最常見的益生菌有乳酸菌和酵母菌。並不是所有的菌種都可以作為益生菌。一般而言，乳酸菌中作為益生菌的菌種主要是乳酸桿菌、雙歧桿菌和一些乳球菌。
目前已經有大量的乳酸菌被用作益生菌。乳酸菌在食品中應用尤其廣泛，如大家熟知的酸奶、奶酪、臘腸、泡菜等食品中都含有乳酸菌。近年來，隨著抗生素濫用引發抗生素抗性菌的泛濫，乳酸菌作為傳統發酵菌株也越來越多的被用作抗生素替代劑。在種類繁多，功能各異的乳酸菌種，只有少數滿足特定條件的菌種才能作為益生菌。乳酸菌的作用具有菌種特異性，在篩選益生菌時，要針對不同的宿主選擇合適的益生菌。只有經過實驗驗證，並獲得相關部門認證的菌株，才能作為生產菌株。
植物乳桿菌是乳桿菌科中的一種乳桿菌屬，常存在於蔬菜和果汁發酵產物中，多數是從植物中分離得到，故稱為植物乳桿菌。植物乳桿菌在自然界分布廣泛，它屬於兼性厭氧同型發酵乳酸菌。植物乳桿菌形態為直或彎曲杆狀，一般為單個、有的時候成對或成鏈狀，30-35℃是其最適的生長溫度，培養時營養要求複雜。
植物乳桿菌和人類的生活有著十分密切的聯繫，植物乳桿菌除了能在各種環境中生存，在許多菌種發酵過程中，植物乳桿菌一般在後期發酵。植物乳桿菌可被大量的用於養殖業，還可以用於微生態飼料添加劑。
乳酸菌能分解飼料中的蛋白質、糖類、合成維生素，能促進動物的消化吸收。
結構複雜、分子量較大的蛋白質，在乳酸菌的作用下，部分降解為小分子肽和游離胺基酸，利於腸道消化吸收。乳酸菌具有乳糖酶，能將乳糖分解成為葡萄糖和半乳糖，葡萄糖經發酵作用轉化為乳酸等小分子化合物，半乳糖部分吸收進入機體，成為腦苷脂和神經物質的合成原料，促進腦組織的發育。乳酸菌在代謝過程中消耗部分維生素，同時也合成葉酸等B族維生素，有機酸使PH值降低，增加腸內微生物B1、B6、B12的穩定性。乳酸菌產生有機酸，使鈣、磷等元素處於易吸收的離子狀態，有利於骨骼發育。
植物乳桿菌作為乳酸菌的一種，不但能分解飼料中的蛋白質、糖類、合成維生素，能促進動物的消化吸收，植物乳桿菌還能夠產生多種具有特殊功能的代謝產物。
植物乳桿菌能夠產生苯乳酸，可以抑制一系列病原真菌。除有機酸外，植物乳桿菌還能產生各種具有特殊功能的多肽植物乳桿菌素。乳酸菌素自發現就引起人們的重視，不同的植物乳桿菌能夠產生各種乳酸菌素——植物乳桿菌素。植物乳桿菌素具有很好的穩定性，並表現出非常強的殺菌能力，對革蘭氏陽性病原菌有很好的控制能力。