型的時間演示
37
Cancer Cell
26.602
Single-Cell Analyses in the Multi-omics Era
多組學時代的單細胞分析
38
Cancer Cell
26.602
Single-Cell RNA-Seq Reveals Cellular Hierarchies and Impaired Developmental Trajectories in Pediatric Ependymoma
單細胞RNA測序揭示小兒室管膜瘤的細胞層次結構和受損的發育軌跡
39
Cancer Cell
26.602
Sub-group, Sub-type, and Cell-type Heterogeneity of Ependymoma
室管膜瘤的亞群、亞型、細胞型的異質性
40
Circulation
23.603
Pathogenic Autoimmunity in Atherosclerosis Evolves from Initially Protective ApoB-Reactive CD4(+) T-Regulatory Cells
動脈粥樣硬化中的致病性自身免疫從最初的保護性ApoB響應CD4（+）T調節細胞演變而來
41
Circulation
23.603
Single-Cell RNA Sequencing to Dissect the Immunological Network of Autoimmune Myocarditis
單細胞RNA測序分析自身免疫性心肌炎的免疫網絡
42
Circulation
23.603
The Stem Cell Pluripotency Genes Klf4 and Oct4 Regulate Complex SMC Phenotypic Changes Critical in Late-Stage Atherosclerotic Lesion Pathogenesis
幹細胞多能性基因Klf4和Oct4調節複雜的平滑肌細胞表型變化，在動脈粥樣硬化的晚期病變中起關鍵作用
43
Immunity
22.553
An Integrated Multi-omic Single-Cell Atlas of Human B Cell Identity
人類B細胞多組分單細胞圖譜的建立
44
Immunity
22.553
Complex Autoinflammatory Syndrome Unveils Fundamental Principles of JAK1 Kinase Transcriptional and Biochemical Function
複雜的自體炎症症候群揭示了JAK1激酶轉錄和生化功能的基本原理
45
Immunity
22.553
Differential IRF8 Transcription Factor Requirement Defines Two Pathways of Dendritic Cell Development in Humans
不同的IRF8轉錄因子需求決定了人類樹突狀細胞發育的兩條途徑
46
Cell Stem Cell
20.86
A Human Skeletal Muscle Atlas Identifies the Trajectories of Stem and Progenitor Cells across Development and from Human Pluripotent Stem Cells
人類骨骼肌圖譜確定了幹細胞和祖細胞在整個發育過程中的軌跡，以及來自人類多能幹細胞的軌跡
47
Cell Stem Cell
20.86
Cell-by-Cell Deconstruction of Stem Cell Niches
幹細胞龕的逐細胞解構
48
Cell Stem Cell
20.86
Inflammatory Signals Induce AT2 Cell-Derived Damage-Associated Transient Progenitors that Mediate Alveolar Regeneration
炎症信號誘導AT2細胞源性損傷相關的短暫性祖細胞介導肺泡再生
49
Acc Chem Res
20.832
Magnetic Ranking Cytometry: Profiling Rare Cells at the Single-Cell Level
磁排序細胞術：在單細胞水平上分析稀有細胞
50
Nat Rev Nephrol
20.711
Tools for the analysis of high-dimensional single-cell RNA sequencing data
高維單細胞RNA測序數據分析工具
51
J Hepatol
20.582
Integrative molecular profiling of autoreactive CD4 T cells in autoimmune hepatitis
自身免疫性肝炎自身反應性CD4 T細胞的綜合分子分析
52
Cell Res
20.507
Comparative analysis of cell lineage differentiation during hepatogenesis in humans and mice at the single-cell transcriptome level
人和小鼠肝發生過程中細胞譜系分化的單細胞轉錄組水平比較分析
53
Cell Res
20.507
Single-cell transcriptomics reveals regulators underlying immune cell diversity and immune subtypes associated with prognosis in nasopharyngeal carcinoma
單細胞轉錄組學揭示了與鼻咽癌預後相關的免疫細胞多樣性和免疫亞型的潛在調控因子
54
Cell Res
20.507
Transdifferentiation of tumor infiltrating innate lymphoid cells during progression of colorectal cancer
大腸癌進展過程中腫瘤浸潤的固有淋巴樣細胞的轉分化
55
Nat Immunol
20.479
Novel Hexb-based tools for studying microglia in the CNS
用於研究中樞神經系統小膠質細胞的基於Hexb的新工具
56
Nat Immunol
20.479
Single-cell transcriptome profiling reveals neutrophil heterogeneity in homeostasis and infection
單細胞轉錄組譜分析揭示中性粒細胞在穩態和感染中的異質性
57
Nat Immunol
20.479
The activation trajectory of plasmacytoid dendritic cells in vivo during a viral infection
病毒感染期間體內漿細胞樣樹突狀細胞的激活軌跡
58
Nat Cell Biol
20.042
Dissecting intratumour heterogeneity of nodal B-cell lymphomas at the transcriptional, genetic and drug-response levels
淋巴結B細胞淋巴瘤在轉錄、遺傳和藥物反應水平上的腫瘤內異質性分析
59
Nat Cell Biol
20.042
Persistence of a regeneration-associated, transitional alveolar epithelial cell state in pulmonary fibrosis
肺纖維化中再生相關的移行性肺泡上皮細胞狀態的持續性
60
Gut
19.819
Genomic and transcriptomic profiling of carcinogenesis in patients with familial adenomatous polyposis
家族性腺瘤性息肉病患者致癌作用的基因組和轉錄組分析
61
Nat Phys
19.256
The role of single cell mechanical behavior and polarity in driving collective cell migration
單細胞機械行為和極性在驅動集體細胞遷移中的作用
62
Nat Biomed Eng
18.952
Tracking the expression of therapeutic protein targets in rare cells by antibody-mediated nanoparticle labelling and magnetic sorting
通過抗體介導的納米顆粒標記和磁性分選跟蹤治療性蛋白靶點在稀有細胞中的表達
63
Blood
17.543
Single cell analyses and machine learning define hematopoietic progenitor and HSC-like cells derived from human PSCs
單細胞分析和機器學習定義了源自人類PSC的造血祖細胞和HSC樣細胞
64
Blood
17.543
Single-cell genomics reveals the genetic and molecular bases for escape from mutational epistasis in myeloid neoplasms
單細胞基因組學揭示了髓系腫瘤逃避突變上位性的遺傳和分子基礎
65
Am J Respir Crit Care Med
17.452
A Single-cell Atlas of the Human Healthy Airways
人體健康氣道單細胞圖譜
66
Am J Respir Crit Care Med
17.452
Chemokine Receptor 2-targeted Molecular Imaging in Pulmonary Fibrosis
肺纖維化中趨化因子受體2靶向分子成像
67
Am J Respir Crit Care Med
17.452
Expression of the SARS-CoV-2 ACE2 Receptor in the Human Airway Epithelium
SARS-CoV-2 ACE2受體在人體氣道上皮中的表達
68
Am J Respir Crit Care Med
17.452
Single Cell Reconstruction of Human Basal Cell Diversity in Normal and IPF Lung
正常人和IPF肺基底細胞多樣性的單細胞重建
69
Am J Respir Crit Care Med
17.452
Single-cell RNA Expression Profiling of ACE2, The Receptor of SARS-CoV-2
SARS-CoV-2受體ACE2的單細胞RNA表達譜分析
70
Am J Respir Crit Care Med
17.452
Spelunking in Sputum: Single Cell RNA Sequencing Sheds New Insights into Cystic Fibrosis
痰的探索：單細胞RNA測序為囊性纖維化提供了新見識
71
Gastroenterology
17.373
Combination of PD-1 Inhibitor and OX40 Agonist Induces Tumor Rejection and Immune Memory in Mouse Models of Pancreatic Cancer
PD-1抑制劑與OX40激動劑聯合誘導胰腺癌小鼠模型的腫瘤排斥反應和免疫記憶
72
Gastroenterology
17.373
Increased Production of LIGHT by T Cells in Eosinophilic Esophagitis Promotes Differentiation of Esophageal Fibroblasts Toward an Inflammatory Phenotype
嗜酸性食管炎中T細胞產生的LIGHT增多，促進了食管成纖維細胞向炎性表型的分化。
73
Ann Rheum Dis
16.102
Quantitative planar array screen of 1000 proteins uncovers novel urinary protein biomarkers of lupus nephritis
1000種蛋白質的定量平面陣列篩選揭示了狼瘡性腎炎的新型尿蛋白生物標誌物
74
J Am Chem Soc
14.612
Counteranions in the Stimulation Solution Alter the Dynamics of Exocytosis Consistent with the Hofmeister Series
刺激液中的反陰離子改變了符合Hofmeister級數的胞吐作用動力學
75
J Am Chem Soc
14.612
DNA-Based Nanostructures for Live-Cell Analysis
用於活細胞分析的基於DNA的納米結構
76
ACS Nano
14.588
Hybrid Electro-Plasmonic Neural Stimulation with Visible-Light-Sensitive Gold Nanoparticles
可見光敏感金納米粒子複合電等離子體神經刺激
77
Circ Res
14.467
Impact of Local Allo-Immunity and Recipient Cells in Transplant Arteriosclerosis
局部同種免疫和受體細胞在移植性動脈硬化中的影響
78
Circ Res
14.467
Meta-Analysis of Leukocyte Diversity in Atherosclerotic Mouse Aortas
動脈粥樣硬化小鼠主動脈中白細胞多樣性的Meta分析
79
Circ Res
14.467
Regulatory T Cells License Macrophage Pro-Resolving Functions During Atherosclerosis Regression
動脈粥樣硬化消退過程中調節性T細胞許可巨噬細胞的促分解功能
80
Neuron
14.415
Cell-Type Specificity of Genomic Imprinting in Cerebral Cortex
大腦皮層基因組印跡的細胞類型特異性
81
Neuron
14.415
Extraction of Distinct Neuronal Cell Types from within a Genetically Continuous Population
從遺傳連續的族群中提取不同神經元類型
82
Trends Microbiol
13.546
Challenges of Studying the Human Virome - Relevant Emerging Technologies
人類病毒相關新興技術研究的挑戰
83
Signal Transduct Target Ther
13.493
Single cell transcriptome revealed SARS-CoV-2 entry genes enriched in colon tissues and associated with coronavirus infection and cytokine production
單細胞轉錄組研究揭示SARS-CoV-2病毒參與結腸組織的基因富集以及冠狀病毒感染與細胞因子產生的關聯性
84
Sci Immunol
13.44
Immunophenotyping of COVID-19 and influenza highlights the role of type I interferons in development of severe COVID-19
重症COVID-19研究進展中Ⅰ型幹擾素在COVID-19和流行感冒的免疫分型中扮演著突出的作用
85
Trends Immunol
13.422
Understanding Normal and Malignant Human Hematopoiesis Using Next-Generation Humanized Mice
利用下一代人源化小鼠了解正常和惡性人類造血
86
JAMA Cardiol
12.794
Association of Clonal Hematopoiesis of Indeterminate Potential With Inflammatory Gene Expression in Patients With Severe Degenerative Aortic Valve Stenosis or Chronic Postischemic Heart Failure
嚴重退行性主動脈瓣狹窄患者不確定潛在的克隆造血和炎症基因表達的研究
87
Annu Rev Neurosci
12.547
3D Brain Organoids: Studying Brain Development and Disease Outside the Embryo
3D腦器官:研究胚胎外的大腦發育和疾病
88
Nat Ecol Evol
12.541
Adaptation to low parasite abundance affects immune investment and immunopathological responses of cavefish
對低寄生蟲豐度的適應影響腔魚的免疫投入和免疫病理反應
89
J Cachexia Sarcopenia Muscle
12.511
Age-related decline of interferon-gamma responses in macrophage impairs satellite cell proliferation and regeneration
巨噬細胞中年齡相關的幹擾素-伽馬反應的下降會損害衛星細胞的增殖和再生
90
J Cachexia Sarcopenia Muscle
12.511
Single-cell deconstruction of post-sepsis skeletal muscle and adipose tissue microenvironments
膿毒症後骨骼肌和脂肪組織微環境的單細胞解構
91
Mol Psychiatry
12.384
Loss of function of the mitochondrial peptidase PITRM1 induces proteotoxic stress and Alzheimer's disease-like pathology in human cerebral organoids
線粒體肽酶PITRM1功能喪失誘導蛋白毒性應激和類阿爾茨海默病樣病理改變
92
Nat Commun
12.121
A molecular map of murine lymph node blood vascular endothelium at single cell resolution
小鼠淋巴結血管內皮細胞單細胞分辨分子圖
93
Nat Commun
12.121
Accelerated single cell seeding in relapsed multiple myeloma
加速單細胞接種治療復發性多發性骨髓瘤
94
Nat Commun
12.121
Alveolar regeneration through a Krt8+ transitional stem cell state that persists in human lung fibrosis
持續存在於人肺纖維化的Krt8+過渡幹細胞狀態下的肺泡再生
95
Nat Commun
12.121
An OTX2-PAX3 signaling axis regulates Group 3 medulloblastoma cell fate
OTX2-PAX3信號軸調控第3組髓母細胞瘤細胞命運
96
Nat Commun
12.121
Emerging heterogeneous compartments by viruses in single bacterial cells
單個細菌細胞中病毒形成的異質性隔室
97
Nat Commun
12.121
Flexible experimental designs for valid single-cell RNA-sequencing experiments allowing batch effects correction
靈活的實驗設計，有效的單細胞RNA測序實驗允許批量效應校正
98
Nat Commun
12.121
Histone deacetylase 3 controls lung alveolar macrophage development and homeostasis
組蛋白去乙醯化酶3控制肺泡巨噬細胞的發育和穩態
99
Nat Commun
12.121
Murine models of IDH-wild-type glioblastoma exhibit spatial segregation of tumor initiation and manifestation during evolution
IDH野生型膠質母細胞瘤的小鼠模型顯示腫瘤發生和發展過程中的空間分離
100
Nat Commun
12.121
Polymer physics indicates chromatin folding variability across single-cells results from state degeneracy in phase separation
聚合物物理表明，單細胞染色質摺疊變化是由於相分離過程中的狀態退化造成的
101
Nat Commun
12.121
Searching large-scale scRNA-seq databases via unbiased cell embedding with Cell BLAST
通過無偏置細胞嵌入細胞母細胞來搜索大規模的scRNA-seq資料庫
102
Nat Commun
12.121
Single-cell RNA-seq reveals that glioblastoma recapitulates a normal neurodevelopmental hierarchy
單細胞RNA-seq顯示膠質母細胞瘤概括了一個正常的神經發育層次
103
Nat Commun
12.121
Single-cell transcriptomic analysis in a mouse model deciphers cell transition states in the multistep development of esophageal cancer
小鼠模型的單細胞轉錄組學分析揭示了食管癌多階段發展過程中的細胞過渡狀態
104
Nat Commun
12.121
Tumors induce de novo steroid biosynthesis in T cells to evade immunity
腫瘤誘導T細胞從頭合成類固醇以逃避免疫
105
Nat Commun
12.121
VoPo leverages cellular heterogeneity for predictive modeling of single-cell data
VoPo利用細胞異質性對單細胞數據進行預測建模
106
Nucleic Acids Res
11.501
Analyzing pre-symptomatic tissue to gain insights into the molecular and mechanistic origins of late-onset degenerative trinucleotide repeat disease
分析症狀前組織以深入了解遲發性退行性三核苷酸重複性疾病的分子和機制
107
Nucleic Acids Res
11.501
ASAP 2020 update: an open, scalable and interactive web-based portal for (single-cell) omics analyses
ASAP 2020更新：一個開放、可擴展和交互式的基於web的門戶（單細胞）OMIC分析
108
Nucleic Acids Res
11.501
BIOMEX: an interactive workflow for (single cell) omics data interpretation and visualization
BIOMEX：用於（單細胞）組學數據解釋和可視化的交互式工作流
109
Nucleic Acids Res
11.501
Combining single-cell RNA-sequencing with a molecular atlas unveils new markers for Caenorhabditis elegans neuron classes
單細胞RNA測序與分子圖譜相結合揭示了秀麗隱杆線蟲神經元類的新標記
110
Nucleic Acids Res
11.501
CReSCENT: CanceR Single Cell ExpressioN Toolkit
CReSCENT:癌症單細胞表達工具包
111
Nucleic Acids Res
11.501
Galaxy HiCExplorer 3: a web server for reproducible Hi-C, capture Hi-C and single-cell Hi-C data analysis, quality control and visualization
Galaxy HicExplorer3：一個用於可複製Hi-C、捕獲Hi-C和單細胞Hi-C數據分析、質量控制和可視化的web伺服器
112
Nucleic Acids Res
11.501
GeneTrail 3: advanced high-throughput enrichment analysis
GeneTrail 3：先進的高通量濃縮分析
113
Nucleic Acids Res
11.501
IRIS3: integrated cell-type-specific regulon inference server from single-cell RNA-Seq
IRIS3：來自單細胞RNA序列的整合細胞類型特異性調控子推理伺服器
114
Nucleic Acids Res
11.501
Matrix factorization and transfer learning uncover regulatory biology across multiple single-cell ATAC-seq data sets
矩陣分解和轉移學習揭示了多個單細胞ATAC-seq數據集的調控生物學
115
Nucleic Acids Res
11.501
OligoMinerApp: a web-server application for the design of genome-scale oligonucleotide in situ hybridization probes through the flexible OligoMiner environment
OligoMinerApp：通過靈活的OligoMiner環境設計基因組級寡核苷酸原位雜交探針的web伺服器應用程式
116
Nucleic Acids Res
11.501
Orthogonal tuning of gene expression noise using CRISPR-Cas
利用CRISPR-Cas正交調諧基因表達噪聲
117
Nucleic Acids Res
11.501
Toward a translationally independent RNA-based synthetic oscillator using deactivated CRISPR-Cas
利用失活的CRISPR-Cas研製一種不依賴平移rna的合成振蕩器
118
Nucleic Acids Res
11.501
Variance-adjusted Mahalanobis (VAM): a fast and accurate method for cell-specific gene set scoring
馬氏方差調整法(VAM):一種快速準確的細胞特異性基因集評分方法
119
Small
11.459
One Cell, One Drop, One Click: Hybrid Microfluidics for Mammalian Single Cell Isolation
單個細胞，單個液滴，單次點擊：用於哺乳動物單細胞分離的混合微流體
120
Small
11.459
Phenome-Genome Profiling of Single Bacterial Cell by Raman-Activated Gravity-Driven Encapsulation and Sequencing
通過拉曼激活重力驅動的封裝和測序的單細胞細菌的現象基因組分析
121
Nano Lett
11.238
Unraveling Cell-Type-Specific Targeted Delivery of Membrane-Camouflaged Nanoparticles with Plasmonic Imaging
闡明帶有等離子體成像的膜偽裝納米顆粒的細胞類型特異性靶向遞送
122
Nano Lett
11.238
Untethered Single Cell Grippers for Active Biopsy
用於主動活檢的無束縛單細胞夾持器
123
Genome Res
11.093
Parallel bimodal single-cell sequencing of transcriptome and chromatin accessibility
轉錄組和染色質可及性的平行雙峰單細胞測序
124
Trends Cancer
11.093
Turning Cold into Hot: Firing up the Tumor Microenvironment
從冷變熱：激發腫瘤微環境
125
J Hematol Oncol
11.059
Proteolysis targeting chimeras (PROTACs) are emerging therapeutics for hematologic malignancies
靶向嵌合體的蛋白水解（PROTACs）是血液系統惡性腫瘤的新興療法
126
Nat Rev Urol
11
Tracking prostate cancer development at the single-cell level
在單細胞水平上追蹤前列腺癌的發展
127
Genome Biol
10.806
Analysis of endothelial-to-haematopoietic transition at the single cell level identifies cell cycle regulation as a driver of differentiation
在單細胞水平上進行的從內皮細胞到造血細胞的轉化分析確定細胞周期調控是分化的驅動力
128
Genome Biol
10.806
Bayesian model selection reveals biological origins of zero inflation in single-cell transcriptomics
貝葉斯模型的選擇揭示了單細胞轉錄組學中零膨脹的生物學起源
129
Genome Biol
10.806
DISC: a highly scalable and accurate inference of gene expression and structure for single-cell transcriptomes using semi-supervised deep learning
DISC：使用半監督深度學習對單細胞轉錄組進行基因表達和結構的高度可擴展且準確的推斷
130
Genome Biol
10.806
GMM-Demux: sample demultiplexing, multiplet detection, experiment planning, and novel cell-type verification in single cell sequencing
GMM-Demux：單細胞測序中的樣品多路分解、多重檢測、實驗計劃和新型細胞類型驗證
131
Genome Biol
10.806
Quantile normalization of single-cell RNA-seq read counts without unique molecular identifiers
沒有唯一分子標識符的單細胞RNA測序讀數數量的分位數歸一化方法
132
Genome Biol
10.806
Sierra: discovery of differential transcript usage from polyA-captured single-cell RNA-seq data
Sierra：從polyA捕獲的單細胞RNA測序數據中發現差異轉錄本的用法
133
Genome Biol
10.806
Single-cell ATAC-seq signal extraction and enhancement with SCATE
使用SCATE進行單細胞ATAC-seq信號提取和增強
134
Genome Biol
10.806
Single-cell lineage analysis reveals genetic and epigenetic interplay in glioblastoma drug resistance
單細胞譜系分析揭示了膠質母細胞瘤耐藥性的遺傳和表觀遺傳的相互作用
135
Genome Biol
10.806
Single-cell RNA-seq analysis reveals ploidy-dependent and cell-specific transcriptome changes in Arabidopsis female gametophytes
單細胞RNA測序分析揭示擬南芥雌配子體中倍性依賴和細胞特異性轉錄組的變化
136
Biotechnol Adv
10.744
Library preparation for next generation sequencing: A review of automation strategies
下一代測序的文庫準備：自動化策略回顧
137
Cell Death Differ
10.717
Deep profiling of apoptotic pathways with mass cytometry identifies a synergistic drug combination for killing myeloma cells
用質譜分析法對凋亡通路進行的深入分析，確定了一種可殺死骨髓瘤細胞的協同藥物組合
138
Am J Hum Genet
10.502
Human iPSC Modeling Reveals Mutation-Specific Responses to Gene Therapy in a Genotypically Diverse Dominant Maculopathy
人類多能幹細胞建模揭示了在基因型多樣性顯性黃斑病變的基因治療中的突變特異性應答
139
Nat Protoc
10.419
A scalable SCENIC workflow for single-cell gene regulatory network analysis
一種用於單細胞基因調控網絡分析的可拓展SCENIC工作流程
140
Biosens Bioelectron
10.257
Quantifying bacterial spore germination by single-cell impedance cytometry for assessment of host microbiota susceptibility to Clostridioides difficile infection
通過單細胞阻抗細胞術對細菌孢子萌發的定量研究來評價宿主菌群對難感梭菌的敏感性
141
Protein Cell
10.164
Bi-FoRe: an efficient bidirectional knockin strategy to generate pairwise conditional alleles with fluorescent indicators
Bi-FoRe：一種高效的用於產生帶有螢光指示劑成對等位基因的雙向敲入策略
142
Protein Cell
10.164
Single-cell analysis reveals bronchoalveolar epithelial dysfunction in COVID-19 patients
單細胞分析揭示COVID-19患者的支氣管肺泡上皮功能異常
143
Dev Cell
10.092
Actin Polymerization and ESCRT Trigger Recruitment of the Fusogens Syntaxin-2 and EFF-1 to Promote Membrane Repair in C.elegans
秀麗線蟲中融合因子Syntaxin-2和EFF-1的肌動蛋白聚合和ESCRT誘導招募促進膜修復
144
Dev Cell
10.092
Single-Cell Transcriptomic Analyses of the Developing Meninges Reveal Meningeal Fibroblast Diversity and Function
發育中的腦膜的單細胞轉錄組分析揭示腦膜成纖維細胞的多樣性與功能
145
PNAS
9.504
A single-cell Raman-based platform to identify developmental stages of human pluripotent stem cell-derived neurons
基於單細胞拉曼光譜的人類多能幹細胞源性神經元發育階段鑑定平臺
146
PNAS
9.504
Circulating immune cell phenotype dynamics reflect the strength of tumor-immune cell interactions in patients during immunotherapy
循環免疫細胞的表型動態反映了腫瘤-免疫細胞在患者的免疫治療期間相互作用的強度
147
PNAS
9.504
Hedgehog-FGF signaling axis patterns anterior mesoderm during gastrulation
原腸形成過程中Hedgehog-FGF信號軸的前中胚層模式
148
PNAS
9.504
Prototypical pacemaker neurons interact with the resident microbiota
典型起搏神經元與常駐微生物群相互作用
149
PNAS
9.504
Reproductive outcomes predicted by phase imaging with computational specificity of spermatozoon ultrastructure
精子超微結構計算特異性相位成像預測生殖結局
150
PNAS
9.504
Sex differences in neutrophil biology modulate response to type I interferons and immunometabolism
中性粒細胞生物學的性別差異調節對Ⅰ型幹擾素和免疫代謝的反應
151
PNAS
9.504
Single-cell RNA-seq analysis revealed long-lasting adverse effects of tamoxifen on neurogenesis in prenatal and adult brains
單細胞RNA測序分析顯示他莫昔芬對產前和成年大腦神經產生的長期不良影響
152
PNAS
9.504
Stochastic bacterial population dynamics restrict the establishment of antibiotic resistance from single cells
隨機細菌種群動態限制了單細胞對抗生素耐藥性的建立
153
PNAS
9.504
Transcriptome profiling reveals signaling conditions dictating human spermatogonia fate in vitro
轉錄組分析揭示了指示體外人類精原細胞命運的信號條件
154
PNAS
9.504
Wide lag time distributions break a trade-off between reproduction and survival in bacteria
較寬的滯後時間分布打破了細菌繁殖與存活之間的平衡
（文章來源單細胞實驗室，僅限學習和交流，向作者致敬）
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